原來正當池田恒興全力攻打岩崎城的同時，已把羽柴秀次軍包圍在穀底的德川軍也發起了總攻！可憐剛剛起床的羽柴軍還沒清醒過來，多數已掉了腦袋。在猛虎下山般的德川軍麵前，8000羽柴軍瞬間覆滅！羽柴秀次狼狽逃回犬山城。
在司馬遼太郎的《豐臣家的人們》一文中，記載了這麼一個趣聞。羽柴秀次在德川軍的追殺下走頭無路，急欲找匹馬逃命。不巧部將可兒才藏正騎著一匹寶馬跑過，羽柴秀次急忙追上去，命令可兒才藏把馬讓給自己騎。可兒才藏狠狠地瞪一眼秀次，說了句至今為無數金融界和保險業巨頭奉為至典的名言：“下雨天要借傘嗎？”說罷揚長而去。（的確，諸君可曾見過哪間銀行或保險公司向急需幫忙的人們伸出援手的？）幸運的是羽柴秀次終於向另外兩員忠心的部將，木下利直和木下利匡兄弟，借到了“傘”，撿回一條小命。徒步戰鬥的木下兄弟最終戰死。戰後，可兒才藏背棄了這個無能的主公，轉投到福島正則麾下。在後來討伐北條氏的時候，可兒才藏奮戰，被北條軍驚為鬼神。可見，就算是武藝高強的武士也隻有到真正有能力的主公下才能發揮潛力啊！
趁勝追擊！德川軍擊潰羽柴秀次軍後，跟著就殺到了堀秀政陣前。此時德川軍士氣高昂，主力6300人由德川家康和部將井伊直政分統。其中井伊直政部下3000人全是原武田軍的老兵。這支隊伍不但繼承了武田信玄傳下的兵法，還都是身穿清一色紅盔紅甲的“赤備”，是德川軍精銳中的精銳。井伊“赤備”也成了武田信玄之後新一代令人生畏的騎兵部隊。（武田信玄不死！）另外德川軍前鋒水野忠重4500人，再加上織田信雄3000人，基本上對奇襲隊已形成兵力優勢。
羽柴軍有“名人久太郎”之稱的堀秀政卻不是個好相與的。接到羽柴秀次殿軍潰敗的報告後，堀秀政立刻收容了逃到自己營裏的敗兵，在檜根高地上布防，同時飛馬向森長可池田恒興兩部報訊。7時左右，德川軍先鋒榊原康政追到檜根。初戰得勝的德川軍完全沒料到堀秀政已經嚴陣以待。在堀軍密集的鐵炮火力前，榊原軍死傷慘重，不支撤退。兩員大將本多康重和大須賀康高也都被打成重傷。正當堀秀政想趁勝追擊的時候，德川家康的主力也殺到了。看到德川軍陣中金扇馬標時（相當於表明主將身份的帥旗），堀秀政就知道大事不妙，德川家康親自出馬了！這已不是自己區區3000人馬可以抗衡的了。堀軍立刻北撤，終於安全逃回本國。
但是更深入的森長可池田恒興就沒有那麼幸運了，他們的退路已經被德川軍切斷。聽說了德川家康親征的消息，森長可也立刻掉轉馬頭，回到歧阜嶽一帶布陣，希望能拚個魚死網破，逃得一線生機。不久，池田恒興也從岩崎城撤回，開到森軍附近的佛根山布防。此刻奇襲隊共有人馬約9000，分三處布陣。右翼是池田恒興長子池田元助4000人，左翼是森長可的3000人，池田恒興本隊2000人居中接應。
9時許，德川家康本隊也開到決戰戰場佛根。大軍之前開路的，赫然是井伊直政的“赤備”騎兵！德川家康和織田信雄本部緊跟其後。10時許，戰鬥打響，兩軍勢均力敵，喊殺震天，一時間鬥了個旗鼓相當。羽柴軍森長可身著潔白的羅紗陣羽織（穿在鎧甲外的馬褂），身先士卒，在兩軍陣前來往衝突，想拚死殺出一條血路。突然，井伊直政軍中一陣鐵炮槍響，一顆子彈正中森長可眉心。森長可當即戰死，年僅27歲。森長可以武勇名揚天下，有“鬼武藏”之稱。其父森可成，兄森可隆，三個弟弟森蘭丸，森坊丸，森力丸都為織田家戰死沙場，可謂是像楊家將一樣的滿門忠烈。據說森長可在此次出征前留有遺言，囑咐自己的女兒以後不要嫁入武士家門，而應找一個從醫的夫婿度過一生。大概是這位勇猛無雙的武將對“瓦罐不離井上破，將軍難免陣前亡”這句諺語最深的感悟吧，森長可不想疼愛的女兒做也寡婦，而未來的女婿行醫濟世，說不定還能洗刷自己殺人無數的罪孽於萬一呢。（隻是不知道以今天醫生這行在社會和人們心目中的地位，後世的父親們還會不會再立這樣的遺囑？）
德川軍殺死了森長可，並高舉其首級示威，森軍終於潰散。此時羽柴軍戰線已不能維持，敗局已定了。自知不免的池田恒興仍率軍死戰。亂軍之中，池田恒興清晨時被打中的小腿舊傷複發，被德川軍大將安藤直次瞅準機會一槍刺落馬下。另一員大將永井直勝立刻搶上割下池田恒興首級。池田恒興是年49歲。長子池田元助聽說父親戰死，悲憤不已，拚命殺入德川軍陣中，也不幸被安藤直次殺死，年僅26歲。池田家僅有次子池田輝政在戰前被父兄勸走，逃回居城，美濃的尼崎城，所幸沒有絕嗣。
至此，羽柴軍奇襲隊除了堀秀政一部3000人外，全軍覆沒。心滿意足的德川家康檢視了戰場，於下午2時撤回小幡城。
樂田大本營裏的羽柴秀吉聽到敗報已是正午時分了。為了救援奇襲隊，羽柴秀吉親率2萬人馬攻打防守空虛的小牧山城，以期以“圍魏救趙”之計引回德川家康主力，讓奇襲隊逃出生天。不料小牧山城雖然兵僅6000，但在本多忠勝的率領下頑強奮戰，頂住了羽柴軍的壓力。羽柴秀吉竟討不到絲毫便宜。可以說，德川軍能保持長久手大捷的戰果，在小牧山奮戰的本多忠勝居功至偉。正是因為其沉著應戰，才使得大本營未被羽柴軍襲破，保證了戰場大局的勢均力敵。德川家康讓本多忠勝這樣的猛將留守，的確是有獨到的用人之處。而本多忠勝也沒有辜負這份信任，從此被世人尊為“德川四天王”之首。（另外三人分別是榊原康政，井伊直政和酒井忠次。但也有以資曆論輩分的說法，把酒井忠次排在第一。）
小牧山城之前兩軍混戰到夜晚8時，德川家康和織田信雄終於帶著大部隊返回大本營。羽柴秀吉見大勢已去，隻得暫時停戰，於第二天一早返回了樂田大本營。奇襲作戰完全失敗，小牧山戰場又恢複了兩軍對峙的膠著狀態。5月1日，心灰意懶的羽柴秀吉把大本營後撤回犬山城。
長久手一役可說是羽柴秀吉征服天下是遇到的第一個挫折。德川家康的奮戰竟使得雄才大略的羽柴秀吉無可奈何，真讓人感歎“既生瑜，何生亮”啊！