無數喪失土地的土著成為移民莊園中的平民和農奴；大量的土邦領主因為喪失土地和農民（農奴），被明軍強製遷入指定的軍鎮，在這裏，他們得到南亞殖民政府的適當補償，享有名義上的所有權和一定的莊園稅賦分配權；少數堅決反對明軍莊園建設的土邦領主遭到殘酷的鎮壓，其領地收益分配權被明軍及其“合法”繼承人共同瓜分。
為了便於管理，明**鎮被人為劃分為若幹個等級，一級軍鎮主要集中在拉傑沙溪、薩伊斯，這裏完全由南亞總督統治；二級軍鎮主要分布在孟加拉和奧德，它們大多是前南亞殖民政府建立的殖民地，由移民和總督共同統治；三級軍鎮主要集中在比哈爾，甘德瓦爾，奧德邊境，這裏是總督府建立的新殖民地，由軍隊和總督共同統治，駐紮重兵。
許進臣自任總督、統領，軍政大權集於一人，因為這個原因，總督府和統帥部隻有名義上的分工，大量軍政官員互相兼任，實際權利掌握在許進臣的親信幕僚團體和許肖兩家手中。
整個南亞殖民政府的統治體係，表麵上保留了明國殖民法，實際上效仿的是莫臥爾的統治形勢，六百個軍鎮就像莫臥爾分配到各地的部族，分別掌控（統治）各個地區。其中的區別是，軍鎮能從各自管理的莊園生產中自給自足，並且帶有強烈的擴張性。
以各自駐地為中心，莊園和依附於莊園的土著，軍鎮與依附於軍鎮的土邦，隨著軍鎮和莊園實力的增強不斷發展，實際控製麵積不斷擴大。殖民軍鎮對土邦領地的不斷蠶食，在軍鎮擴張的早期沒有遭到土邦的激烈反抗，土邦將軍鎮的發展視作征服者正常的劃分勢力範圍。
隨著軍鎮的快速擴張（移民的增加速度高於莫臥爾部族的繁殖速度），軍鎮與土邦的矛盾逐漸尖銳，軍鎮與土邦的戰爭開始了。在鎮壓土邦的叛亂中，少數軍鎮被迫撤銷，少數軍鎮得到進一步加強，最後形成了近代的南亞版圖：大約三十多個強大的土邦和兩百多個軍鎮共同組成了未來的南亞邦聯。
十七世紀五十年代的軍鎮還牢牢掌握在許進臣手中，初建的六百個軍鎮，許家占據了兩百個，肖家與許家不相上下，由許肖兩家直接控製的軍鎮超過一百個。軍鎮既是駐軍所在地，也是明軍在地方的統治中心，明國移民大多居住在軍鎮當中，外圍莊園除了移民們自建的保安隊和管理人員，主要是負責生產的土著。大多數情況下，軍鎮駐軍一個小隊，民軍和保安隊五六百人，每個莊園的明國移民在五到八個之間，莊園的實際生產完全由土著負責，隻有極少數莊園是由明國移民親身參與管理和生產。
除了地方軍鎮，在奧德，甘德瓦爾和比哈爾，南亞總督府共建設六個邊鎮駐軍基地，邊鎮駐軍各五到八個明營和十個左右的土軍營。最大的三個邊鎮坐落於奧德邊境，共駐軍兩萬餘人。
注：
中世紀歐洲，不論國王還是貴族，私兵的數目一般在百人以內，在不征召農奴（農民）之前，強大如法國，整個國家常備軍隻有數千人。全國分屬若幹貴族領地，貴族領地裏有若幹騎士，爆發戰爭時，國王召集貴族，貴族召集騎士，組織起一支騎士為主，倉促召集的農民為輔的大軍。戰爭結束則大軍解散，貴族回到各自領地。
中世紀貴族間的戰爭是如此頻繁（大約歐洲每天有數百起），以至於基督教多次發起和平運動，規定每年，每月的若幹日子不得戰爭，也就是傳說中的休戰日。大多數戰爭都是貴族騎士之間的較量，就像三國演義中大將單挑，小兵不過是戰爭的配襯。這個時代的戰爭是貴族間時髦的運動，平民百姓沒有資格參與這種刺激的遊戲。貴族們打了敗仗大多時候賠錢，交付贖金，偶爾也會聯姻，最苛刻的懲罰是奪取對方的征稅權。戰勝一方不能奪取對方的領地，否則就破壞了貴族間的“規矩”。
穿越到中世紀，武力值足夠，征戰天下泡公主做種馬不難，想建立帝國則不可能，中世紀的歐洲是文盲的天下，征服者找不出足夠的管理人才打理江山；指望利用先進武器忽悠中世紀貴族更不可能，熱那亞十字弓弩手（著名的雇傭軍）在戰場上可以輕易射殺貴族騎士，因此，貴族們禁止弓箭手射擊騎士，否則嚴懲。著名的英格蘭長弓，因為射殺太多貴族，讓英國人的名聲在很長一段時間裏臭名昭著。
中世紀極盛時期，地方貴族紛紛修建堅固的城堡，名義上尊重國王的權威，實際占地為王。平民有時抵抗其它貴族的侵略，有時反抗封地貴族的橫征暴斂，有時也反抗國王的稅官。
最先拆毀地方貴族堡壘的是英國國王，借用玫瑰戰爭和清教徒，其次是法國國王，借用胡格洛教徒；其它歐洲封建國家的貴族城堡，大多是被拿破侖的大炮轟塌的——拿破侖催生了歐洲的近代王權，催生了歐洲的民族主義，催生了現代歐洲，所以，他是曆史偉人，而不僅是軍事獨裁者。