卻說朱太祖聞得李善長、廖永安、曹聚等也通同謀逆，不覺大怒，立命錦衣校尉械李善長等入刑部，訊明回奏。這時的刑部主事陳炎，素和善長不睦，竟胡亂審了一次，入奏善長有謀逆嫌疑，太祖即下詔賜死。廖永安、曹聚兩人姑念功績，著遣戍雲南。
可憐李善長是個致仕的宰相，年紀是六十多了，免不得三尺白續斷送了性命。這一場的黨獄，除了正犯誅族之外，株連枉死的臣工和百姓，共戮一萬三千七百六十九人。臨刑的那天，紅日無光，京城內外滿罩著愁雲慘霧，怨憤之氣直衝霄漢，一時朝野震驚，文武大臣無不互相危懼，真有晨不保暮之概。太祖的心上兀是怒氣不息。馬皇後在坤寧宮聽了這個消息，不由的大驚道：“皇上專好聲色，妄戮有功之臣。看來明代江山也要步元人的後塵呢！”當下忙擺起鳳駕，親來諫阻太祖。
太祖既把黨人一一發落，便進宮來看吳美人和帖蘭，兩人已經太醫院診過，敷上了傷藥，繃紮住創口，換去了血衣，宮女們便伏侍著睡下。太祖也不驚動她們，在長春、永壽兩宮轉了轉，卻望仁和宮來。這天晚上宮中鬧亂子，因坤寧、景福、萬春、仁和四宮離開得較遠，坤寧宮的舍宇又深，雖遙聽得喊殺聲，逆黨隻向著永壽、長春兩宮中殺人。因吳貞探知太祖隻幸這兩宮，所以不曾犯及他宮。後來吳貞想著往別宮去找尋太祖時，外麵禁軍已殺到，也不敢再逗留宮中了。坤寧等四宮，得知宮內有賊犯駕，嚇得宮內宮女們將宮門緊閉，連消息都不敢出來探問。幸得那坤寧宮等始終沒有驚擾。事後，凡皇後以下都來向太祖問安。內中的惠妃，聞驚駕犯聖的是自己的哥子吳貞，不覺顫兢兢的，見駕十分懷著鬼胎。太祖瞧出惠妃的隱情，便用好言安慰她。惠妃感激零涕，垂淚謝恩。原來依據國法，國親國戚謀叛，妃子須得賜死或貶入冷宮。朝中大臣，曾上疏請貶惠妃和吳美人，太祖卻一概置之不理。
這時惠妃見太祖進宮，慌忙起身接駕，行過了常禮，便問：“逆黨處置得怎樣了？”太祖很氣忿答道：“吳貞悖逆，俺已將他砍了。”惠妃見說，究竟手足關情，不覺流下淚來。太祖冷笑道“這是他自作自受，哭他做什麼？”正這樣說著，忽報皇後鳳駕到了，惠妃忙著出去迎接。馬後進了仁和宮，與太祖相見，隻行著一個便禮就在對麵的金交椅上坐下。惠妃在一旁侍立著，馬後賜她坐了。便由宮女掇過一個繡墩來，惠妃謝了恩才敢就坐。馬皇後便向太祖說道：“臣妾聞陛下大誅逆黨，並李先生（善長）也在裏麵，他是朝廷股肪，現加戮誅，豈不有失眾心嗎？”太祖答道：“善長逆謀已顯，罪有應得，失什麼人心？”馬皇後道：“這樣的大臣見戮，株連多人，諸臣皆惶惶不安，卻不是人心疏離的明證嗎？”
太祖聽了不覺嘿然。馬皇後又說：“依臣妾的愚見，陛下宜急下諭旨，於這次的黨案，首逆既已受誅，餘人一例不問，誰再提黨人的即得治罪。不然挾嫌誣告和假公濟私的無了期了。”太祖點頭道：“卿言很是有理，俺就這樣辦吧！”馬皇後見太祖容納她的勸諫，很是喜歡地起身，仍乘著鳳輩回宮。第二天上，太祖果然下了一道停止追究黨案的上諭，其時有人控那胡維庸通同謀逆的，太祖把呈控的人斥退。這樣一來，臣民等始得漸漸安心。
馬皇後這一諫，雖救了無數人的性命，也算便宜了胡維庸。在胡維庸應該感激知悔，從此不再生妄想，誰知他估惡不俊，謀逆之心反因此愈熾了。那太祖自經這回黨案後，疑惑臣下更比從前厲害了一層。又不時派了親信近侍，暗中刺探大臣的行動，維庸心裏也愈覺不安了。便又勾通了兵部尚書夏貴，禦林軍教練馬琪，都禦史岑玉珍，金事毛紀，將軍俞通源等，日夜籌議著起事。那時劉基致仕家居，得知維庸漏網，仍在那裏結黨謀亂，就秘密上疏告變，奏犢經過夏貴的手，便把它塞在袖裏，竟來渴見維庸，將劉基的奏章呈上，維庸看了大驚道：“此人不誅，終是不安。”於是和夏貴商議好了，由夏貴請劉赴宴。劉基不知是計，應召而往，待到宴罷回去，便覺頭昏心痛，不上三天就嗚呼哀哉了。
話分兩頭，其時徐達、常遇春等分四路進兵，連破了山東，克了東昌，元平章普顏不花、宣慰使噠利力盡戰死。徐達又進取東安，常遇春下了歸德。這時明軍水陸並進，及破了彰德衛輝，元將李博臣，都事張處仁自盡。徐達督兵進薄青州，元都督達喇花遁去。明兵占了直沽，奪了海口，進軍通州。元順帝聞得通州被圍，知道大勢已去，便召集六宮三院的繽妃，命駕起了數十乘的大車，要待出奔，元右相慶童、皇叔伯顏達裏等苦諫留駕，順帝怒道：“明兵早晚將到，聯豈願效宋朝的徽欽二帝，你們不必多說。”
當下把朝事委給慶童等，下諭車駕連夜出了建德門，逃往塞北去了。後來明師北伐，破了開平，順帝奔至和林，病死行宮。太祖得了順帝死耗，便溢為順帝，這且不提。
再講順帝出走後，徐達督兵陷了燕都，元丞相慶童、平章迭必失、皇叔伯顏達裏都力戰受擒，因不屈被殺。徐達定了燕都，又分兵西略，平了西安諸郡。常遇春也領兵北進，陷了錦州，直趨開平。誰知兵到柳州，遇春忽然得病，一天沉重一天，藥石無靈，竟至逝世。常遇春臨終的那天晚上，西南角起了巨響，空中有一顆大星自上下墜，到了地上轟然的一聲，毫光四射，京城內外的人民都很為驚異。太史飛章入奏，說將星墮隕，三日內必損折大將。朝中便議論紛紛，朱太祖也極憂慮。
過不上幾天，飛騎報到常遇春病逝的消息，太祖十分震悼。一麵下旨內務府撥銀一萬兩，給常遇春治喪。太祖又親自祭奠，並追贈遇春為太師太保、上國柱、推誠侵遠功成開封，中書右。丞相鄭國公開平王，溢號忠武。子常蔭，永遠世襲公爵。孫常保森，加大將軍銜封武德侯。遇春德配夫人韓氏封開平晉德王妃，女常秀貞，封儀淑郡主，媳王氏封一品忠孝夫人。又命塑遇春像入忠良祠，春秋致祭，以慰忠魂。朱太祖自常遇春逝世後，心上鬱鬱不歡。