黃宗羲的鐵鍵實在是太富有象征意味了，它反映了一個黑暗時代忠良之後的滿腔怒火。魏忠賢製造了一個時代的悲劇，多少忠良之臣含冤而死，多少忠良之後淪為孤兒。所有的案子結清之後，黃宗羲率領所有慘死忠臣的子弟，齊集於大牢門前，為父母的亡魂設祭，眾弟子悲痛哀號，“哭聲達禁中。思宗聞之，歎曰：忠臣孤子，甚惻朕懷。《清史稿‘黃宗羲傳》哭聲把皇上都給感動了。
這一係列的複仇行為，為年少的黃宗羲贏得了極大的榮譽和知名度。但這除奸平冤的一係列事件，並沒有將衰弱的明朝重新振興起來。崇禎皇帝雖然嘔心瀝血，無奈朝政病人膏肓，積重難返，國家看不到興旺好轉的跡象。不僅如此，到了崇禎末年，自魏忠賢以後一直被打壓的閹黨又開始蠢蠢欲動，大有卷土重來的架勢。而堂上諸臣並沒有從魏忠賢一案中吸取教訓，又開始隨波逐流，縱容為患。屢屢遭到挫傷打壓的東林黨已經銳氣大減，再也不能承擔打擊閹黨的使命，複社繼之而起，接過了這一曆史重任。
這時的黃宗羲，已經是複社的重要成員，威望也很高。當南京的馬士英與阮大铖暗中勾結，企圖東山再起的時候，複社的名士們正好也在南京集會講學。他們聯名寫了《防亂揭》，矛頭直指阮大铖。原先東林黨的子弟們都推選無錫顧杲為首領，“天啟被難”的忠臣子弟則推黃宗羲為首領，簽名的人達到140人之多。這件事情轟動了南京乃至全國。
阮大铖對這些人恨之人骨。當清兵人關，南明王朝成立的時候，阮大铖官複原職，又和大學士馬士英勾結，按照當年《防亂揭》上簽字人的名單一一捕捉。正好黃宗羲這時要向南明的皇上上書，恰好落到阮大铖的手裏，和顧杲一起被逮入監獄。黃宗羲的母親聽說這件事，不禁哀歎道章妻、鎊母乃萃吾一身耶？《清史稿黃宗羲傳》先失去丈夫，又累及兒子，世間婦女的命運再也沒有比這更悲慘的了。
政治風雲變幻莫測，正當明朝閹禍內亂不止的時候，北方的女真人和西北的農民起義軍都已經在摩拳擦掌了。李闖王真的闖進皇宮，崇禎皇帝也隻得“身掛東南枝”，用一根繩子結束了自己悲哀無能的一生，也結束了苟延殘喘的大明王朝。緊接著，吳三桂“衝冠一怒為紅顏”，攻入山海關，女真人的鐵騎以迅雷不及掩耳之勢，踏平了長江以北。
有血氣的青年男兒紛紛按捺不住，揭竿而起，舉起了反清大旗。浙江的明朝舊員熊汝霖、孫嘉績相繼率眾起義，“以一旅之師劃江而守”。黃宗羲和他的兩個弟弟也糾集了黃竹浦子弟數百人，跟隨起義軍開到江上。江上的人都稱他們為“世忠營”。將士們個個鬥誌高昂，巋然有吞吳之氣。黃宗羲被當時的南明魯王任命為監察禦史，一時間雄心勃勃，誌在光複明朝。
但是，擁有重兵的鎮東侯方國安、武寧侯王之仁等人擁兵自專，魯王根本命令不動他們。這兩個人就想保存實力自守，不願意揮師北上。而首舉抗清義旗的孫嘉績和熊汝霖更是屢遭排擠，到最後落得個既無兵權又無糧餉的地步。孫嘉績感到黃宗羲是個重義氣的人，而且又很有才略，於是毅然將自己所剩下的兵士都交給了黃宗羲；黃宗羲又與王之仁的兒子王正中合軍一處，共有3000人，揮師北上。“遂渡海屯潭山，由海道人太湖，招吳中豪傑，直抵乍浦約崇德義士孫奭等內應。”《清史稿·黃宗羲傳》廣百日之內，牛酒日至，軍容甚整。《神道碑文》這次進軍，可謂計劃周密，外有精兵，裏有內應，水陸兩軍，齊頭並進；但是清兵防守很嚴密，陸軍遭到清兵的圍堵，不能前行，孤立無援的水軍也已潰敗，全軍隻好大敗而歸。
黃宗羲自感無顏見江東父老，於是率領殘兵500人“歸人四明山”，想要在這裏安營紮寨，等於自立山頭，然後“徐為航海之計”。（《行朝錄‘四明山寨紀》）部隊駐紮在一個寺廟裏，黃宗羲下山微服私訪的時候，告訴部下，要和周圍的山民們好好相處。可是部下都沒聽，不久，便與山民結下了梁子，被山民們一氣之下縱火燒毀了寺廟，全軍覆沒。
知道這件事之後黃宗羲悲恨交集，痛不欲生。天地之大，竟然沒有黃宗羲安身立命的地方，而清兵逮捕他的布告，也到處張貼。為了逃避追捕，黃宗羲攜帶家眷逃往剡中，躲進深山，一邊精研兵法曆算，一邊等待時機。