李贄（1527-1602），原名林載贄，出生於福建泉州聲勢顯赫的商賈世家林氏家族。李贄的五個世祖，都是從事海上貿易的商人，或“揚帆海外諸國”，或“航吳泛越”。五世祖林琛，曾身兼三職，既是來往於琉球的商人、譯員，又“蒙恩欽賜冠帶榮身隻是從李贄祖父那輩起，家業不行了，到了李贄出生的年月，一向做大生意的赫赫林家，變成了隻經營雜貨、販賣魚米的小商人。
海上商人的眼界，自比內陸之人開闊，觀念也開放自由許多。因此，在林家的世係中，總會出一些異乎尋常之人，做出一些離經叛道之事。而這些事在世俗的眼中常常是傷風敗俗、數典忘祖、極不光彩的勾當。李贄的二世祖林駑就是這樣一個人。這個林鸞從小誌向遠大，但是性情古怪，二十幾歲的人了，還沒有娶親。父母憂心忡忡，而他卻好像無所介懷，落得個自由自在。有一年，林鸞奉命“發舶西洋”，到西域去做生意。其實，海上航行他是再熟悉不過了，以前經常跟隨父親往來於海上，隻是此次出海是奉命獨往，不免有些興奮。到了波斯之後，受到當地人隆重的歡迎。機緣巧合，他在這裏遇到了自己的意中人。這是一個婀娜多姿、豔麗多情的波斯少女。他對這個波斯美人一見傾心，決定將其娶回中國。在明朝，按照中國漢人的傳統習俗，娶一個西洋女人意味著什麼，他心裏很清楚。但是，這對林駑來說並不算什麼，他生來似乎就是離經叛道的。不但如此，要娶回波斯少女，他還必須改變自己的宗教信仰，“受戒於清淨寺教門，號順天之民”。這樣，等他將波斯少女帶回中國之後，這件事情立刻像一顆炸彈，在林家、在整個泉州爆炸了。事情所掀起的驚天巨浪可想而知。林駑陷人了眾叛親離的孤立境地。直到後代人寫家譜，還毫不留情地這樣評論其祖宗：“迷於色目人之俗而不悟不祖其祖，而祖人之祖，不行其行，而行夷狄之行，俾其子孫胥而為夷0”（《風池林李宗譜》）信仰孔學儒教的林家自此改變了信仰，篤信起伊斯蘭教來。“吾宗七世以上猶葬用槨，其祖諧此乎？”李贄也繼承了祖上這一信仰，他曾寫下遺囑，囑托後人，待他死後，“頭照舊安枕，而加一白布中單總蓋其上下，用裹腳布廿字交纏其上《李卓吾先生遺言》）。
這件事的震動，使泉州赫赫揚揚的林家出現了斷痕。林家後來分為林、李兩家，可能就是因為這個原因。“然而，肇分林、李之派，其隙機變，開於此矣。”
我們從李贄的身上，可以看到其祖林駑的影子。李贄身上流淌著祖上大膽叛逆的血液，激蕩起狂逸不群的靈魂。
李贄少年時期讀書雜亂無章，父親對其要求也不甚嚴。這和他母親過早去世有很大關係。幼年缺少母愛，很早就自然多了一份自適能力，他自稱6歲時“便能自立”了。李贄的父親酷愛詩文，7歲時，李贄便隨著父親讀書、作詩，研習禮義文章；12歲的時候，讀《論語》“樊遲問稼”，而後寫了篇習作《老農老圃論》，“論成，遂為同學稱《卓吾論略》歲讀《尚書》，猶好《周易》，“歲取《易》讀之《易因小序》可見，他少時讀書屬於東一榔頭、西一棒植那種，並沒有按部就班，所以並不係統。這種隨心所欲的教和學也沒連續下去，最遲到20歲就中止了。出人意料的竟然是家庭生活越來越拮據，難以糊口。李贄的父親文不文，商不商，不善經營，以至於家境一日不勝一日。20歲的李贄“糊口四方，靡日不逐時事奔走，方在事中猶如聾啞全不省視之矣”〔《與焦弱侯》〕！李贄打算去商從政，於是決定參加科舉考試。
明代科考的內容就是朱熹集注的“四書五經”，每當李贄硬著頭皮讀這些書的時候，就想睡覺。他對朱熹的饒舌非常反感，幾次想放棄。後來，他想了一個好主意、一條捷徑既不費力、又能達到目的的捷徑。他說：“此直戲耳！但剽竊得濫目足矣！主司豈一一能通孔聖精蘊者哉！嵇文甫《晚明思想史論》)遂“取時文”，“日誦數篇”，不究義理，死記硬背，竟然中了舉人，真是僥幸得很。後來家人勸他再考進士，他說吾此幸不可再僥也！《卓吾論略》〕從此，他以道遠為由，再也沒有參加一次科舉。
嘉靖三十五年（1556年），李贄30歲，為了一家人的吃飯問題，他不得不跑到河南共城擔任教諭。拋家撇業，不能守父盡孝，他內心充滿著難言的矛盾和痛苦。從30歲到54歲，為了生計，他先後到共城、南京、北京、雲南姚安等地做官20多年。在任姚安知府之前的20年裏，他對理學一直抱有成見，從未問津過。有人勸誡他，問他公怖死乎？”卓吾曰：“死安得不怖？”“公既怖死，何不學道？學道所以免生死也。”卓吾曰：“有是哉？”遂潛心道妙。“久之有所契，超然於語言文字之表。嵇文甫《晚明思想史論》）