孔子曰：“人不知而不慍，不亦君子乎？”以聖人之語來衡量，李贄的確算得上是典型的“小人”了。難怪連明末清初的另一位啟蒙思想家顧炎武也罵李贄說：“自古以來，小人之無忌憚而敢於叛聖人者，莫甚於李贄。”謝在杭《五雜俎》說李贄“亦近於人妖者也”。顧炎武特批“閩人持論之公如此”。看來，在後人眼裏，李贄“小人”的惡諡，是幾成公論的。為啟蒙而甘灑熱血的先驅李贄，遭到了他實際上的後繼者無情的謾罵和摒棄。這是思想史上的悲劇使原本小醜充斥的明末曆史舞台的帷幕上，抹上了如血殘陽般的悲劇亮色。
嚴格地說，李贄不是死於封建統治者之手，因為張問達等人很難充當“封建統治階級”的代表。他們也都是因死於封建道德法庭的審判，而被當世譽為賢人君子、清流善類的。東林黨人尚學行、重氣節，在朝野上下往往能代表新興市民階層的政治經濟利益，與閹黨和皇權相抗衡，曆來受人敬仰。按理說他們當視李贄為同道，甚至視其為思想領袖，怎麼會迫害作為在意識形態領域裏充當社會進步前驅的思想家呢？或曰，東林有“君子”也有“小人”。可是迫害李贄的恰恰是東林黨人中的“君子”。萬曆二十八年在湖廣驅逐李贄並指派地痞燒毀李贄埋骨之塔的是馮應京。他在湖廣有政聲，被東林引為同道，隻因為早死而未能榮登“東林黨人榜”。萬曆三十年告發李贄並糾拿治罪的是東林黨人張問達。在李贄被捕後，落井下石，建議萬曆皇帝將李贄治罪並發動一場清算李贄思想運動的，是東林黨人馮琦。東林黨領袖顧憲成譴責李贄“是人之非、非人之是”，至令天下“學術塗炭”。張問達告發李贄的疏文捏造了大量聳人聽聞的謠言和汙蔑不實之詞，“攻乎異端”的措辭和手法，雖在其生前身後並非鮮見，然而其想象力之豐富，卻適可顯露心靈的卑鄙。茲錄其原文，與天下看樣：
李贄壯歲為官，晚年削發，近又刻《藏書》《焚書》《卓吾大德》等書，流行海內，惑亂人心。以呂不韋、李園為智謀，以李斯為才力，以馮道為吏隱，以卓文君為善擇佳偶，以秦始皇為千古一帝，以孔子之是非為不足據。狂誕悖戾，不可不毀。尤可恨者，寄居麻城，肆行不簡，與無良輩遊展院，挾妓女，白晝同浴，勾引士人妻女，入展講法，至有攜衾枕而宿者，一境若狂。又作（觀音問》一書，所謂“觀音”者，皆士人妻女也。後生小子，喜其猖狂放肆，相率煽惑。至於明劫人財、強摟人婦，同於禽獸而不恤。邇來縉紳大夫亦有誦咒念佛，奉僧膜拜。手持數珠，以為律戒；室懸妙像，以為阪依。不知尊孔子家法，而溺於禪教沙門者，往往出矣。近聞贄且移至通州。通州距都下三十裏，倘一入都門，招致蠱惑，又為麻城之續。望敕禮部，檄行通州地方官，將李贄解發原籍治罪。仍檄行兩畿及各布政司將李贄刊行諸書，並搜簡其家未刻者，盡行燒毀，毋令貽禍後生，世道幸甚。
是什麼原因促使東林黨人必欲置李贄於死地而後快？是李贄與東林有不共戴天之仇嗎？不是。李贄在東林中不乏朋友，他的朋友也支持東林黨人。張問達等人即使與李贄有過節，也不會以個人恩仇的名義陷害異端，自毀“君子”之名。唯一的原因是，“以天下名教之是非為己任”的東林黨人把晚明“非名教所能羈絡”的社會風氣歸罪於李贄的學說。沈璜《近事叢殘》說，李贄的學說“以解脫直截為宗，少年高曠豪舉之士多樂慕之，後學如狂。不但儒教防潰，而釋氏繩檢亦多所屑棄”。這還得了？儒教是東林黨安身立命的招牌和門麵，李贄的學說敢於翻其是非，揭其真相，發其隱私，觸其痛處自然要遭到他們清算。李贄有一句話，不見於他的著作，卻被東林領袖顧憲成在個人日記《小心齋劄記》中私下摘錄保存了下來：“李贄曰：‘與其死於假道學之手，寧死於婦人之手。卓吾平日議論，往往能殺人此語卻能活人。吾不得以其人而廢之。”以道學名義整人的人，自然深知假道學的厲害，所以曆來有千千萬萬“男人其身而女人其見”的人，委瑣取容，喪盡良知，活在溫柔鄉而死在溫馨裏；而心口不貳、正道直行的李贄，則隻有義無反顧地走上榮死詔獄的道路，死在假聖教以濟私的道學家之手。