卻說朱太祖見皇太子死得可慘，便傳集了東宮侍候太子的宮女內侍，追問太子中毒的緣故。宮人們回說，太子從潭王府回來，就喊著腹痛，不到一會就變成這個樣子了。這時馬皇後和六宮殯妃們也都齊集在那裏，除了瑜妃之外，齊聲說是太子中了毒藥。太祖大怒道：“那分明是潭王下的毒手了。”正要傳旨出去，命錦衣尉係潭王回話。忽見那宮監，呈上一張箋紙來，屈著一膝察道：“太子在病中說是留達皇上的。”太祖展開瞧時，雖是太子親筆，卻寫得字跡潦草，大約在臨絕的時候所書。上寫著寥寥幾個字道：“臣兒命該絕，不該八弟之事，父皇勿冤枉好人。標留……”後麵還有歪歪斜斜的一行字，都是看不清楚，太子寫到這裏，想是寫不動了。太祖讀罷，不覺放聲大哭，馬皇後更哭得傷心，六宮妃也無不紛紛落淚。一時間宮中滿罩著愁雲，一片的痛哭聲，直達宮外，大家真哭得天昏地暗，馬皇後幾次昏過去，太祖也隻有頓足歎息。把傳詢潭王的事，因太子留有遺言，太祖知道他死後不忍有傷手足之情，所以也暫時擱起。但拿宮人內監們嚴鞠一番，也毫無頭緒，隻得罷了。一方麵把太子盛鹼了，命宮內外及文武太臣掛孝一天。
馬皇後痛太子死得不明不白，又目睹他臨死時的慘狀，心裏越想越悲傷，竟鬱出一場病來。太祖再三地安慰她，又去召了天應寺的僧徒百人，追薦太子。凡喪葬的禮儀也格外從豐，太祖又親題溢號叫作懿文太子。時太子的德配元妃已生有兩子，長的夭瘍，次的喚允炊，已是十幾歲了。太子既死，太祖想冊立燕王棣為東宮。當下對諸臣說道：“燕王英武毅斷，舉止酷肖聯青年之時，聯意欲立為太子，眾卿以為怎樣？”學士劉三吾奏道：“國家雖賴長君，但燕王行在第四，如果冊立，將置秦（二皇子核）、晉（三皇子相）兩王於何地？那不是蹈了廢長立幼的覆轍？”太祖歎道：“這個膚豈不知，奈秦王與晉王一個柔而無剛，一個剛而無斷，都不足付以大事，隻有燕王智勇兼備，故聯想立為東宮，以便繼統有人。”左都禦史王禎爭道：“燕王雖能，名分上似不當，現皇太子已有子，自應冊立皇孫，轉覺名正言順。”太祖聽了忍不住垂淚道：“聯也不忍有負東宮，準卿等所奏吧！”群臣領了聖諭，便往迎允炊，冊立為皇太孫。這時馬皇後卻見孫思子，愈覺傷感，那病便日重一日，到了臨終的當兒，握著太祖的左手，隻說得望陛下親賢納諫，臣妾要去了。說畢就氣絕逝世。
太祖又大哭了一場，下諭為皇後發喪。又傳旨自親王以下文武大臣一概掛孝六月，一切庶民人等也舉哀三天，三夭之內禁止肉食，一年中停止喜慶婚嫁。是年的九月，葬馬皇後於孝陵。舉殯的時候，太祖親自執拂恭送。可是偏偏天公不做美，臨葬時大雨澇沱，太祖滿心的懊喪，又見地上水深盈尺，太祖一頭撩衣涉水，口裏說道：“皇後一生賢德，恩惠及人，老夭倒不能見容嗎？”
說著露出憤憤不平的顏色來。那應天寺的僧眾，各持著蟠幢饒拔，隨後恭送皇後的靈驪。方丈慧性，見太祖不擇，便隨口誦著四句道：“雨灑天下淚，水流地亦哀。西天諸菩薩，來接馬如來。”太祖聽了，不禁化憤為喜，立命石工把這四句鐫在陵前，作為渴語。
現在的明孝陵裏，這石褐還斑剝可見，這且不提，再說那太祖喪了太子又喪賢後，心上愈覺得鬱鬱不樂。因馬皇後在日，賢淑知禮，諷諫太祖保全大臣的地方很多。胡維庸的黨案，宋嫌的兒子宋隧坐維庸黨獄被戮，宋嫌也械係入刑部。馬皇後聞知，忙來諫太祖道：“宋濂是皇太子的師傅，又是一代大儒，陛下宜施恩見有。”太祖怒道：“宋賺既屬逆黨，應受國刑，你們婦女曉得甚事！”說著禦廚進膳，馬皇後在旁侍食，不能下咽。太祖說道：“卿嫌肴撰不精嗎？”馬皇後垂淚道：“妾與陛下起身布衣，當日饜粗糠尚甘，今日怎敢嫌肴撰不精呢！不過妾聞宋先生受刑，他曾做諸皇子的師傅，妾這時不覺替諸皇子傷心罷了。”太祖見說，很為感動，隨即傳諭，赦宋鐮出獄。又江南的富翁沈萬山，綽號叫作活財神。太祖大兵取了應天（金陵），想築皇城，隻是軍響浩繁、倉庫又空虛，一時無力興工。聽得沈萬山有錢，便差人和萬山商量，借錢來築城。那沈萬山倒很是慷慨，情願擔任城工的一半作為捐助。太祖十分喜悅，就和沈萬山分半築城。到了結果，沈萬山的一半比太祖先完工三天。太祖麵子上雖讚美萬山，心裏卻已生了嫉妒。恰巧沈萬山修築姑蘇的街道，采山石砌路，極其講究。太祖微服出行，聽得了這個消息，便說他擅掘山脈，下旨處沈萬山死罪。馬皇後又諫道：“沈萬山捐資築城，於國家不為無功。
縱有死罪，應將功抵贖。”太祖說道：“沈萬山是個平民，富與國家相坍，他恃財作著威福，在地方是為民妖，曆任是為蠢吏，怎可不與誅戮。”馬皇後爭道：“妾隻知民富乃國強，也正是國家之福。未聞有民富即為妖，須加以誅戮的。這樣說來，天下隻有貧民，不許有富民了？民貧國家還能夠強盛嗎？怕國也要成貧國了。”
太祖被馬後一駁，弄得無可回答，於是立命將沈萬山釋放。
又一天，太傅張君玉為諸王子講經，秦王嘻笑舞蹈，亂了講席，君玉大憤，把界尺擊傷秦王的額角，秦王哭訴太祖，太祖大怒道：“張君玉無禮。”令內侍傳旨將張君玉係獄。其時縫工進禦服，馬皇後持著禦衣對太祖說道：“很好的續錦，吃他剪得這個樣兒，宜把縫工治罪。”太祖笑道：“這是他奉命製衣，怎好無辜處罪呢？”馬皇後正色道：“那麼張君玉受上命教訓皇。子，就使皇子受責，也隻好由他，怎麼說把他治罪。”太祖恍然大悟，便赦了君玉。