自藥師佛的經典在中國譯出來後，藥師信仰遂在中國展開，日趨興盛。人們信奉藥師佛能夠醫治百病，解除各種頑疾苦痛，消災延壽，因此我國曆史上社會各階層對藥師佛的信仰都很盛。同時，又因為早期中韓、中日佛教文化交往密切，藥師信仰也在韓日二國逐漸蓬勃起來。在許多大寺院的大雄寶殿中，藥師佛與釋迦牟尼佛、阿彌陀佛常被供在一起，合稱為“橫三世佛”。釋迦佛左邊的即代表東方琉璃世界的藥師琉璃光佛。除大雄寶殿供奉外，還常專為藥師佛單設“藥正殿”。藥師佛的典型造像為左手持缽，內盛甘露，右手持藥丸，但常常隻是取其姿態，而不塑出缽與藥丸。與藥師佛同住在東方淨琉璃世界的日、月光遍照二菩薩，與藥師佛合稱“東方三聖”，又稱“藥師三尊”。二位菩薩象征著從東方升起的太陽和月亮，喻示著光明普照、眾生得以解脫的希望。
藥師信仰同早期藥王菩薩信仰發展有關，但藥師佛救濟世間疾苦的觀念，在早期的原始佛教和部派佛教中就已存在，巴利文經典中就多次提及釋迦佛為大醫王，以法藥為大眾治病。一切佛都是毗盧遮那佛的化身，即是說十方三世諸佛就是一位佛。南懷瑾先生認為，要真正了解《藥師經》，就必須先從《法華經》的第二十三品藥王菩薩本事品入手，此外還需配合第五品藥草喻品、第七品化城喻品、第十品法師品深入了解，將這四品參透。如果不了解這四品的真義，就永遠不會懂得《藥師經》的修持。
藥師法門著重於現世的福德成就，對現實人生的生活幸福有著重要意義和價值。在這樣一個五濁惡世，人們因為福報少了，多生病，且生一些怪病，而藥物也因人心的不正而多是假藥，而沒有太大效用。而藥師佛則有大利益，他的十二大願不僅是利益眾生的，同時也是告誡眾生要以此為榜樣而修學，在現世成就慈悲濟世的善行，成就解救眾生疾苦的慈善事業。
第一大願：“願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。”藥師佛愛人如己，自己有了圓滿的智慧和福德，也願眾生都與自己一樣幸福自在。
第二大願：“願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。”藥師佛慎終追求，不忘先人。他身相圓滿，而且能度幽冥眾生，與地藏菩薩相近，因此東方的藥師佛不僅能延生，也能為亡者提供幫助。
第三大願：“願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。”藥師佛發願多多為社會創造財富利益眾生，從而使這個社會變成更為幸福美好。
第四大願：“願我來世得菩提時，若諸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。”藥師佛教化眾生，使眾生不再愚昧，從而利益社會和大眾。
第五大願：“願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。”藥師佛利樂眾生，使未能守好五戒的眾生而將受苦的人能認識到自己的責任和義務，並幫助他們守好自己應守的規範，從而獲得幸福。
第六大願：“願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚，盲聾喑啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病苦。聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。”藥師佛幫助眾生脫離病苦，贈藥與人，協助做義診，看護病人，幫助病人，使人無諸疾苦。而日光菩薩則是如同光明一樣照亮眾生的心，讓人脫離邪見和愚癡的種種過失。而月光菩薩則如月光一樣給人清涼，給在煩惱和病苦中的眾生帶去一份涼爽。