黃宗羲學問博大精深，可以說是“著作盈車”。《清史稿》上說：“故上下古今，穿穴群言，自天官、地誌、九流百家之教，無不精研。所著易學象數論六卷，授書隨筆一卷，律呂新義二卷，孟子師說二卷。文集則有南雷文案、詩案。今共存南雷文定十一卷，文約四卷。又著明儒學案六十二卷，敘述明代講學諸儒流派分合得失頗詳；明文海四百八十二卷，閱明人文集二千餘家，自言與十朝國史相首尾。又深衣考一卷，今水經一卷，四明山誌九卷，曆代甲子考一卷，二程學案二卷，輯明史案二百四十四卷，又明夷待訪錄一卷，皆經世大政。”“天文則有大統法辨四卷，時憲書法解新推交食法一卷，圜解一卷，割圜八線解一卷，授時法假如一卷，西洋法假如一卷，回回法假如一卷。”“晚年又輯宋元學案，合之明儒學案，以誌七百年儒苑門戶。”他的著作涉及經史子集等廣泛領域，且一經涉足，便多有發現、開拓和創見。其治學精神一言以蔽之：總結明亡教訓，恢複原儒精神，為中華民族尋找一條出路。
而最能體現其學術思想的乃是那部著名的《明夷待訪錄》。該書以“三代之治”為楷模，其著述主題是使“天下為家”變為類似上古社會的那種“天下為公”。他認為，封建社會一切腐敗現象的總根源，在於“家天下”的體製，從而使得國君“以為天下利害之權，皆出於我，我以天下之利盡歸於己”1：《原君》君權沒有到手時，“荼毒天下之肝腦，離散天下之子女，以博我一人之產業”，一旦大權在握，便更加肆無忌憚，“敲剝天下之骨髓，離散天下之子女，以奉我一人之淫樂”。“天下之大害，君而已矣！”《原君》這在當時確實是驚世駭俗之論。
那麼，怎樣才能變“家天下”為“百姓的天下”呢？黃宗羲提出了“君臣共治”的政治主張。君臣關係，不再是主子與奴仆的關係。君臣治國，就好像一起種植一棵大樹，同樣是種樹之人，怎麼共治呢？黃宗羲提出了“學校製”。（《學校》)他說的這個學校並非現在所說的學校，他所謂的學校實際上指的是一種議政方式，相當於西方的議會製度。處理政務，選拔人才，評判是非，製定法律，不再以皇帝的金口玉言為準，而改為由“學校”公議。這個學校製，很像後來西方的君主立憲、民主議會製。
黃宗羲的政治主張無疑帶有強烈的革命性，基本上否定了君主獨斷製，字裏行間充盈著濃鬱的鬥爭氣息。這無疑跟他的亡國經曆和十幾年的抗清鬥爭大有關係，是對明代亡國的一種反思。《明夷待訪錄》的思想已經具有了要求民主的近代性質。清代大學者顧炎武讀了這本書之後大為歎賞：“大著《待訪錄》，讀之再三，於是知天下未嚐無人，百王之敝，可以複起，而三代之盛可以徐還也。《顧寧人書》）近代大學者梁啟超也從中獲益匪淺，極讚此書“為刺激青年最有力的興奮劑。我自己的政治活動，可以說是受這部書的影響而最早最深”，遂“將其書節鈔，印數萬本，秘密散布，於晚清思想之驟變，極有力焉”。《清代學術概論》這的確是一本近代思想啟蒙之作，不單單在政治方麵，同時也是隱逸文化進人近代的一個符號。