早晚空腹飲奶"進補"者則大不便矣。其二，酸奶尤其是全脂奶或奶粉製成的酸奶脂肪儲量較高，加之牛奶製成酸奶後熱量明顯增加，100克牛奶含的熱量是57千卡，而等量的酸奶則含熱量達72千卡，再者攪拌型酸奶加入了糖和蜂蜜等，熱量增加，食了也極易增胖。在當前減肥口號叫得震天響、瘦身當道的時代，對於成千上萬熱衷於減肥的人來說酸奶恐不太適宜。其三，人群中，潰瘍病、胃炎發病率頗高，酸奶發酵後又加入了糖、蜂蜜、果汁等極易刺激胃酸分泌，從而誘發胃炎、胃潰瘍，使病情加重，甚至胃穿孔。其四，據有關統計，我國糖尿病患病人已達到6500萬左右，酸奶中加糖、加蜂蜜均非6500萬人所宜。其五，酸奶中有含活性乳酸杆菌或其他益生菌，人體缺乏時補充有益，且還能殺滅一些病原微生物；然而人體內還有許多有益菌，乳酸杆菌補充太過，必然搶奪了其他有益菌的生存空間，引起體內菌群失調，從而影響人的正常消化功能和正常生命規律。
此外，大眾多不知，不同人種不同飲食譜或不同地域甚至同種人處於不同氣候環境，其體內的菌種和菌群數量皆各不一樣。現在酸奶中的菌種據宣傳是來自捷克人的腸道，這樣盲目大補是否能被腸道吸收，是否會影響體內菌群間的"和諧相調"、"和平共處"，還有許多問號未解決，我們能這樣輕易盲目跟進嗎？
其六，據有關調查資料顯示，常飲酸奶的兒童，齲齒的發病率增加，這可能與乳酸杆菌中的某些菌種有關。其七，嬰兒以母乳喂養為佳，牛奶本不適宜，酸奶更易破壞消化係統稚嫩、薄弱的生態，就更不適宜了。其八，還有一些特殊體質或特殊病種的病人、老人也不適合飲酸奶。其九，酸奶中有的增水、增量後為了增稠，添加了增稠劑，有的為矯味增加了香料，有的為了增加賣點提高奶品的含鈣量，還加進了化學鈣，這些都對人體有害。特別是化學鈣並不能被人體吸收，久而久之在人體內沉澱下來，甚至會造成結石。其十，真正的酸奶製作成本高。據有關報道，國產牛奶大多為有抗奶，即因防治奶牛生病用了抗生素，致牛奶中普遍含有抗生素，這種有抗奶乳酸杆菌加進去種不活，為了生產酸奶，隻好大量進口奶粉，把奶粉還原成牛奶後再接種才行。加之含活性乳酸杆菌的奶還必須低溫保存，這樣酸奶必然價昂，且必須具備低溫存放的設備才行。對於廣大市民、農民長期飲用恐負擔不起，難以普及。這些又給提倡牛奶運動者出了一個新的難題。