887年宇多天皇即位時，任藤原時平為“藏人頭”。在藤原基經死後，宇多天皇於(陰)二月底準許菅原道真升殿，即進入朝廷。又補他為藏人頭，然後升時平為參議。參議是能夠參與朝政，議論國家大事的重要職務，其地位僅次於大臣和納言，一般從大辨、近衛中將、藏人頭、左中辨、式部大輔等位階列入三位的高官中任命。所以時平雖然比菅原道真小二十七歲，但地位卻比菅原高。
同年(陰)三月，菅原道真又任式都少輔。(陰)四月兼左中辨，不久辭去了藏人頭職務。
892年，宇多天皇大力開展修史事業。(陰)五月初敕命源能有、藤原時平修撰《日本三代實錄》。所謂三代，就是指清和、陽成、光孝，包括857年到887年間三十年的曆史。稍後一些，又敕命菅原道真撰進《類聚國史》。《類聚國史》的要求，就是把《日本書紀》、《續日本紀》、《續日本後紀》和《文德天皇實錄》五部史書，按神抵、帝王、歲時、音樂、政理刑法等部類分類編輯。對菅原道真來說，這是很大的榮譽。到同年(陰)十二月，他又兼左京大夫，並奉敕在清涼殿進講《群書治要》。
893年(陰)二月，菅原道真也被任參議，並兼式部大輔。當時任參議的還有源真恒、藤原有穗、源湛等。以能力而論，自然菅原道真要高明得多。而藤原時平又走前一步，已升為中納言了。[4]同月，菅原道真又由左中辨升為左大辨，(陰)三月，又兼勘解由長官。(陰)四月，宇多天皇立敦仁親王為太子，又命菅原道真為東宮的輔導人員“chun宮亮”。(陰)九月，菅原道真撰進《新撰萬葉集》。從這樣的升遷過程，可以看得出宇多天皇在特別提拔他。分析其原因，可以歸結為下列三點：第一，在“阿衡事件”發生時，一般儒生都不敢表明態度，而菅原道真特地為此上書藤原基經。表麵從藤原基經的立場出發考慮問題，而實際上是為橘廣相解脫困難，進一步說，也使宇多天皇脫出了困境。第二，宇多天皇長期受藤原基經的壓抑，在基經死後，就培養與藤原北家相對立的自己的力量。於是他看中了菅原道真。第三，菅原道真不僅是個文人，而且有辦事能力，比當時同輩人強些，也許宇多天皇認為足可以信任。
這種情況，藤原北家係統的貴族當然看得出來，藤原時平必然有所覺察。這股傳統的貴族勢力正在找一個排擠菅原道真的機會。
894年(陰)八月，宇多天皇任命菅原道真為遣唐大使，左少辨紀長穀雄補副使。
可是，他麵對當時的現實，於(陰)九月十四日提出了《請令諸公卿議定遣唐使進止狀》。原文如下：
右臣某。謹案在唐僧中瓘去年三月附商客王納等所到之錄記，大唐調弊，載之具矣。更告不朝之間，終停入唐之人。中瓘雖區區之旅僧，為聖朝盡其誠，代馬越鳥，豈非習性。臣等伏檢舊記，度度使等，或有渡海不堪命者，或有遭賊遂亡身者，唯未見至唐有難阻饑寒之悲，如中瓘所申報；未然之事，推而可知。臣等伏願以中瓘錄記之狀，遍下公卿博士詳被定其可否。國之大事，不獨為□身，且陳欵誠，伏請處分。謹言。
這篇狀文，主要說明唐朝情況凋弊以極，沒有派使去的必要；如果派去，恐有“難阻饑寒之悲”。在此之前，在(陰)七月中已將中瓘送來的“錄記”上報。《菅家文草》也載有《太政官牒在唐僧中瓘報上表狀》：
牒奉敕者中瓘表悉之。久阻兵亂，今稍安和。一書數行，先憂後喜，□源茶等準狀領受。誠之為深，溟海如淺。來狀雲：溫州刺史朱褒特發人信，遠投東國，波浪眇焉，雖感宿懷，稽之舊典，奈容納何，不敢固疑。中瓘消息，事理所至，欲罷不能。如聞商人說大唐事之次多雲：賊寇以來，十有餘年，朱褒獨全其部，天子特受忠勤，事之仿佛也。雖得由緒於風聞，苟為人君者孰不顧耳以悅之。儀製有限，言申誌屈。迎送之中，披陳旨趣。又頃年頻災，資具難備，而朝議已定，欲發使者，辨整之間，或延年月。大官有問，得意敘之者，準勅牒送，宜知此意。沙金一百五十小兩，以賜中瓘，旅庵衣缽，適支分□。故牒。
