不僅僅在生活中，在思想上，他也是一個孤獨的人。在克爾凱郭爾活著和死去的幾十年中，他的哲學隻流傳在丹麥少數追隨者的圈子裏。在他的有生之年，他享有的惡名遠遠多於讚譽。在公眾的眼裏，他的人格及其生活方式的怪異是引起詆毀的原因，但是對其生活方式的偏見，讓人們忽視了他的思想。整整一個世紀以後，當人們在戰爭的廢墟上茫然不知所措時，哲人們發現了克爾凱郭爾。19世紀20年代，他開始受到德國一些學者的注意。他對傳統教會的反叛也開始為宗教界稱道，他在心理學方麵的創新思想受到了弗洛伊德的讚許。尤其是當存在主義哲學在歐洲出現和盛行起來以後，克爾凱郭爾的思想成了這個流派的重要理論基礎，他被作為存在主義的先驅而在哲學之中享有盛名。正因為這樣，後來的西方思想家不僅感慨地說，“就其一生和著作的影響來看，克爾凱郭爾更多的是屬於20世紀，而不是屬於他自己那個世紀。”
哲學史中有許多這樣的孤獨者，克爾凱郭爾說:“假如我戰死之後而願有一塊墓碑的話，我隻要刻上‘那個孤獨者’幾個字就行了。”
人是恐懼、悲觀、絕望的人
人是怎樣活在這個世界上的?克爾凱郭爾說，人都是一些為恐懼、戰栗、悲觀、絕望等情緒支配著的人。人人都苦苦掙紮，想要逃離這種消極的生存狀態，但是，一切的努力都是徒勞的，沒有人能逃得掉。反而，隻有這些體驗，才能使人真正感受到自己的存在。
人為什麼會活得這麼艱難呢?克爾凱郭爾說，因為人總是感到自己有罪，這種犯罪感使得人處於恐懼狀態之中。我們知道，基督教認為人是有原罪的。當初亞當和夏娃不聽上帝的勸告，受了蛇的誘惑而吃下了禁果，從此，人就犯下了原罪，被逐出了伊甸園。亞當夏娃從此在人間繁衍後代，世上的人都是他們的後人，因此也繼承了他們的原罪，所以人一生下來就是有罪的，人天生就是一種會犯錯誤的動物。因此，國家才要設置法律來防範人的犯罪，才有了西方法治社會的基礎。克爾凱郭爾的一生都留下了深深的宗教的烙印，基督教人是有罪的思想，不僅影響了他的生活，也影響了他的哲學。
人不僅僅背負著犯罪的恐懼，同時人也是孤獨無依的、空虛的、惶惑的，這些無法把握的感覺把人帶進了一種虛無的狀態之中。人們對這樣的生存狀態，特別是對自己竟然無法把握這個現實，感到十分失落、厭煩和苦悶。人因此而憂鬱，甚至絕望。克爾凱郭爾說這樣的悲觀消極的情緒是人最真實、最本真的體驗，人之所以為人，就是因為他真切地感受到了這種情緒。同時，也是這種情緒驅使人作出決定，采取行動，進行他說的“非此即彼”的選擇。
克爾凱郭爾和叔本華是差不多同一個時代的人，我們看出了，他的思想也刻上了那個悲痛的時代的烙印。
“非此即彼”的選擇究竟要怎麼樣選擇呢?在克爾凱郭爾看來，許多人對生活作出結論的方式就像小學生一樣，他們抄襲課本裏的答案，以欺騙老師，而沒有心思自己算出答案。這是人的一種悲哀。人因為不願意自己思考就喪失了自由的權利。人之為人就在於必須通過自由的選擇來成就自己的生活，人的選擇沒有對和錯、好與壞之分，個人在作出選擇時的體驗、熱心和痛苦才是最重要的。但是因為沒有人能評判對與錯，人們無法把握的感覺又來了，人的恐懼感也由然而生。因此，無論自由與否，人仍然是恐懼、絕望、悲觀的人。