卻說建文帝更名應文，汪秋雲改名應雲，立時命內侍剃去發髻，改裝做了出家人，一僧一尼，收了度牒和銀錠，依了朱書所說，從鬼門裏出去。這個鬼門，在內城的太平門內，是修理禦溝時所進出的，門高不過三尺，寬隻得尺餘，人若經過，必謳樓著側著身而出。
這時眾臣之中，還有侍郎廖平、金焦、檢討稍亨，中書舍人梁忠節，欽天監正王芝臣，鎮撫牛景等十餘人，見建文帝要出走，便一齊伏地痛哭。建文帝也垂淚道：“你等也不必傷心，隻將來好好地去侍候新君吧！”梁忠節聽了，大叫臣願舍生報國，說罷一頭撞在石柱上，腦漿迸裂而死。建文帝看他，點頭歎息。忽然真妃來牽住衣袖大哭道：“陛下去了，遺下臣妾怎樣呢？萬祈指示。”建文帝憤憤地說道：“此刻還是顧你們的時候嗎？”說時指著宮後的普井道：“你如無可依歸，這便是你歸宿的地方了。”真妃即翠兒聽說，忙跪下謝了恩，立起來奮身望著井裏一跳，可憐鮮花般的美人，霎時玉殞香消了。
建文帝目睹著這種慘狀，又忍不住下淚。霎時眾臣無不放聲痛哭。建文帝方待回身出門，忽內監報宮中火起，馬皇後自焚了。
最可憐的是建文帝的長子文奎，其時隻有七歲，也隨著他母親葬身火窟。建文帝聽了內監的話，反倒弄得不哭了，隻說了兩聲“好！好！這是帝皇家子孫的結果！”那相隨的諸臣，誰不是嗚咽欲絕。鎮撫牛景牽住建文帝的衣袂，叩頭流血道：“愚臣願隨陛下同去。”侍郎金焦也說要去，建文帝說道：“眾卿忠誠相隨，令我非常感激。但我己做了出家人，況在逃難的時候，人多了反覺不便，我此行若得安身之所，再來招你們前往就是了。”牛景和金焦抵死不舍，建文帝隻得允許了。
於是建文帝在前先出了鬼門，秋雲跑在後麵，最後是金焦和牛景，末後便是廖平等一幹人在後相送。建文帝到了鬼門外，那裏便是禦溝的河埠口，由王芝臣去找了一隻小舟來，建文帝上了小船，又扶秋雲下去，接著牛景、金焦也下了船，眾臣又在河埠口相對大哭了一場，那隻小船便慢慢地蕩開埠頭，漸漸到了河的中央。不上一刻工夫，隻見那煙波浩渺，那隻小船已去得無影無蹤了。廖平等呆呆地望了半晌，始零涕自回。各人到家裏閉門不出，後來一個個被燕王假罪誅戮。
當下建文帝出鬼門時，燕王的北軍已攻破了皇城，朱能、張玉攻入東門，守城的安王和穀王見東門火起，正在驚疑，又見宮中也火光燭天，知道大勢已去，便開了南門迎接燕王進城。城中的百姓多半望西門逃走，恰巧張武、邱福的兵馬衝來，被北軍亂殺一陣，殺傷了人民無數。有的還紛紛閉門，算是拒絕的意思。燕王瞧在眼內，心上大怒，幾乎下令屠城，虧了朱能、邱福等力諫，才諭知將士把閉門的百姓，一齊捕來斬首號令。燕王同了安王、穀王並馬入城，到了五城兵馬司署中暫駐，又下令撲滅了東門及宮中的餘火，出了安民的手諭。那一班負恩忘義、熱心利祿的官吏，聽得燕王進城，便都冠帶來見。燕王首先問道：“少帝（建文）現在什麼地方？”兵部尚書袁鏡答道：“當宮中火起時，想少帝已自焚了。”
燕王故意長歎道：“俺此番興兵，原為救國靖難，清除奸臣起見，所以行軍終豎著白幟，此心可表夭日。無如少帝不諒，竟爾身殉，教俺怎樣對得起祖宗呢？”說罷也流下幾點淚來。便令學士張肅撰起祭文，燕王親自帶同將士，到宮中來祭建文帝。由張肅朗讀祭文。讀畢，燕王伏地放聲大哭，諸將在旁也無不流涕。燕王祭罷，命就瓦礫場中尋那建文帝的屍骨，誰知骨殖很多，也分不出男女，更不識哪一副是建文帝的，隻是胡亂找出兩副來，算是帝後的遺骨，葬以帝後的禮節，也葬在孝陵。但不曾追贈溢號，直至清代的乾隆年間，方追封為恭閡惠皇帝。燕王這時巡視了宮殿一周，見金碧輝煌的皇宮大半成了瓦礫焦土，隻有那奉天殿、謹身殿、文武樓、武英殿、仁壽宮、萬春宮不曾毀去，好在高皇帝的諸妃也都逝世，各宮本來是空著的。燕王看了一遍，不禁也點頭歎息，隨即率領著眾臣，仍回到兵馬司署中，一宿無話。
第二天的早晨，燕王升了軍帳，大搞軍士，又命設起慶功宴來，和有功的諸將開懷暢飲。正吃得興高采烈，尚書茹常首先俯伏叩頭勸進。諸臣也順水推船，齊齊地跪在地上，勸燕王即日登了大寶。燕王命諸臣起身，自己便執杯說道：“俺舉兵靖難，誌在除奸，今少帝捐軀，俺已負罪祖宗，況天下之人，必將疑俺威逼少帝，使俺永蒙不臣這惡名，所以這個大位，俺決不妄想，列位還是別選賢能吧！”茹常忙跪陳道：“殿下乃太祖嫡嗣，功德薄於海內，正宜應天順人，早登大寶，以孚眾望。”茹常說猶未了，侍禦王朗、刑部主事黎天民、禦使欽宏、尚書江太玄、少監周忠、將軍馮翔等都跪下來奏道：“茹常之言，正合天心，望殿下勿再固辭。”
燕王見眾口同聲，知道時機不可失，便也答應了。眾臣齊聲歡呼，便擁著燕王登奉天殿受賀，群臣三呼禮畢，分班侍立。
於是由燕王下諭，改是年建文四年為永樂元年，冊立德配徐氏為皇後，長子高熾為東宮。又大封功臣，晉朱能為成國公，張玉為韓國公、邱福為淇國公，張信為隆平侯，房寬為思恩侯，張武為成陽侯，丁勝、龐來興均晉伯爵。又封次子高煦為漢王，幼子高隧為趙王。又下諭即日祭告太廟，大赦天下。又封解給為侍讀，楊士奇為編修，楊榮為修撰，入直機務，時定為內閣。又命編修黃淮、胡廣入直文淵閣。又捕齊泰、黃子澄等盡行殺戮，並誅九族。又傳諭複了安王、穀王等封地，下令洗宮三天。