可是，大約由於擔心天主榮耀會掩蓋自己的光芒，更因為諸多大名私下裏暗通外國，偷偷發展自己領地的貿易經濟，豐臣秀吉決定限製天主教和基督教在日本的傳播。九州征伐剛過，豐臣秀吉就宣布基督教為邪教，命令所有駐日本的外國傳教士在20日內離境。同時宣布在日本傳教違法，和禁止奴隸買賣。可笑的是，威勢無雙的豐臣秀吉發出的這道命令被大多數信教的日本人視若無物。貴族平民們還是繼續信佛的信佛，信耶穌的信耶穌。大名細川忠興的妻子細川玉子還和關白頂著幹，在發布基督教驅逐令之後受洗信了主。（明智光秀之女，鹹有父風。）
雖然豐臣秀吉對違反基督教驅逐令的人沒說什麼，但是如果傳教威脅到他的政權，豐臣秀吉就不會那麼寬容了。在日本傳教的基督徒主要有兩派，以葡萄牙人為主的耶穌會，和以西班牙人為主的聖芳濟格會。1596年，兩派會士因為在四國島上的貿易問題引發衝突。由於耶穌會的傳教士和貴族上層關係較好，他們便誣陷聖芳濟格會的教士們是西班牙企圖攻打日本而派出的間諜和先遣部隊，意圖在日本下層民眾間招兵買馬。謠言很快便傳到豐臣秀吉耳朵裏。雖然聖芳濟格會的教士們極力辯白，但由於沒有門路，豐臣秀吉根本聽不到。暴怒的豐臣秀吉命令將在四國島上的聖芳濟格會教士全抓起來，徒步流徙到九州島的長崎。26名教士和信徒被公開釘死在那裏。這是在日本第一次發生傳教士被屠殺事件。
為了彰顯統一天下者的榮耀，豐臣秀吉大興土木，建造了多所名城豪宅。早先開始建造的大阪城已經不能滿足豐臣秀吉的虛榮，他又下命令在京都附近建造了另一座大城：伏見城。伏見城原址在指月山上。不料1596年一場大地震，震垮了所有建築。豐臣秀吉隻好在附近的桃山（現木幡山）上另起爐灶，再築一座伏見城。由是，豐臣秀吉的年代也被稱為桃山時代。另外豪華的建築包括聚樂第，方廣寺等等。據說用來建造方廣寺的大釘和木梁鐵栓，都是用從兵農分離中收繳的農民們的兵器熔化鍛造的。可見此寺之宏偉。
令世人不解的是，豐臣秀吉還下令在荒蕪的肥前藩國鬆蒲郡建一座僅比大阪城稍小的巨型城堡：名護屋城。難道關白殿下有時候想耳根清靜，遠離喧囂的京都，所以到這荒島上建一座度假村？但是，人們很快就明白了豐臣秀吉的用意。名護屋城根本不是什麼度假村，而是向朝鮮和大明進軍的前線堡壘！一座運送供20萬大軍使用物資的中轉站，一座天下第一大的兵營！
1591年12月，豐臣秀吉將關白之位傳給外甥豐臣秀次，自己則稱太閣，意為“退休了的關白”。但野心勃勃的豐臣秀吉怎過得了頤養天年的日子？把內政大權交給豐臣秀次後，太閣風塵仆仆，親臨了剛築好的名護屋城。豐臣秀吉的意向再明顯不過了。小小的日本，已經盛不下豐臣秀吉建立一個曠古爍今，一個前無古人後無來者的龐大帝國的野心。為了讓自己的名字如太陽一般閃耀在萬邦的上空，為了實現一個前輩英雄們做夢也想不到的奇跡，豐臣秀吉甚至顧不上*日本300年戰亂留下的創傷，就向著朝鮮，向著大明出兵了！