李贄通道學，又超然於道學之上，是50歲之後的事情。他評價自己的時候，也是直言不諱，自嘲說：我50歲前尊孔子，不過是“所謂矮子觀場一一隨聲說研，和聲而已。是餘五十以前真一犬也，因前犬吠形，亦隨而吠之，若問以吠聲之故，正好啞然自笑也已”（《聖教小弓》）。“五十以後，大衰欲死，因得友朋勸誨，翻閱貝經。幸於生死之原，窺見斑點，乃複研窮《學》《庸》要旨，知其宗貫。同上)彼時離其隱居的時間，僅僅3年。李贄的隱居是其思想體係建立，世事通透後的必然選擇。
李贄做官24年，是痛苦的24年。可以說，李贄24年的做官史，就是其家庭24年的災難史。他為官非但沒給家庭帶來實際的收人和幸福，反而弄得家庭破碎，親情難顧。
他的老父親和家眷都在老家泉州，他卻跑到河南一個偏僻的小縣城，當一個微不足道的小官。這兩地之間距離太遙遠了。
遠在南海邊的家人翹首企盼，希望他能夠回家省親一趟。5年之後，省親沒有成行，他反而去了離家更遙遠的京城。父親沒有等到與他見麵的那一天，便抱憾離開了這個世界。從北京匆匆趕回奔喪的李贄，經受不住這樣的打擊，在父親墓旁守製3年之後，為防止這樣的悲劇發生在孩子身上，他毅然攜帶家眷，一起趕赴京城，繼續擔任他的國子監博士。然而，悲劇還是發生了。
他們剛剛進京，屁股還沒有坐穩，他的二兒子就因為長途跋涉饑渴勞頓而死掉了。緊接著又是他祖父去世的消息傳來，他不得不再次整理行裝返回泉州。考慮再三，他決定將夫人和3個女兒安置在河南共城。他在這個曾做了5年教諭的地方買了田產，好讓他們耕田度日。他將妻兒安置好之後，便又匆匆南下了。又是守製3年。3年後，李贄返回共城，一進家門見到的情景簡直要讓他瘋掉一兩個小女兒先後在災荒饑餓中死去，隻有大女兒過慣了艱難的日子，吃稗糠和吃大米一樣，好歹活了下來。李贄隻好又把家眷帶到了北京，做了禮部司務的官差，然後又到南京做禮部員外郎7年，最後出任雲南姚安知府。但是，正當妻子、兒女隨著他的職位高升感到終於有出頭之日的時候，他卻突然又做了和尚。
顛沛流離的生活經曆和悲慘辛酸的家庭不幸，並沒有改變李贄乖張狂逸的脾性，相反，生活的磨礪使這種脾性更加強化了，不論是生活中的怪癖還是精神上的張狂。
李贄生性有潔癖，“性愛掃地，數縛帚不給。衿裙浣洗，極其鮮潔；拂身拭麵，有同水淫”（嵇文甫《晚明思想史論》）。潔癖是人心理高潔、厭煩俗世的表現，隱士中有潔癖的人不在少數。明代的大畫家也是隱士的倪雲林就是這樣的人。倪雲林居住的閣子取名為“清”，那環境也真的很清幽，可以說是幽靜絕塵，閣外秀木環繞高木修篁，蔚然深秀”。書房內數千卷書被四時花卉縈繞其間。“為人有潔癖，盥濯不離手，俗客造廬，比去，必洗滌其處。《明史·倪瓚傳》李贄愛潔淨的程度不在倪瓚之下。據說，他在芝佛堂剃發也是因為潔癖引起的。因為頭癢，就得梳洗，而梳洗又太麻煩，於是，幹脆將頭發剃光，既去癢，又保持了清潔，梳洗也更省事了。
這是其生活中的怪異之處，其實放在現在也沒什麼，可在當時是很驚世駭俗的。在思想領域，他更是古今少有的一代狂傑。
從孔子到朱熹，他們的思想理論被吹捧得很神聖，神聖得不能對其說一個“不”字。李贄卻反其道而行之，認為儒學乃是產生社會虛偽和一切罪惡的根源，並對史書上對一些曆史人物的定評不屑一顧，大筆一揮，自己給曆代人物一個重新的定位。這些思想都見於其《焚書》《續焚書》《藏書》《續藏書》中。與此同時，李贄還建立起了自己的一套理論，他將王陽明的“心即理”“致良知”的體認感知方法，發展為人的本體論，即從心理解剖入手，探討人的本性的秘密，回答人是什麼和應該怎樣，結論與理學的禁欲主義背道而馳，卻與西方近代尊重個性、肯定人欲的人文主義思想頗為接近。
他的“童心說”，說白了就是指人本質的原初表現，沒有理學熏染的孩童之心，也就是私心。“夫私者，人之心也。人必有私，而後其心乃見。若無私，即無心矣。《德業儒臣後論》私心包括兩個內涵：個性、個性的獨立自由；人的生存需求、欲望之心。一個是精神的，一個是物質的。
“穿衣吃飯，即人倫物理；除卻穿衣吃飯，無倫物矣。”既然穿衣吃飯都是人倫物理，都是人的天性，那麼，求生計的商賈和耕田的農夫、做官的官吏一樣，也沒有什麼貴賤之分。相同的，男女之事是私事，也是人之常情。男見了女，喜悅相思，乃至逾牆而約；女見了心上郎君，便要私奔，都是自然而然，無須大驚小怪。
以這種觀點反觀孔孟之學，無不是虛偽騙人的東西。李贄說他們是“陽為道學，陰為富貴，被覆儒學，行若狗彘然也”，意思就是穿著人的衣服卻做豬狗不如的事情。