尼采開始脫離了家裏的女人，他有了自己的生活。同時，他也開始脫離了景仰的父親，他開始有了自己的思想。從18歲開始，他就對父輩們崇敬的上帝失去了信念。他為自己曾經如此著迷於對上帝的信仰感到驚訝了。從此，他一生都在尋找新的神袛。後來，這一點也在他的哲學中讓人們發現了:他大膽地告訴人們上帝死了，要求人們重新估量一切的價值。這無異於給他生活的世界扔了一個炸彈。上帝死了，人們就需要另外一個信仰。他以為他的“超人”可以做到這一點，而且他宣稱他自己輕鬆自如地完成了信仰的轉變。但是，事實證明“超人”並沒有能夠成為一種新的信仰。至於他自己，人們發現尼采總是有個輕易欺騙自己的習慣。如果用弗洛伊德的話說，他的理性告訴他自己已經找到了新的信仰、新的生活，但是他的潛意識一再提醒他一切都是老樣子。而他又是一個異常敏感而脆弱的人，這樣的分裂讓他痛苦且失落。他變得憤世嫉俗了，宗教曾經是他生活的希望和精髓。但當他學會了自己思想，他發現生命變得虛無縹緲，毫無意義了。於是，他和波恩的同學們一起放浪形骸，學會了他之前十分鄙棄的抽煙喝酒的惡習。但是，他畢竟是一個思想著的人，他很快發現抽煙、喝酒和女人是更讓人厭倦的事情。他對這個國家、這個時代沉醉於豪飲啤酒和縱欲享樂感到極大的蔑視。他認為煙酒隻能讓人感覺遲鈍，從而妨礙他深沉的思考。雖然，思考越清醒，他越感到現實的失落、無奈和痛苦。
1865年，他來到萊比錫大學，他在那裏發現了叔本華。他讀了叔本華的著作《作為意誌和表象的世界》，這讓他異常驚喜，他發現這本書是“一麵鏡子，從中我窺見了用既可怕，又壯麗的筆觸描繪的世界，生命以及我的內在本性。”“書中的每一句話都在大聲疾呼:放棄，否定，克製。”從此，叔本華成了他的精神導師，他的憂鬱永久地烙印在了他的思想之中。
1867年，23歲的尼采應征入伍。他是近視眼，又是寡婦的獨子，本來可以幸免，但在薩多瓦和色當戰役轟轟烈烈的日子裏，即便是哲學家也要去當兵。後來他在行軍中從馬上摔下來扭傷了胸肌並因此而退役，但是他的扭傷自此從未痊愈，給他的人生帶來了無盡的痛苦。這個時候，他剛剛對戎馬生涯有了一些的憧憬，卻又不得不離開了，讓他感到人生的無奈。但是將令兵行、堅忍不拔、鐵的紀律這樣的軍事生活激發了他無窮的遐想，讓他崇敬起軍人的生活了。但是他的健康已經不允許他去體驗這樣理想了，他隻好在思想中幻想出一個人來替他完成體驗。
1868年，他的導師李謝爾思向巴塞爾大學推薦他:“39年來，我親眼目睹了這麼多的年輕人成長起來，但我還從未見到有一個年輕人像這位尼采一樣如此早熟，而且這樣年輕就已經如此成熟……如果上帝保佑他長壽，我可預言他將來會成為第一流的德國語言學家。他今年24歲，體格健壯，精力充沛，身體健康，身心都很頑強……他是萊比錫這裏整個青年語言學家圈子裏的寵兒……您會說，我這是在描述某種奇跡，是的，他也就是個奇跡，同時既可愛又謙虛。”李謝爾思第一個向世間預言尼采是位天才，從此他走上了和兵營生活截然相反的學術生涯。事實證明，這裏更適合他發展自己的才華。他沒有成為叱吒疆場的將軍，但是他攻下了博士的學位。25歲的時候，他就坐上了教授的位置。並且他的思想開始征服人們，巴塞爾城裏所有貴族家的大門都對他敞開，他成為巴塞爾學術界的精英和當地上流社會的新寵。他也在這時寫下了許多後來成為他的思想代表的著作。教書的十年是尼采一生中相對愉快的時期。在巴塞爾，他結識了許多年長和年輕的朋友，其中包括了對他影響至深的知己，音樂家瓦格納。