馬皇後心地善良，總是替人求情說好話。
朱元璋在前殿發脾氣，要砍人。馬皇後則在宮裏等著朱元璋，左說右說，婉轉相勸。
盡管朱元璋有時很敷衍，但總歸是從屠刀下救了不少的臣子。
朱元璋的侄子朱文正行為不檢，被朱元璋猜忌，朱文正的多數幕僚被朱元璋以“蠱惑人心”的罪名處死。
但是，這還不算完，朱元璋打算叫朱文正過來當麵質問，意欲讓這個唯一的侄兒實現物理層麵的消失。
馬皇後趕忙勸解：“這孩子以往驕縱壞了，你看在孩子隨你南征北戰的功勞上，原諒他吧。
尤其是當年陳友諒進犯的時候，文正一人獨守南昌城，不讓賊寇前進半步，這功勞可是別人不能比的。
而且，你隻有這一個親侄兒，縱然他做錯了事，但是念在骨肉親情的份上，饒他一次吧，不然你到了黃泉路上，怎麼麵對你哥啊！”
聽罷，朱元璋心中怒火平複了很多。但是，朱文正這小子一點也不知道收斂，私下裏發牢騷，結果被人告發。
馬皇後又勸解道：“這孩子就是嘴直，但是沒有什麼壞心思的，造反是萬萬不敢的。”
大學士宋濂的孫子宋慎，被人告發為胡惟庸案的黨羽。宋濂也被抓了，罪名是連坐，要被判死刑。
馬皇後給宋濂求情：“尋常百姓家請先生教弟子都是客客氣氣、十分恭敬，更何況是教導皇家子弟的先生啊！宋濂一直待在原籍，對於這件事根本不知情，應當是無罪的！”
但是，胡惟庸案是朱元璋心中的一根刺，不能輕易觸碰和動搖。因此，沒有答應馬皇後的請求。
馬皇後隻能換一種方式勸諫朱元璋。
到吃飯的時候，朱元璋見馬皇後不吃飯，也不喝湯，心裏十分納悶：“你是身體不舒服啊，還是飯菜不對胃口？”
馬皇後回答都不是，她在給宋先生修福，希望宋先生能夠平平安安。
朱元璋見狀，很是心疼。第二天，朱元璋便特赦了宋濂，免除了他的死刑，將他流放到了茂州。
諸王的師傅李希顏脾氣暴躁，以往教導鄉下孩子慣了，到了皇家還是原來的教導方式，動不動就體罰懲治。
一天，一個小王爺的額頭被李先生打了一個大包。小王爺哭著向朱元璋告狀。
朱元璋一邊摸著兒子的腦袋，一邊醞釀著心中的怒火，準備一會兒提刀砍了這廝，也不看看自己幾斤幾兩！
馬皇後則在一邊勸解道：“師傅拿聖人的道理教導孩子，能有什麼錯啊！你這生什麼氣啊！”
聽完這番話，朱元璋自己也笑了，但怒火起來了，不得不消，便又把孩子打了一遍，讓他惹師傅生氣！
洪武十五年（公元1382年）八月，馬皇後因病逝世，享年五十一歲。
生病的時候，馬皇後自感時日不多，擔心連累太醫，便不肯服藥醫治。臨終的時候，馬皇後還勸誡朱元璋要任用賢能，敢於納諫，不要大開殺戮。
馬皇後去世後，朱元璋悲痛萬分，決定不再立後。義子沐英當時鎮守雲南，聽到消息，哭得吐血。
宮人感念馬皇後的慈悲，作歌追頌道：
我後慈悲，化行家邦。撫我育我，懷德難忘！
懷德難忘，於萬斯年。毖彼下泉，悠悠蒼天。