外麵沸沸揚揚，真正能決定一切的許進臣，卻頭疼於本土的變故，他不能不考慮本土對南亞的影響，因為朝廷和都督府派來的使節都來了。
本土傳來的消息混亂不堪，一些消息說皇帝罷免了大都督，並在東林黨人的推動下，有計劃地逐步收回殖民地的管轄權；另一些說法則是大都督已經集結了數十萬大軍，隨時可能推翻朝廷，建立新朝。
朝廷使節給許進臣的承諾是：如果許進臣領軍回國，支持朝廷，朝廷將正式冊封他為南亞王，世襲罔替；許諾他為大明西南兵馬總指揮使，主持西南軍務，協助管理東南亞殖民地；這位使節保證，喜馬拉雅諸國和烏斯藏效忠皇帝，到時候將幫助他鎮壓叛亂。
都督府的使節向他重申《殖民法》，表示都督府絕不幹涉殖民地內部事務，並要求許進臣遵循法令，不得幹涉本土內政。這位使節甚至暗示他，總督喜馬拉雅的肖楚聯是新黨成員，如果他領軍北上，不僅來自本土的物資將被斷絕，喜馬拉雅的駐軍也將與他為敵。
兩位使節的不同態度，或許可說明都督府在軍事上是占據優勢的，朝廷需要他領軍回國，都督府隻要他置身事外就行了。
不過，軍事上的優勢並不能說明一切，都督府組建的國防軍駐防全國，殖民軍不計其數，但1634年西北軍兵敗波斯，都督府因為過度擴張，以至於到了無兵可派的地步，不得不從局勢並不穩定的南亞調兵，釀成了一場災難。
三四十年代，皇帝和都督府的鬥爭表麵化，傳說都督府數次調兵，皆因諸多顧忌而放棄，轉而利用來自殖民地的財富擴大都督府在民間的影響力。
1647年，都督府主要財源的南洋殖民地不堪重負，驅逐殖民官員，將貿易權轉交給西人，都督府不得不調兵彈壓，這次彈壓雖然沒有釀成流血衝突，卻讓南洋移民不再信任本土商人。
1650年三月，以馬達藍李家為首的十九世家，聯合上萬移民莊園發表聲明，自組蘭芳公司，所有南洋移民莊園出產統一由公司收購外貿，外來商人不得直接與移民莊園聯係采購，廢除本土商人的貿易壟斷，隻承認明國商人的優先權。
《蘭芳宣言》直接觸犯了都督府的利益，通過蘭芳公司的轉口貿易，都督府的殖民收入縮小了三分之一。八月，都督府宣布蘭芳公司非法，南洋艦隊封鎖南洋主要貿易港口，隔絕外來船隻，逼迫公司解散。
蘭芳公司隨即組建自己的貿易船隊，在《殖民法》的保護下，懸掛日月十字星旗的蘭芳船隊在南洋艦隊的炮口下與荷蘭商人交易。都督府對應建立封鎖機製，向使用軍事通（航）道的南洋貿易車隊和船隊征收高額路費。南洋移民在蘭芳公司的鼓動下同仇敵愾，大力開辟林間小道和偏僻航道，不惜將大量貨物堆積損毀在倉庫中，拒絕就範。
1650年八月，都督府利用棉島土著動亂，宣布南洋殖民地進入戰時狀態，“暫時”收回南洋自治權，從本土調軍鎮壓南洋土著暴亂。不甘示弱的蘭芳公司，立即聯合莊園民軍組建平叛軍，率先發起平亂戰爭。
1651年正月，都督府組建的第一批平叛軍在交趾海域得到確切消息，棉島暴亂已經被蘭芳軍平息。師出無名的平叛軍停駐交趾兩月，都督府命令他們返回本土。
四月初，第一批平叛軍與第二批平叛軍在淡水會合，於五月中旬登陸福州，不久以“東林黨阻礙平叛軍，放任南洋土著殘害移民……得知當地移民自組軍隊，奮力平亂，竟汙蔑南洋移民為暴民”為借口，全軍北上，共兩萬餘人，自稱“為了帝國人民的利益，驅逐禍國殃民，汙蔑忠勇漢民的東林黨”。
平叛軍一路北上，沿途不斷有國防軍、地方軍加入其中，沿海省份紛紛聲援平叛軍。大軍進入北直隸，直趨北都，朝野震動。東林黨大量逃亡，少數中堅分子宣布與北都共存亡。皇帝請求都督府平亂，都督府以“人民的呼聲不容忽視”為由，拒絕出兵進攻移民武裝（平叛軍自稱殖民軍，屬朝廷允許的民間“自發”武裝）。