由於政治理想不同，《新青年》的編輯們在確立編輯方針方麵各抒己見。陳獨秀把青年的修養放在首位，注重改造青年的思想，以提高“修身治國”之道。而《新青年》的另一位撰稿人胡適，卻決心不談政治。李大釗不同，他從一開始就把新文化運動和政治鬥爭聯係起來，分析社會發展的動向，把自己的政治觀點訴諸筆端，毫不隱晦地表達出來，增強了《新青年》的戰鬥性。
1919年爆發了“五四”反帝愛國運動，陳獨秀因散發傳單被捕，加上《新青年》編輯部的內部意見分歧很大，《新青年》第6卷第6號拖延4個月才恢複出刊。第7卷第1號起又由陳獨秀一人主要撰稿。1920年，陳獨秀由北京返回上海，《新青年》的編輯部又隨之遷回上海。從第8卷開始，《新青年》成為陳獨秀在上海組織的中國共產黨上海發起組的機關刊物。1922年7月1日出版第9卷第6號後，休刊。1923年《新青年》隨著陳獨秀來到廣州，改為季刊，根據中共“三大”決定，從6月15日起，《新青年》成為中國共產黨中央的機關刊物，由瞿秋白任主編，直到1926年7月停刊。
《新青年》從創刊到休刊，期間有7年時間，這7年是中國知識分子尤其是青年知識分子思想大解放的年代，它高舉民主和科學的大旗，向封建主義及其意識形態發起猛攻，震撼了整個思想界和輿論界，引起了封建衛道士們的極端仇視，新舊思潮的大激戰猛烈地展開了。以陳獨秀為代表的民主主義者，利用《新青年》這個陣地，組織了一係列文章，義正詞嚴地駁斥了整個封建勢力的非難，進一步澄清了一些籠罩在中國人民腦海中的疑惑。
中國共產黨的早期領袖人物，如毛澤東、周恩來、惲代英、蔡和森等，都在《新青年》的影響下，開始探索救國救民的新道路。如惲代英當年就寫信給《新青年》說:“我們素來的生活，是在混沌的裏麵，自從看了《新青年》，漸漸地醒悟過來，真是像在黑暗的地方見了曙光一樣。”惲代英:《通信》，《新青年》第6卷第3號。周恩來在東渡日本留學時，稱《新青年》對他產生了巨大的影響，他在日記中寫道:“這幾天連著把三卷的《新青年》仔細看了一遍，才知道我從前在國內所想的全是太差，毫無一事可以做標準的”，“我願意自今以後，為我的‘思想’、‘學問’、‘事業’去開一個新紀元才好呢”。金衝及:《周恩來傳》，中央文獻出版社1998年版，第35頁。也正如毛澤東後來和斯諾談話中所說:“《新青年》是有名的新文化運動的雜誌，由陳獨秀主編，當時我在湖南長沙師範學校做學生的時候，我就開始讀這一本雜誌。我特別愛好胡適、陳獨秀的文章。他們代替了梁啟超和康有為，一時成了我的模範。”他又說:“有很長一段時間，每天除了上課、閱讀報紙以外，看書，看《新青年》;談話，談《新青年》;思考，也思考《新青年》上所提出的問題。”〔美〕埃德加·斯諾:《西行漫記》，董樂山譯，三聯書店1979年版，第125頁。
誠如毛澤東、周恩來和惲代英所言，《新青年》的確如同一個時代的啟明星，照亮了探索救國救民真理的知識青年前進的道路，吹響了思想解放的號角，拉開了新文化運動的序幕，影響了整整一個時代的青年。