比木村吉清父子要倒黴得多的，是曾經的名將佐佐成政。當年九州征伐後，豐臣秀吉把好不容易從島津氏手裏搶來的肥後藩國交到佐佐成政手裏。深知佐佐成政暴烈的脾氣，豐臣秀吉千叮嚀萬囑咐，一定要善待當地百姓，照顧領主和土豪們抵抗的情緒。就算要實施檢地，也要耐心地等至少三年。可不知是否急欲立功表現，以報答太閣的信任，佐佐成政竟把豐臣秀吉的叮囑完全拋到腦後，雷厲風行地開始丈量土地調查人口起來。這下終於惹怒了當地的豪強們。1587年7月，所謂的“肥後國人一揆”爆發，2萬多叛亂者在土豪隈部親永，隈部親泰父子的率領下包圍了佐佐成政的居城隈本城。很快，叛亂的野火燒遍了整個肥後，其他較有勢力的領主如甲斐親英，菊池武國等也攪和進來，出兵助攻隈本城。佐佐成政奮力抵抗，終於在城池即將陷落的前一刻等來了豐臣秀吉的援軍。叛亂很快被平息了下去。但豐臣秀吉對佐佐成政的治國無方非常不滿，在其上京請罪的路上令其剖腹自盡。後來大半的肥後藩國被轉交給豐臣秀吉的親信武將加藤清正管轄。身為“賤嶽七本槍”之一的加藤清正雖然是個武夫，但經其幾年治理以後，肥後藩國竟然落得井井有條，令人刮目相看。至今肥後的人們還在紀念加藤清正留下的政績。
戰國時代，兵荒馬亂，人口大量減少，各地領主既要打仗又要吃飯，手下的人怎麼也不夠用。所以，男丁們被組織起來，農閑時隨領主出戰，農忙時回家耕地，稱“農兵”。雖然“農兵”能耕能戰，但用起來怎麼也不順手。戰鬥力低不說，一旦前線的戰事曠日持久，而又遇上農忙時節，這些“農兵”往往一哄而散，回家照顧田地去也。領主和將軍們想攔也攔不住。所以有笑話稱，日本戰國的戰爭，無非是些老農之間的械鬥，根本不能和一向使用大兵團作戰的我天朝上邦相提並論。這種情況到了戰國後期得到很大改善。當領主的領地夠大的時候，他們就能訓練出一支專業作戰的部隊。而這支部隊訓練精良，遇到“農兵”往往百戰百勝，又為領主搶來更多土地。到了豐臣秀吉統一天下後，他幹脆將農民和士兵徹底分開，形成兩個不能逾越的階級。這樣，士兵往往能更加精銳，農民也能安心生產。“兵農分離”政策的另一個影響，就是流散民間的兵器被全部收繳，農民從此被徹底束縛在田地裏，再沒有成為士兵甚至武士的可能。象豐臣秀吉一樣發跡的故事，以後再也看不到了。
天下大亂之時，大量的流民和武士淪為盜匪，相當一部分流落到海上，就成了海盜。有些海盜被封建領主收編，成為其部下的海軍，比如幫毛利元就打贏嚴島之戰的村上武吉，幫織田信長造鐵甲船的九鬼嘉隆，都是海盜出身。更有些海盜遠渡重洋，騷擾劫掠大明和朝鮮沿海，就是臭名昭著的“倭寇”了。天下統一以後，豐臣秀吉頒布了“海賊禁製令”，收編了所有海盜和其船隻，建成一支強大的海軍。海上的商貿往來也被豐臣秀吉牢牢控製。沒有他的朱批手諭，出海做生意也成為不可能。史稱“朱印船”貿易。有了這些禁令，曾為禍一時的倭寇勢力被大大削弱。隻是，在享受山雨欲來前之平靜的人們怎麼也想不到，被收編的後倭寇在統一的指揮下渡海重來，會給朝鮮和大明的人民造成更為深遠的傷害。
雖然內政各方麵豐臣秀吉都比起先主織田信長來得寬大，但在宗教自由上，尤其是對外來的天主教，基督教，豐臣秀吉卻罕有地推出了限製政策。天主教比佛教抵達日本晚得多，但傳播速度卻一點也不比佛教慢。1549年，西班牙人FrancisXavier在鹿兒島建起了日本第一所教堂。1563年，肥前藩國的領主大村純忠成為第一個受洗的基督教大名。從此上流社會的貴族信教之風一發不可收拾。1582年，在大友宗麟和大村純忠的主持下，日本派遣了4名少年及一幹隨從出使歐洲，麵見教皇。他們出使的目的是要求羅馬教廷多派傳教士，加大力度向日本傳播天國福音，順便也可給日本一些經濟上的援助。這個出使團還帶回了許多歐洲的見聞和知識，令日本人大開眼界，史稱“天正遣歐少年使節團”。這大概是亞洲最早出使歐洲的官方使團之一吧。