主攻方向是南門。日本人從南門外的斷牆裏搬出草束，扔到壕溝裏，堆在羊馬牆上，一下子就和城牆一般高了。於是人群爬上了草垛，緊貼著城牆，沒頭沒腦地攻打。一更，藤堂高虎架起雲梯，率先攻上去，撕裂了楊元的防線，於是日軍像決堤的河水般衝上來。明軍被殺二百六十九人，幾近崩潰。
太田一吉和家兵大井何右衛門，摧毀南門，殺死明軍百餘人。楊元趕緊派出一隊明軍，衝出南門，推倒草堆，但等他們回來時，城裏已經沒有一個自己人了。
二更，南門失守。日本人塞滿城內大街小巷，揮舞著利劍到處追殺瘋狂逃命的守軍。火光衝天，濃煙彌漫，哭喊聲、慘叫聲響成一片。
傳報官寧國胤急急忙忙跑來報信：“倭子入城了！”楊元在帳中驚起，慌亂之中，來不及穿上那副銀光燦燦的甲胄，赤著雙腳跑出大廳，脫下寧國胤的衣服靴帽穿上，帶著家丁十八人、士卒三百人逃向西門。
但是潮水般的日本人很快就堵住了楊元的去路，又是發銃，又是砍殺。有十多人不得衝出，折回城內。楊元中了二銃，身受重傷。日本人給明朝的皇帝留了麵子，於是讓出一條生路。楊元在部下的夾擁下，乘著快馬，從大路西逃到益鳳山。朝鮮接伴使鄭期遠就沒有那麼好運了，他緊貼著楊元，騎馬出逃，可是驚嚇的戰馬一次又一次地把他甩下來，最後被日本人剁成肉醬。
當然最慘的是城內的明軍和朝鮮人，他們乘著高大的戰馬，一齊擁向北門。但是北門緊鎖一時難開，整個街道填滿了簇擁的馬蹄，相互交錯。
隨著一聲巨響，北門終於打開，明軍一窩蜂擁出，可是一把把高舉的長刀早已在門口等待著他們。明軍低頭衝出，明晃晃的長刀同時落下，一顆顆頭顱伴隨著淒厲的慘叫聲落地，鮮血四濺，北門成了一個血腥之門。
滾動的頭顱、驚嘶的戰馬、碰撞的刀劍，這場屠殺讓明月失色！
逃出的寥寥無幾，即使能僥幸逃脫，最後仍然是死亡。
在北山頭擔負阻擊陳愚衷的島津義弘，看到了逃出北門的明軍，沒等他們逃過山，島津義弘就突然衝出，一陣掩襲，明軍遺屍四百二十多具。殘存的明軍四處躲匿，也成了日本人的獵物。一個明軍爬上樹去躲起來，島津義弘親自發銃將他打死。
就這樣，慘烈的戰鬥持續到十六日拂曉，直到守城將士全部陣亡，南原城才沉寂下來。
此役，明軍陣亡中軍李新芳、千總蔣表、毛承先以下兩千七百人。楊元的遼東騎兵原有三千一百十七人，逃到恩肆館之後，楊元查點一下，隻剩下區區一百十七人。
朝鮮兵馬使李福男、防禦使吳應井、助防將金敬老、光陽縣監李春元、別將申浩、求禮縣監李原春、接伴使鄭期遠、南原府使任鉉、判官李德恢、通官李春蘭以及朝鮮官兵七百餘人，盡被殺死，無一逃出。
戰後，日軍共聚得守軍首級三千二十六具，日本人割下鼻子後送到日本，向豐臣秀吉邀功。
溫馨柔美的愛情之城，被屠之後，屍體盈城，一片荒蕪，成了令人戰栗的人間鬼域。
撿回活命的楊元在二十四日回到王京時，渾身是血、氣喘籲籲地躺在擔架上。李昖站在南大門的路旁，手扶著擔架，淚流滿麵：“大人為了小邦的緣故，才到這個地步，真是慘痛至極！”楊元臉色青白，全然不見大丈夫的模樣，垂淚答謝說：“多謝厚眷！”再也沒有多說一句話，就悄然而過。萬曆二十六年(1598)七月十七日，楊元在遼陽被斬首。
3.扭轉乾坤
南原失陷之後，日軍乘勝北上，擴大戰果。
八月十七日，小西行長先鋒一部侵入任寶。二十日，全州的老百姓望風奔竄，陳愚衷下令明軍阻止，但是朝鮮人反而毀壞城牆，燒焚糧草積聚，撞開城門逃出。一切都完了，陳愚衷見城不可守，棄城而逃。至此，全羅道全部淪陷。
二十一日，加藤清正及鍋島直茂父子攻下伽耶山城。兵鋒直指忠清道，朝鮮王京岌岌可危。
五天後，藤堂高虎挾閑山、南原大勝的餘威，進攻稷山水寨，斬殺朝鮮三百八十餘人，朝鮮戰船乘著黑夜遁去。
明軍提督麻貴見事態危急，派遊擊牛伯英南下赴援，與北撤的陳愚衷合兵，集結公州，阻擊日本人北犯忠清道。
但是公州的明軍僅一萬多，絕對擋不住十餘萬日軍的進攻。麻貴隻好下令牛伯英退縮王京，依附漢江天險。日本人旋即占領公州，打開進犯王京的大門。
麻貴慌了神，趕緊向經略邢玠請求退兵，準備撤出王京，退守鴨綠江。請求書送到平壤的明朝海防使蕭應宮手裏，蕭應宮馬不停蹄地跑到王京，總算打消了麻貴逃跑的念頭。