參照這兩個文件，雖然有些文句還不能完全理解，但是大體上可以認識到，唐昭宗在風雨飄搖的形勢下，還由溫州的朱褒通知日本已經好久沒有派遣使節，而日本方麵因為連年發生災禍，派遣有困難。在(陰)七月中還想“或延年月”，而(陰)八月中突然任命菅原道真為遣唐大使，未免有些突然。或許暗地裏有什麼政治謀劃在起作用，亦未可知。菅原道真處於被動的地位，於是索性把該不該廢止遣唐使的基本問題提出來，請公卿公開討論。到(陰)九月三十日，宇多天皇終於停罷遣唐使。如果沒有宇多天皇對菅原道真的支持，照前一次小野篁副使稱病不去而被流放隱岐島的事例[5]來處理，菅原道真也會被流放到偏僻地方去的。可是這一次卻一點也沒有影響菅原道真的政治生活。
菅原道真這樣做是很不容易的，因為廢止遣唐使，對他祖父清公以來兩代的傳統來說是一種背叛；而另一方麵更容易被人指責不敢冒風濤之險，是一種儒怯的表現。但菅原道真畢竟勇敢地根據事實提出廢止之議，當時的事實是：（一）唐朝已經調弊之極，戰亂頻發，遣唐使即使上陸後，還會經曆許多艱難險阻，而不見得會有多大收獲；（二）北邊新羅勢力侵及對馬島一帶，南邊北九州一帶海盜猖獗，遣唐使船隻無法保護。在這些具體事實麵前，終於把維持了二百六十四年的遣唐使傳統徹底結束。
我們還很難推測，委任菅原道真是否是又一次排擠他的陰謀。也許宇多天皇的好大喜功的心理被人利用了，他本人還以為菅原道真一定樂意這個任命；不料菅原道真根據當時中國的情況從根本上否定了遣唐使的派送，這才使他猛醒過來，取消了這次任命。藤原集團的人自然會從不服從詔命這一點對菅原道真進行誹謗，但陰謀已經露出破綻，無濟於事了。
現在再從晚唐的情況來看，菅原道真作出這樣的決定是完全正確的。在黃巢農民大起義被鎮壓後，中國各地擁兵割據的軍閥互相攻占，唐朝朝廷已經失去威信。所以，“不朝之問”是否來自唐昭宗（889一904年）很是可疑。溫州刺史朱褒，是在882年由浙東觀察使劉漢宏招安的。他在溫州獨霸一方，朝廷遣使，也不奉詔。890年他把刺史讓給他哥哥朱誕，894年又交給他另一個哥哥朱著。[6]他這樣的人能傳達朝廷的旨意嗎？如果菅原道真信以為真，當上遣唐使，即使平安抵達溫州或其他港口，他的使節團的遭遇可想而知，所以菅原道真的確有先見之明。
在中日關係史上，由於一般隻講到838年以藤原常嗣為首的遣唐使為止，對這次遣唐使的廢止沒有加以深入分析。或許還有人以為此舉出於菅原道真對中國文化的不理解，對唐朝的不友好態度。而事實上，菅原道真卻是一個累世研習中國典籍、深知唐朝實際情況的人。近來日本又有人認為菅原道真已經具有建立日本文化的自信心，所以決心不再向唐文化學習，此舉對日本文化的獨立發展有巨大的貢獻。那又未免誇大了它的作用。我們仔細查看菅原道真的著作，還看不出他有這樣的想法。他深深沉浸於中國文化之中，但對不合時宜的這種政治行為又竭力反對。
這次風波過後，菅原道真仍然官運亨通。895年年初，兼近江守，(陰)十月，敘從三位，任中納言，(陰)十一月，又兼東宮的權大夫。在名義上，藤原時平是東宮大夫，那是因為依然照著家督的傳統，而擔任實際輔導的卻是菅原道真。
896年(陰)八月，菅原道真又兼民部卿，並處理一些官田問題。(陰)十一月，他的長女進入宮內，他也成為外戚。他和宇多天皇的關係越來越接近，而他自身也逐漸受到藤原北家以外的官吏的反對。897年(陰)六月，藤原時平任大納言、左大將，而同一天，菅原道真也任權大納言、兼右近衛大將。藤原北家從良房、基經以來的權勢，本來要高出以文章世家的菅原家不知多少，這次卻有些旗鼓相當了。
同年(陰)七月，五十三歲的宇多天皇讓位，太子繼位，是為醍醐天皇。醍醐天皇即位時才十三歲，宇多天皇寫下了《寬平卿遺誡》，就公事儀式、任官敘位、臣下賢否以及動作、學問等都留下了懇切的訓誡。而總的情神是要警惕藤原北家的權勢抬頭，並強調了菅原道真的功勞。[7]醍醐天皇即位時，菅原道真升正三位，不久兼中宮大夫。
當時的朝廷，至899年時，藤原時平為左大臣，菅原道真為右大臣。菅原道真當時曾提出辭退，但沒有實現。
