陳獨秀被捕了。這在當時可是一個重大事件。作為北大教授、作為《新青年》的創辦者、作為“五四新文化運動的總司令”，陳獨秀在北京乃至全國都已有相當的名氣，他被捕的消息傳開後立刻引起了巨大的社會轟動，一時間輿論鼎沸，新聞媒體紛紛報道，一致譴責反動當局的倒行逆施，要求釋放陳獨秀出獄。
6月24日，遠在上海的李達在《國民日報》上發表《陳獨秀與新思想》一文。他說:“陳先生捕去了，我們對他要表示兩種敬意。一敬他是個拚命鼓吹新思想的人，二敬他是一個很為了主義吃苦的人。捕去的是陳先生，是一個肉體的陳先生，肉體的陳先生可以捕得，精神的陳先生是不可捕得的。”李達還在文中呼籲全國民眾聯合起來，共同向政府施壓，要求“盡快釋放無罪的、有新思想的、鼓吹思想的陳先生。”張寶明、劉雲飛:《飛揚與落寞--陳獨秀的曠世悲情》，東方出版社2007年版，第76-78頁。9月上旬，作為南方革命領袖的孫中山在上海會見北洋總統徐世昌和總理段祺瑞的代表許世英時，鄭重其事地提出要求釋放陳獨秀。孫中山說:“你們做的事，很足以使國民相信我反對你們是不錯的證據。他們這些人死了一個，就會增加五十、一百，你們盡做著吧!”許世英聽到這番警告，連聲說:“不該，不該，我就打電報去。”
經過各方一致努力，9月16日，被拘留關押了83天的陳獨秀終於無罪釋放。這一天，北京城幾乎萬人空巷，迎接陳獨秀出獄，北京大學和進步團體還舉行了各種各樣的歡迎慶祝活動。李大釗還專門作詩一首，刊登在《新青年》雜誌上。詩中寫道:
你今天出獄了，
我們很歡喜!
有許多的好青年，
已經實行了你那句言語:
“出了研究室便入監獄，
出了監獄便入了研究室。”
他們都入了監獄，
監獄便成了研究室;
你便久住在監獄裏，
也不須愁著孤寂沒有伴侶。
北京、上海的各報刊紛紛報道陳獨秀出獄一事。一時間，陳獨秀成為英雄人物而婦孺皆知，家喻戶曉。
這次入獄經曆，不僅沒有使陳退縮，反而愈戰愈勇。他在1919年12月1日發表的《〈新青年〉宣言》中大聲疾呼:
我們相信世界上的軍國主義和金力主義，已經造成了無窮罪惡，現在應該是拋棄的了!
我們主張的是民眾運動社會改造，和過去及現在各攝政黨，絕對斷絕關係!
陳獨秀出獄後，北洋政府並不肯善罷甘休，他們不給他完全的自由，行動要受到限製，尤其是在沒有當局允許的情況下，“不得擅自離京”。然而，向來我行我素的陳獨秀，根本就不把“不得擅自離京”的警告放在心上。1920年2月，陳接到湖北省教育廳長李漢俊的邀請，馬上就有了南行之念。他偷偷地經上海赴武昌，5-7日，連續在武漢文華大學、武昌高等師範學校大講特講他的《社會改造的方法與信仰》和《新教育精神》等，立即引起了廣泛的社會轟動，武漢各社團、學校紛紛邀其演講，當地報紙競相報道陳的演講活動與內容。
天下烏鴉一般黑。陳獨秀的演講令武漢反動當局深為驚恐，“湖北官吏對於陳氏主張之主義，大為驚駭，令其休止演講，速去武漢。”《漢口新聞報》1920年2月9日。於是，陳獨秀在2月7日夜乘火車返京。
在北京這邊，陳獨秀私自離京去武漢演講的消息已經傳到，北京政府惱羞成怒，隨即布下天羅地網，等待陳獨秀回京後逮個正著，好好教訓一番。高一涵首先得知這個消息，為了陳的安全，他趕緊前來與李大釗商議此事。兩人最後決定，派人先到車站將陳獨秀截下，然後把他接到王星拱家裏暫時避難，再設法護送出京城。這就出現了開頭的一幕:李大釗護送陳獨秀到天津。高一涵後來在《李大釗同誌護送陳獨秀出險》一文中回憶說:
我們得到這個消息，就同李大釗商議，派人先到西車站，把他接到王星拱家裏，暫避一避，再設法送他離開北京……當時李大釗計劃:想保護陳獨秀出京的安全，萬不能乘坐火車或小汽車出京。李大釗挺身而出，自願護送陳獨秀從公路出走。因李大釗是樂亭人，講的是北方話，衣著又樸素，很像生意人。就在王星拱家裏準備一切。當時陰曆年底，正是北京一帶生意人往各地收賬的時候。於是他兩個人雇了一輛騾車，從朝陽門出走南下。陳獨秀也裝扮起來，頭戴氈帽，身穿王星拱家裏廚師的一件背心，油跡滿衣，光著發亮。陳獨秀坐在騾車裏麵，李大釗跨在車把上。攜帶幾本賬簿，印成店家紅紙片子。沿途住店一切交涉，都由李大釗出麵辦理，不要陳獨秀張口，恐怕漏出南方人的口音。因此，一路順利地到了天津，即購買外國船票，讓陳獨秀前往上海。李大釗回京後，等到陳獨秀從上海來信，才向我們報告此行經過。後來每談起他倆化裝逃走事，人們都對李大釗見義勇為的精神，表示欽佩。