根來眾和雜賀眾的根據地紀伊藩國與大阪城近在咫尺，隨時威脅著豐臣政權的權力中心。從前豐臣秀吉和德川家康對峙小牧山的時候，根來雜賀眾就出兵騷擾過防守空虛的大阪城，嚇得豐臣秀吉吃了不少定心丸才緩過來。
德川家康降伏以後，豐臣家首先要對付的，自然就是紀伊這股地方豪族勢力。
1585年3月10，豐臣秀吉起兵10萬，殺入紀伊。先鋒中村一氏，兵力3500，二隊筒井定次，猛將島清興，兵力5000，主力部隊有堀秀政1萬人馬，高山重友1萬，桑山重晴5000，細川藤孝2000，蜂屋賴隆3000，堀尾吉晴3000，淺野長政5000，增田長盛2000，豐臣秀次1萬，（秀吉大概再也不敢讓他殿後了。）豐臣秀長1萬，宇喜多秀家1萬5000，豐臣秀吉本隊2萬。陣容豪華，浩浩蕩蕩。
與此同時，中國毛利氏也被邀請加入討伐軍行列。小早川隆景率領著毛利氏的王牌水軍，與小西行長，九鬼嘉隆，仙石秀久等一同從水路進攻。依著豐臣秀吉的意思，這次要天網恢恢，疏而不漏。
根來眾的據點就在紀伊和和泉兩藩國交界附近的根來寺。寺前有三座城堡防衛，分別為澤城，積善寺城和千石堀城。其中，千石堀城號稱“當國第一堅城”，固若金湯。豐臣軍先鋒部隊分攻三城。筒井定次軍用火矢點燃了千石堀城內的火藥庫，頓時引起連環爆炸。據說大爆炸的威力把城中守軍都拋到天上去了。千石堀城陷落。其他兩城的命運也好不到哪裏去。在豐臣軍決對優勢的戰力麵前，兩城分別於3月22日和3月23日被攻陷。
至此根來寺已毫無防護地裸呈在豐臣軍麵前。雖然根來眾動用了他們引以為豪的鐵炮部隊，但很快被人多勢眾的豐臣軍衝殺得潰不成軍。3月24日，豐臣軍衝進寺中，與絕望的根來眾展開白刃戰。根來眾的領袖津田監物在亂軍中被增田長盛部殺死。豐臣軍一把火燒了根來寺，根來眾覆滅。
豐臣軍繼續南下，向雜賀眾的根據地太田城進軍。雜賀眾的新領袖太田宗正拒絕了前首領雜賀孫一的勸降，率眾迎敵。憤怒的豐臣秀吉立刻派出三路部隊近1萬人為先鋒，分由堀秀政，長穀川藤五郎和前野甚兵衛率領，衝向太田城。
正當豐臣軍開到太田城附近的一座森林裏，忽然四周發出一陣如雷般的巨響，瞬時森林裏陷入一片火海。被震懵了頭的豐臣軍士兵趕緊撤退，慌亂間人踩馬踏，死傷慘重。敗兵向豐臣秀吉報告說雜賀眾發明了新兵器，把豐臣秀吉臉都氣白了。從後世的資料看，雜賀眾可能使用了土製的地雷。豐臣軍不知所以，吃了大虧。
豐臣秀吉見強攻無效，便找來地圖察看城池附近的地形。可笑的是，這個太田城竟然和當年的備中高鬆城一樣，建在大川旁邊，三麵環山。豐臣秀吉暗自冷笑，太田城這次可是碰上克星了。
3月26日夜，豐臣秀吉動員了16萬9200民夫，迅速在太田城周圍造了一層圍堰。4月1日，開渠放水。幸運的是前兩天剛下過暴雨，川流水量很足，太田城很快被淹。與此同時，豐臣軍桑山重晴部勸降了附近的雜賀城。吹上城也被攻陷，大將土橋平次戰死。
太田宗正見大勢已去，便答應向豐臣軍投降。豐臣秀吉開出的條件是隻要守城軍51顆首級，剛好與之前遭雜賀眾地雷攻擊而死亡的豐臣軍士兵數一樣，就可以放過滿城軍民。太田宗正答應了條件。4月25日，太田宗正及以下51員守城將領切腹自殺。雜賀眾跟著滅亡。
還在圍攻太田城的時候，豐臣秀吉另派仙石秀久等進軍南紀伊，剿滅其他各族土豪勢力。在強大的豐臣軍麵前，各路豪族都做了鳥獸散。隻有少數湯川眾和熊野眾的徒眾們在繼續依賴地形負隅頑抗。豐臣秀吉急於要對付四國的長宗我部元親，沒功夫和遊擊隊幹耗，便與他們講和。第二年，豐臣秀吉找了個借口，把這些徒眾的領袖騙到大和藩國，全部殺害。自此，紀伊的土豪眾被掃蕩幹淨，豐臣家的勢力範圍裏又多了一個藩國。