石達開是太平天國出類拔萃、才華出眾的農民軍事家、政治家。後來陳玉成在囚中，當問及太平天國人物時，他說：“皆非將才，唯馮雲山、石達開差可耳。”李秀成被俘時也曾表示太平天國軍政首領多屬“中中，而獨服翼王，言其謀略甚深。”因此敵對陣營諸帥，如曾國藩說“逆首石達開狡悍為諸賊之冠”，左宗棠說，“石逆狡悍著聞，素得群賊之心，其才智出諸賊之上。”
而且石達開也很有器識。楊秀清欺淩洪秀全、侮辱韋昌輝及其他高層幹部，但對石達開卻比較信任、尊重，對他也放得開。盡管石達開比楊秀清要年輕六七歲，是小阿弟。今存太平天國文書、包括所謂天父聖旨等記載中，也無有石達開挨整的文字。韋昌輝比石達開多一千歲，但兩人關係也還可以。石達開左右逢源，他的高層人際關係是不錯的。
1856年11下旬，天京內亂平息，石達開由安徽寧國回到天京。他以天國安危、大局為重，沒有誅殺任何一個有悖與他的異己分子。
他受到歡迎。
當石達開風塵仆仆來到天王府議事大廳時，在那兒聚集的朝臣把他環繞起來，大家寄以很大的希望，尊稱他為“義王”。中華幾千年的儒家文化和倫理道德，使太平天國當家的農民群體很注視和講究若幹包含美好意思的文字，其中一個就是“義”，它是維係農耕社會人際第一道德要素。因而尊稱石達開為“義王”，也是對他的行為崇高評估。
太平天國全朝同舉石達開提理政務，輔佐洪秀全，主持朝政，總理軍國大事。
石達開沒有接受“義王”。
但天王是被動的。石達開有這麼高的威望，這是他未能料到的，也是為他不高興的。囿於群臣推舉，才同意改封他為“義王”的。在這年編印的太平天國戊午八年天曆，石達開所係爵號即是義王；後來太平天國創設六爵最高級時，始也定名為“天翼”；“天翼”還沒有公布幾個月，因石達開堅持不接受“義王”，仍稱翼王，於是改“天翼”為“天義”。
天京內訌後，金田時期所封的四位軍師中僅存的兩位軍師（楊秀清、韋昌輝）都死了。洪秀全再也不肯大權旁落，乃自兼軍師，所謂“主是朕做，軍師也是聯做”。集決策和行政大權於一身。他封石達開為通軍主將，通軍，全軍也，石達開原是左軍主將，是在楊秀清等四人升了軍師後所剩下的唯一的左軍主將。
由左軍主將到全軍主將，都是位列天王之下，萬人之上的。他仍是原地踏步。
權歸天王。但石達開在天京半年，以自己的行為，安定人心，團結臣民，逐漸淡化和消除天京內訌帶來的負麵因素。太平天國是馬上爭天下的，在無日不戰的大江南北幾個戰場，石達開又以高明的以守為攻的戰略方針，重振軍威，粉碎了湘軍主力對九江等重鎮的圍攻，強化了拱衛天京的句容、溧水和鎮江等衛星城鎮的防禦，特別是積極支持陳玉成、李秀成在兩淮團結、聯絡十萬撚軍主力部隊，使他們接受太平天國領導和封爵，聯合作戰。這年夏天，陳玉成還與張洛行、龔得樹的撚軍部隊合軍深入鄂東腹地，在蘄州大敗清軍，為保衛天京上遊的重鎮安慶作出貢獻。
太平天國因內訌所損傷的元氣在恢複。
共患難易，同富貴難。
洪秀全的家天下思維和設計是不願意不允許石達開和他並肩而坐的。
按照拜上帝會時期所編造的所謂天父諸子婿，現在隻剩下老二洪秀全和第七子石達開了。他的資格、功勳、才德、威望等軟硬件都堪稱首屈一指，深孚眾望，而且若幹軟件要超過內訌後的洪秀全。這是深為洪秀全所忌的。
重重生疑忌。洪秀全以他從古史中所學到的帝王學權術，對石達開下手了。
一是改革官製。在天國中樞的天王府，增設了掌率（總司令官），並取消了六官二十四個正副丞相，改為天王府主持吏戶禮兵刑工等六部的六個侯爵級丞相，他把親信盡量超擢，放在這些重要位置上，如正掌率是弄臣蒙得恩，副掌率是姐夫鍾芳禮。鍾芳禮原是織匠，管理天京織造和雜匠行。他們名義上在石達開之下，但有職有權，不像石達開位高望重卻無名義，名不正則言不順，難在天京發號施令。
二是封兩兄為王。他封長兄洪仁發為安王，次兄洪仁達為福王，讓他們參政議軍，和石達開並起並坐。這是為洪氏親族當家的起步，也是打破唯所謂天父諸子婿封王的嚐試，洪氏兄弟是朝野以至敵國皆知的庸才。據稱有年東王府開會，洪仁發遲到，楊秀清有點不高興。洪秀全知道了，命老兄主動向楊肉袒請罪，並請以打屁股；楊秀清故意不肯，洪仁發連聲懇求；在打了屁股後，還很是得意，以為是達到了目的。他也不懂得打仗。1857年秋天。洪秀全提拔老兄為統帥去解救鎮江之圍。他未到鎮江，就被張國梁部清軍打得大敗，團團圍住。後來還虧李秀成軍遠途前來解圍，方才脫身回天京。此後他再也不出征了。躲在府第，飽食終日，花天花地。他的七個兒子，有五個就是在天京出生的。老二洪仁達，似乎比較靈巧些，很懂得操縱朝政、抓實權的要緊。曾經有段時間，天京要積糧備戰，他卻借機以發糧票大發國難財，所謂“欲實糧者，非我洪之票不能，要票出京者，亦要銀買方得票行，無錢不能發票也。得票買糧回者重稅”（《李秀成供詞》）。