900年年初，醍醐天皇秘密地想任右大臣菅原道真為關白。如果實現，他就會超越藤原時平的地位，這是相當危險的，菅原道真堅決推辭掉。他又屢次請辭右大臣[8]以及右近衛大將，終於皆未辭掉。同年(陰)八月，他把菅原清公的《菅家集》六卷、菅原是善的《菅相公集》十卷和他自己的詩文集《菅原文草》十二卷，合成《菅家三代集》進獻，醍醐天皇為此著實稱讚了一番，認為勝過了白居易。[9](陰)十月他父親的門生、文章博士三善請行寫信給他，勸他急流勇退。[10]當時的政治形勢已經可以看出，菅原道真已經被夾在天皇集團勢力與藤原北家勢力之間了。菅原道真越受醍醐天皇信任，越成為藤原時平的對立麵。
不滿意菅原道真的還有如源光這樣的大貴族，他是仁明天皇之子而降為臣籍的。他於891年任中納言，899年任大納言。他也不甘心居於菅原道真之下，就和藤原時平勾結在一起。
到901年(昌泰四年)正月七日，菅原道真敘從二位。這是菅原道真登峰造極的時候，可是危機四伏，悲劇即將出現。
貶官死去
政治風雲的變幻，不是參與機密的人是不容易掌握真相的。901年(陰)正月七日，菅原道真才敘從二位，而二十五日就被貶官，離開朝廷，到太宰府（在今福岡縣）去當“權帥”。
《日本紀略》載當天：“諸陣警固。帝禦南殿，以右大臣從二位菅原朝臣任大宰權帥，以大納言源朝臣光任右大臣。”在《政事要略》卷二十二載有宣命原文：
而右大臣菅原朝臣出自寒門，俄上居大臣，而不知止足之分，有專權之心。以佞謅之情，欺惑前上皇之意……欲行廢立，離間父子之誌，淑破兄弟之愛。詞者辭順心逆，是皆天下所知，不宜居大臣之位。
由此可知，因為醍醐天皇得知菅原道真企圖廢立，這才激起了他的憤怒，不得不采取嚴厲措施。文中提到上皇，那就是宇多天皇，當時雖已皈依佛教，稱為法皇，但仍健在。他對這件事采取什麼態度呢？據《日本紀略》載：
三十日，太上皇禦幸左衛門陣。官人以下衛士不下胡床。上皇通夜不還，二月一日，上皇還本宮。
當時，宮廷的警衛已經掌握在菅原道真的反對派的手裏，所以連宇多法皇本身在左衛門前堅持了很久，也沒有讓他進宮，而且極不禮貌。據記載，當時掌握宮門警衛的是藤原菅根（856—908年）和紀長穀雄。藤原菅根是由菅原道真推薦，任參議、文章博士；紀長穀雄在菅原道真任遣唐大使時任命為副使，他的文章博士也由於菅原道真的推薦，表麵上還私交很好；可是他們兩人都已投入了藤原時平的懷抱。
至於宣布中的“淑（？）破兄弟之愛”，當然是有所指的。原來醍醐天皇的三弟齊世親王是菅原道真的女婿，於是利用這層關係，給菅原道真套上了想廢醍醐而立齊世的圈套。這個陰謀自然出於藤原時平，醍醐天皇的生母是藤原胤子，她是藤原高藤的女兒。藤原高藤的父親藤原良門因為是庶出，不能與藤原良房相比，但醍醐天皇總與藤原北家有血緣關係，這就使藤原時平有了內線。齊世親王的母親則是橘廣相的女兒橘義子，更會引起藤原時平的憎惡感情。醍醐天皇雖然長期受過菅原道真的教導，但是一旦事關自己皇位，那就不菅一切，一下翻臉，把宇多天皇給他的《寬平禦遺誡》也拋到九霄雲外去了。
關於這個問題，在日本有好幾種說法：一種認為菅原道真完全是被誣，他本身毫無這種想法；一種認為宇多法皇有這種意圖，而菅原道真是代人受過；還有一種認為菅原道真也有此意圖。我們從菅原道真的一貫作風來分析，可以認為他具有一種守正不阿的精神。他做東宮“權大夫”時，對太子過分嚴厲也許有之，如果說他在醍醐天皇繼位後又想廢掉他，另立自己的女婿，恐怕是不可能的。但他把第三個女兒嫁給齊世親王，的確留下了一個給藤原時平可乘之機。這個主意也可能是宇多上皇出的，菅原道真不過奉命罷了。所以後來發生這件事的時候．宇多法皇親自想來保他。宇多法皇的出麵，甚至不僅想保菅原道真個人，而想繼續貫徹地反對藤原北家的主張。可是他在複雜的政治鬥爭中，也不得不嚐到了閉門羹。