當黃宗羲隱居剡中的時候，魯王倒是在福建中部攻城略地，打得很熱鬧，先後收複了3府1州27個縣，後來雖又被奪去，但是南明的勢力畢竟又振作了起來。魯王下令召西侯張名振奪回浙江建姚。黃宗羲聞訊，精神一振，連夜前去見魯王，魯王晉升他為左副都禦史。但這不過是個文職，更何況黃宗羲是個吃過敗仗，最後弄得沒有一兵一卒的人，他能做什麼呢？隻能無所事事罷了。一腔熱血的黃宗羲，隻能在無所事事中焦急，痛苦，憂憤，等待。
靠什麼來打發這無聊的時光呢？“日與吳鍾巒坐舟中，正襟講學，暇則注授時、泰西、回回三曆而巳。《清史稿·黃宗羲傳》黃宗羲曾在《思舊錄》中這樣描述那時的生活觴餘於鯨背之上，落日狂濤，淒然相對但覺從古興亡，交集此時，何處容腐儒道得一句！”“落日狂濤”正是黃宗羲不平靜的內心寫照。
就在這沒事幹的時候，黃宗羲開始掛念家中的母親。自己隻身在外，將母親一個人拋棄在家裏，清廷又“以勝國遺臣不順命者，錄其家口以聞”相威脅。母親危在旦夕，既然在這裏沒事可幹，還不如回家盡孝。“亟陳情監國，得請，遂變姓名間行歸家。《清史稿黃宗羲傳》但是，黃宗羲一直沒有忘記抗清複明的大業，依然不懈地進行秘密鬥爭，“其得不死，皆有天幸，而宗羲不懾也《清史稿·黃宗羲》。
“鋒鏑牢囚取次過，依然不費我弦歌。死猶未肯輸心去，貧亦豈能奈我何？”這首《山居雜詠》正是他當時內心世界的自我寫照。直到順治十年，魯王被去掉監國的稱號，“海氛漸息，無複所望”，他才“奉母返裏門，畢力著書”，將全部精力用於論道治學。
黃宗羲是一個典型的明朝遺民。我們能從他那“身濱十死不言危”的堅強意誌中，感受到一種“威武不能屈”的民族氣節。
“歸，益肆力於學。憤科舉之學錮人，思所以變之。既，盡發家藏書讀之，不足，則鈔之同裏世學樓鈕氏、澹生堂祁氏，南中則千頃堂黃氏、絳雲樓錢氏，且建續鈔堂於南雷，以承東發之緒。《清史稿·黃宗羲》。
他回家讀書、著書也和他當年“入京訴冤”一樣，苦學力行，十分投入。讀書不讀則已，一旦用心於此，便要讀盡天下好書。家中的藏書讀完了不過癮，就四處借書讀。浙江餘姚是著名的藏書聖地，向有書海之地的美譽。許多著名的藏書樓他都一次次去討借，不肯放過一家。世學樓鈕氏、澹生堂祁氏，南中則千頃堂黃氏、絳雲樓錢氏，都一一抄來，抄完後如期奉還。為此，他又專門開出一片地，建起了自己的藏書樓，名曰“續鈔堂”。
黃宗羲早年是劉宗周的弟子，早在崇禎末年就很有名氣了。十年烽火千裏奔波，使他對人生的體悟、對社會和政治的體認又清醒深刻多了，學問也日漸博大精深。所以一回到家裏，到處都是來請他講學或者跟他學習的人。既然要教學授徒，就要教得像個樣子。他首先將20年前劉宗周創辦的“證人書院”恢複起來，重新開始講學活動。
“宗羲之學，出於蕺山，聞誠意慎獨之說，縝密平實。嚐謂明人講學，襲語錄之糟柏，不以六經為根柢，束書而從事於遊談。故問學者必先窮經，經術所以經世。不為迂儒，必兼讀史。讀史不多，無以證理之變化；多而不求於心，則為俗學。《清史稿》黃宗羲治學嚴謹，有三條治學原則：第一，講根基，主張“以六經為根柢”，反對不讀書的清談；其二，重視博覽群書，強調融會貫通；其三，講究經世致用反對讀死書，更厭棄迂腐之學。自晚明以來束書而談的學術風氣可以說興盛了幾百年，黃宗羲大力提倡實學，而且他確實有自己獨到的學說，一時間在學術上又聲名鵲起，風靡天下，全國各地到處都有人邀請他講學。