洪武二十五年（公元1392年）四月，太子病死，大明王朝的政治走向發生天翻地覆的變軌。
當年九月，朱元璋立太子第二子朱允炆為皇太孫。
朱允炆生母為呂氏，在朱標長子朱雄英早夭，原配常氏死後，朱允炆生母呂氏也得以扶正，朱允炆從而成為朱元璋嫡長孫。
而朱標原配常氏，是開平王常遇春的嫡女。常遇春是淮西軍功集團的靈魂人物，僅次於中山王徐達。
所以，淮西軍功集團與皇太孫朱允炆之間沒有像朱標、朱雄英一樣的姻親關係，也就沒有共同的政治利益。
因此，朱元璋為了以絕後患，便對淮西軍功集團下手了，藍玉案便是這麼來的。
朱元璋對皇太孫的教育也是仿效昔日太子的教育，按部就班，學問與德行並重，批閱公事，平決政事，學習如何做一個守天下的皇帝。
諸子中除了第九子和第二十六子早亡外，其他二十三子都封王建國。其中，第四子燕王朱棣靠著靖難之役登基稱帝，成為明朝的第三代皇帝，縊號明成祖。
由於從小教育的好，諸子成年後基本都很能幹，獨當一麵，可擔大任。
洪武二十六年（公元1393年）之後，功勳宿將基本上殺完了，幹活的沒了，朱元璋隻能將北邊的軍事交給第二子秦王、第三子晉王、第四子燕王。
其他分封在邊境的幾個小王也能領兵打仗，替幾個哥哥分擔下巡邏斥候的任務。
除了軍事，諸子在文學方麵有建樹的也有不少。
第五子周王喜好讀書，能寫詩詞歌賦，著有《元宮詞》百章。此外，周王還喜歡研究醫術，搜集可以救饑的四百多種草類，著成《救荒本草》一書。
第十七子寧王鑽研詩詞、史學，頗有成就，撰有《通鑒博論》《漢唐秘史》《史斷》《文譜》《詩譜》等著作數十種。
此外，第八子潭王、第十子魯王、第十一子蜀王、第十六子慶王都禮賢下士，對文學頗有興趣。
第十二子湘王，更是文武雙全。朱柏性好學問，常讀書至夜半時分，並設立“景元閣”招納賢才去校讎書籍。
朱柏亦喜愛談論軍事，他的膂力過人，弓矢刀槊運用自如，騎馬飛快，有豪俠之氣。而朱柏每出入，則縹囊載書以隨，遇寒暑，仍不廢講誦。
過山水勝境，朱柏便徘徊終日，必為之賦詩作文，銘刻於石上。朱柏尤善道家言，自號“紫虛子”。
當然，朱元璋有爭氣的兒子，必然也有不爭氣的兒子。
一個是第十三子代王朱桂，性格暴躁，早年幹了很多荒唐事。到了晚年，代王仍不思悔改，帶著幾個狗腿子遊蕩在大街上，盡幹一些傷天害理的勾當，辱沒皇室尊嚴。
一個是末子伊王朱㰘，好武事，不喜歡留在宮中，時常帶著彈弓和劍，騎馬奔馳於郊外，動輒襲擊躲避不及的百姓。
同時，朱㰘生活縱欲而無法度，平時削發裸身與男女雜處無所顧忌，並以此為樂。
此外，朱㰘不僅喜歡自己裸身，還喜歡將平民百姓剝得精光，看著人家困窘的模樣發笑，真是喪盡天良。
朱元璋在世時對諸子管教甚是嚴格，絕不姑息。
第二子秦王多有過失，屢次被朱元璋訓斥，朱標多次替他說情，這才免於廢黜。秦王死後，朱元璋親自給他定縊為“湣”。
縊冊文說：“朕封建諸子，以爾年長，首封於秦，期永綏祿位，以藩屏帝室。夫何不良於德，竟殞厥身，其縊曰湣。”
第十子魯王服金石藥，以求長生，結果毒發傷目，不久身亡。朱元璋很不喜歡，親自欽定諡號為“荒。