於是李靖稱病在家休養，杜絕賓客，閉門不出。
唐太宗一看就明白了，心裏暗自佩服，李靖真是個聰明人。他這個皇帝完全可以放心了。
貞觀十一年，李世民下詔封李靖為衛國公，算是對於李靖的正式褒獎。
貞觀十四年（640年），李靖的妻子張初塵去世，唐太宗詔令墳塋規格依照漢代衛青、霍去病的舊例，把墳墓修築成突厥境內的鐵山、吐穀渾境內的積石山的形狀，以此表彰李靖特殊的戰績。
貞觀十七年，唐太宗想起功臣們對大唐的貢獻，於是讓閻立本為長孫無忌等二十四人一起繪圖淩煙閣，李靖名列第八。
李靖晚年，雖然不參與朝政了，但是李世民時常會想起他，單獨召見和他聊天。李世民喜歡讀書，最喜歡和李靖談論戰爭，總結自己多年的經驗教訓。
李靖對軍事理論有獨到的研究，總是能說得頭頭是道，讓唐太宗李世民茅塞頓開，有一次李世民說：“老哥哥啊，我曾經和李勣談論戰爭，他解釋不清楚，和你聊天，立馬豁然開朗。道家忌三世為將者，（兵法）不可妄傳也，不可不傳也。你要仔細考慮清楚啊！我看你今後就好好教一教李勣和侯君集吧，也為我大唐多培養幾個名將。”
李靖隨後把自己的兵書都傳給了李勣。
侯君集很早就追隨李世民，是秦王府舊臣，太宗心腹，李世民對他寄以厚望，特命李靖教授其兵法。
李靖沒辦法，隻好收下侯君集這個學生。
侯君集經李靖指點，兵法上的造詣突飛猛進，但仍不滿足，覺得李靖有所隱藏，不肯盡授，竟向太宗誣告李靖謀反。
太宗於是就召見李靖，問他為什麼這樣做。
李靖一聽，毫不猶豫地回答說：“皇上，我看這是侯君集自己想要謀反，如今中原無事，我教授給君集的兵法，足以製服四夷，但此人仍不滿足，想要學盡我的兵法謀略，此人不是為了謀反又是為了什麼？”
李世民哈哈一笑說：“老哥哥，我看你有些言重了吧，我對君集不薄，他為什麼要謀反呢？”
此時，侯君集尚未有任何反跡，唐太宗似不相信。
但李靖憑著自己敏銳的洞察力，已經基本上確定侯君集這個人有不臣之心。
因為此前還有一次，散朝後大家回尚書省，侯君集騎馬越過省門數步尚未發覺。
李靖見到這種情況，便對身邊的隨從說：“侯君集意不在人，必將謀反。”
無獨有偶，江夏王李道宗也看出侯君集有謀反之心。