於是，李時雨就與外麵暗暗通信，請劉紹奎轉信給王撫洲，再托唐縱說情釋放自己。如不能釋放，就及時送法院，脫離軍統魔掌。軍統看守所比一般監所要嚴一些，但也不是鐵板一塊。那時，有錢能使鬼推磨，監所內也有跑“封包”的。即犯人將寫好的信，用紙包好，寫明地址及收信人姓名，放風或送飯時，交給熟識的看守，就能送到。也有的看守主動悄聲問犯人：“有送的嗎？”因為兩頭都給錢，所以看守都樂而為之。也有的看守勒索講價多要錢，敲詐犯人。犯人也隻得大方點，花錢討方便。
軍法處沒抓到證據，無法定案，很不甘心，便派一個小特務假裝犯人押進李時雨的監室，來摸他的底。小特務謊稱他是因“共產黨嫌疑”被捕，和李時雨套近乎。這一伎倆被李時雨一下就識破了，他於是將計就計，詐稱他是冤案，受迫害，說他是打進汪偽組織的地下工作者，“黨國功臣”，不會冤沉海底的。小特務深受感動，最後說了實話，言稱李時雨是好人，回去一定多加美言，不講壞話。
軍統關押李時雨三個多月，沒查出“異黨”罪行，加上外邊疏通，1946年12月，便把他的案卷送交上海高級法院，人轉押至提籃橋監獄。這是一所能容納數千犯人監獄，設備也比較齊全，有抽水恭桶，可以看書讀報，比較方便。
第一次提審是在沈院（原警察局副局長盧英的公館），以後改在高法檢察處臨時庭。開庭之前，李時雨會見了幾位相識的記者，他向他們打招呼，請他們務必按他的申訴據實報道。第二天，上海報紙便大登：“李時雨昔日是楚園座上客，今日成為楚園階下囚。”媒體報道後，就把案情傳給了我們的黨組織和有關同誌。李時雨的部下、少校軍法官周光輝，通過上海律師事務所為他找了一個可靠的辯護人。孫鳳雲想方設法，弄到一分國際問題研究所派李時雨打進汪偽組織的證明。餘祥琴也出庭作證，把他倆編造的那套假履曆說得千真萬確，形成鐵的事實。
法庭上，法官問餘祥琴：“李時雨既然在軍統工作，軍統為何又以漢奸案將其押送法院呢？”餘祥琴回答說：“李時雨是戴笠直接派遣打入的，此事隻有戴笠知道。如果戴笠活著，是絕不會把李時雨當漢奸押送法院的。”律師蔡企文的辯護也很有力。本來按證據，理應作出無罪判決。可是，因為法院得聽軍統指使，隻得折中一下，算他“協助抗日有功”，予以減刑處理。結果，判處李時雨七年零六個月有期徒刑。主辦人員對說情人說：“這是軍統的案子，而且早有密示，我們誰敢不遵辦？”可見，國民黨的“司法獨立”，完全是騙人的鬼話。
提前出獄 繼續戰鬥
隨著解放戰爭的節節勝利，國統區廣大人民群眾反饑餓、爭民主的鬥爭風起雲湧。國民黨政府迫於財經困窘、囚糧不足，不得不釋放一批監犯。先是1948年，國民黨宣布釋放5年以下有期徒刑的犯人；翌年2月，他們又宣布釋放15年以下有期徒刑的。這樣，李時雨就被提前釋放了。
李時雨走出牢門的第二天，報紙上就刊登了他出獄的消息。黨組織看到這個好消息後，便派人尋找他。李時雨也積極尋找“母親”。他從過去約定的關係中，很快就找到了張執一，回到了黨的懷抱。
經過國民黨牢獄之苦後，李時雨並未懼怕。當黨組織要他繼續留在上海從事地下工作時，他毫不猶豫就同意了。
下一步工作怎麼開展，聯絡點設在哪裏？李時雨想起了一個朋友——黃雨齋。黃雨齋是彙中銀行總經理，後來兼任浙江勸工銀行總經理，李時雨和他是1943年在一次應酬宴會上，經司法科長劉紹奎介紹認識的。他們相識後，經過幾次接觸，李時雨發現黃雨齋和一般的金融界人士不一樣。他是知識分子，曾當過記者，精明幹練，為人豪爽，思想進步，愛國抗日，所以李時雨和他逐漸交上朋友。黃雨齋是個人才，他憑自己的才幹，在上海集資創辦兩個銀行及幾處私營企業，成為愛國資本家。
最令人感動的是，1946年上半年李時雨發現有特務跟蹤他，為此他打算離開上海。黃雨齋知道此事後，為他出了一個主意。黃雨齋說他在家鄉浙江省餘姚縣有個自辦小學，建議李時雨到那裏去避難，這樣比較安全。對外則說是他請來的國語教師，掩人耳目。後來，組織決定李時雨去東北，雖然他沒去餘姚，也很感激黃雨齋先生的誠心幫助。李時雨坐牢時，黃先生雪裏送炭給他送去一條灰色毛毯，他後來一直保存留念。