關東博士集團遭到致命打擊。
淳於越鬱憤而死。伏生、羊子等博士慘遭禁錮。還有一些博士既不願意供職於朝堂，又無法離開關中，無奈之下隻好出走鹹陽隱居山林，比如崔廣、唐秉、吳實、周術等四位博士就帶著一些弟子隱居於商山，後被人稱為商山四皓。
短短時間內，大秦七十博士存者寥寥，始皇帝用來融合中土文化的博士參政製度名存實亡。
大秦本土研習的是法家學術，各級學府遵從的是“以吏為師”的教育製度，所以《焚書》令對大秦本土影響甚小，但在關東郡國卻掀起了血雨腥風。
在激烈對決過程中，做為弱者一方的關東士人在生死存亡之刻也出現了分裂。
信奉變通之術者或者居心叵測者，馬上向秦人“繳械投降”，先保住性命再說。留得青山在，不怕沒柴燒，隻要性命保住，一切均有可為，而關東郡國的秦人當然不會趕盡殺絕，他們還需要這些關東士人的幫助以穩定地方和發展地方勢力。
還有一部分關東士人則誓死抗爭到底，不但不遵令焚書，還繼續聚眾叛亂。關東郡國的官長們當然不允許這些人與自己作對，損害到自己的利益，所以痛下殺手，堅決鎮壓。
中原、河北、山東、兩淮和江東等地都出現了坑殺叛逆的血腥事件，尤其兩淮的楚王公子昌和江東的吳王公子高，下令坑殺的叛逆都在萬人以上，而受到連累的無辜民眾多達幾十萬，其中就包括了不少名士大賢和他們的弟子門生。
按照始皇帝的要求，這些關東叛逆或被發配到北疆，或被流放至嶺南，絕不允許繼續留在關東為禍。
這場風暴一直延續到第二年的春天才逐漸平息，始皇帝和“集權”貴族集團以極其強硬的手段摧毀了傳承數百年的儒家、道家等諸子學術，獨尊法學，捍衛了“法治”，《韓非子》一書更是做為法家學術思想得到廣泛傳播，為大秦繼續行進在“法治”軌道上夯實了基礎。
這一年的冬天，北部疆域無戰事，匈奴人也沒有攻擊河西大月氏，而是忙於平定內部的叛亂。
攘外必先安內，匈奴人也不例外，這給了秦人實施“以夷製夷”策略的時間。秦人在西北疆暗中幫助大月氏加強防禦實力，在東北疆則議和安撫東胡諸族，慫恿他們反擊匈奴，而在代北等地，秦人借助邊市回易，借助雙方商貿的往來，以重利誘惑依附匈奴的樓煩、林胡、澹林等諸種部落，或暗中策反，或激化其內部矛盾以挑起爭鬥。
邊塞戰事的停息給北疆贏得了寶貴的休養生息時間，各邊郡在有限的中央財政支持和蓼園一係的巨賈們的持續投入下，開始從恢複期緩慢轉向發展期。
大秦本土郡縣自實施“輕賦薄徭”之策兩年多後，因為風調雨順和局勢穩定，再加上中央政策對本土國民的傾斜，導致本土國力的恢複速度大大加快。
太子扶蘇和右丞相隗狀在春耕之後返回鹹陽，把巴蜀、荊宛和江南等地的糧食連獲豐收，國民正在擺脫苦難的消息奏報於始皇帝，始皇帝欣慰萬分。
關東地區的國力恢複速度不盡人意，一方麵這和關東地區頻繁動蕩的局勢有關，另一方麵則和統一前後秦人對關東地區的瘋狂掠奪有關，如今中央為了統一中土文化和穩定關東局勢，又給了地方郡國更大的權力，而地方勢力為了加快自身發展速度，果斷加大了對關東民眾的盤剝，這導致關東國力恢複的速度越來越慢。
同樣是“與民休養、輕賦薄徭”的政策，但在不同的地區由不同的官員去執行，其結果卻是截然不同。
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始皇帝三十二年夏，天下郡縣奏報，大秦本土形勢一片大好，關東地區的形勢正在好轉，帝國似乎已經走上了平穩發展的道路。
然而，始皇帝和“集權”貴族集團卻看到更大的危機正撲麵而至。
關東郡國如願以償地擴大了自身的權力，占據了更多的財賦，而這些權力和財賦在幫助他們增加鎮戍力量以保證地方穩定的同時，也增加了他們自身的實力。按照這樣的局麵發展下去，要不了幾年，關東郡國的力量就強大了，如果他們聯手，足以抗衡中央。
遏製和打擊關東郡國力量發展的辦法不是沒有，但任何一個損害到他們利益的政策都會遭到強有力的抵製，這種對抗直接危及到了關東地區的穩定，危害到了帝國和平統一的局麵，也影響和阻礙到了帝國國力的恢複，所以鹹陽現在不能主動出擊，隻能維持目前的政策，先把大秦本土穩固起來，把中央權威建立起來，等到中央財政危機解決了，鹹陽有了充足的財賦，再出手鎮製。
這裏麵還有個前提，那就是北疆局勢要始終保持穩定。
北疆的穩定與否直接關係到大秦本土的安危。如果匈奴人在南北戰爭中取得了優勢，頻繁入侵，那麼中央必然要投入巨大財力進行南北戰爭。這個消耗非常龐大，僅僅依靠大秦本土的財力肯定不夠，必須傾盡整個中土的財力，但關東郡國力量假如不予配合甚至與中央公開對抗，那鹹陽就非常被動。