旨意擬成，慈安太後便覺得頭目昏花，有些支撐不住了，急急回宮去，在禦榻上睡下。外麵大臣們退朝，在朝房裏又商議了一會，個個退出午門，正打算回家。忽然內廷飛報出來，說慈安太後駕崩了，傳軍機大臣們莫散去，速速進宮商議大事。那班大臣們聽了，麵麵相覷，目瞪口呆。內中惟有恭親王最是關心，聽了便撐不住嚎啕大哭起來；諸大臣勸住了恭親王的哭，趕進東太後寢宮去，見慈禧太後坐在矮椅上，宮女們正在替東太後小鹼。大臣們看了這個情形，忍不住個個掉下眼淚來。隻聽得西太後自言自語地說道：“東太後一向是一個好身體，近來也不見害病，怎麼忽然丟下我去了呢？”
慈禧太後一邊數說著，一邊伏在屍身旁，嗚嗚咽咽的痛哭起來。諸位大臣見西太後哭得傷心，便一齊跪下地來勸解著，說皇太後請勉抑悲懷，料理後事要緊。照宮廷的舊例，凡是帝後上賓，所有藥方醫案，都要交軍機大臣驗看；如今東太後死得這樣快，所以也不及延醫服藥，也不曾留得方案。後妃死後，照例又須召椒房戚族，進宮去看著小鹼；如今西太後的主意，不叫去通報東太後的母家鈕鑽祿氏的族人，大臣們也沒有人敢出這個主意，一任那班宮女在那裏替東太後草草成鹼。慈禧太後一麵把一班軍機大臣召喚到自己書房裏去，商量擬遺詔的事體。早發遺詔，以掩人耳目。
那遺詔上說道：“予以薄德，抵承文宗顯皇帝冊命，備位宮壺；追穆宗毅皇帝寅紹王基，孝思純篤，承歡奉養，必敬必誠。今皇帝入攢大統，親膳問安，秉性誠孝。且自禦極以來，典學維勤，克懋致德，予心彌深欣慰。雖當時事多艱，宵盯勤政，然幸體氣素稱強健，或冀克享遐齡，得資頤養。本月初九，偶染微症，皇帝侍藥問安，祈予速痊；不意初十日病勢倍重，延至戌時，神忽漸散，遂至彌留。年四十有五，母儀尊養，垂二十年；屢逢慶典，迭晉徽稱，夫複何憾？第念皇帝遭茲大故，自極哀傷；惟人主一身關係天下，務當勉節哀思，一以國事為重，以仰慰慈禧端佑康頤昭豫莊誠皇太後教育之心。中外文武，格供厥職，共襄那治；予靈爽實與嘉之。其喪服酌遵舊典，皇帝持服二十七日而除；大祀固不可疏，群祀亦不可輟。再予以儉約樸素，為宮鬧先，一切事關典禮，固不容驕縱抑損；至於飾終遺物，有可從儉約者，務惜物力，即所以副予之素願也。故茲昭諭，其名遺行。”一道遺詔，便輕輕把一樁絕大的疑案掩飾過去了。那孝貞皇太後的家族也不敢間信。
慈安太後一死，慈禧太後在宮中，可以獨斷專行了。她第二步就是要除去恭親王奕。恭親王在王大臣中，資格最老，又是先朝顧命之臣，他常常和慈安太後呼成一氣，和自己做對。有此人在朝，終不能暢所欲為，常常和李蓮英商量著，要革去恭親王的職。但恭親王入軍機已久，諸大臣都和他通同一氣。他辦事又公正，從沒有失職的事體。便是要去他，也無可借口。恰巧第二年中法戰事起了，說他議和失策，把這罪名全個兒擱在恭親王身上，趁此機會，下一道上諭，把從前慈安太後的同黨，一齊革職，為一網打盡之計。但這一道上諭，說得吞吞吐吐，文不對題，那班被革職的大臣們，知道慈禧太後有意排除異己，隻因天語煌煌，也隻得忍氣吞聲的退出了軍機處。慈禧太後又把幾個自己親信的王大臣下旨選入了軍機處。那醇親王原是太後的一黨，慈禧便暗暗的指使孫毓漢奏請，把醇親王調入軍機處，做太後的耳目。醇親王是帝父，照祖宗成法，是不能入軍機處的；如今慈禧太後另有用意，把醇親王調入了軍機處，一麵下上諭，說軍機處遇有緊要事件，著會同醇親王商辦，俊皇帝親政後，再降懿旨。翁同和看了這道上諭，大不以為然，便指使左庶子盛顯上奏力爭。接著那左庶子錫鈞、禦史趙爾糞，都上書勸諫：說醇親王不宜參與軍機事務。慈禧太後如何肯聽，上諭下來，隻有“應毋庸議”四個字。那班臣子看了，也無可如何。