確切地說，趙昺認為是有的，雖然皇帝製度或皇帝稱號已然決定了皇權是至高無上的，沒有人能限製或製約皇權。但因為皇帝行使權力時需要通過一定的人員和機構，按照一定的程序和方式進行。三省六部製就從製度上為臣下提供了約束皇帝的行為從而讓其不濫用皇權的可能。
趙昺深受其‘害’的就是封駁，他下達的旨意需要中書起草，門下負責審核。門下省若是覺得詔書有問題，就會塗改詔書然後打回，這種行為有個專用稱呼，叫做塗歸。而門下省不僅僅審核皇帝的製詔，各地方、各部門上奏給皇帝的奏章，也是必須先經過門下省審核。
如果這份奏疏所講的事情，門下省認為合理，就簽署審核意見，交由中書省討論並呈送皇帝禦覽，如果門下省認為不合理，就簽署反對的意見，打回去。由此可見中書省、門下省都在一定程度上幹預皇帝的言行，力圖使皇帝的所作所為在製度框架內，以使皇帝不能專權。
當初趙昺嫌自己的權利受到製約，後來以提高行政效率為名，將中書門下虛置，變成了有名無實的單位。而重大事宜則由左、右相和參知政事及樞密院正副使組織堂議，或增加六部尚書同堂議事。一旦得以通過，由他在決意上加蓋印璽，旨意直接下達給六部或各軍執行。
而趙昺的‘私旨’隻要不是涉及國事，隻需左、右相或是值守的參知政事簽署就可以發送六部或地方執行。而後設立軍機處也是以擠壓相權為目的，後來一連起草詔書和審核奏章也交由禦前辦處理，以致有人將禦前辦主事稱為‘內相’，有了取代外朝的趨勢。
所以趙昺雖然當初建立禦前辦隻是想減輕自己的工作壓力，協助自己分類整理文件，收集資料和保管重要文件，對接中央和地方部門工作，而成立的秘書處。但實際上當下的禦前辦已經有了中書省和門下省的一些職能，參與到重大事件的前期決策，從而在一定程度上影響到了朝廷的運作程序和事件走向。
趙昺當然清楚如此做在戰時和處理突發事件，作為一個臨時機構存在勉強算的上合理，而他的目的也是在通過在禦前辦工作，受到自己的思想影響，並作為後備幹部進行培養。但是作為帝王的幕僚，這些人在資曆和理政經驗上皆相差甚遠，無法承擔參讚軍機的作用。
當前形勢趨好，領土已經穩定在淮河沿線，麵積比當初在瓊州擴大了百倍有餘，人口也已經達到四千萬左右，事情也是越來越多，到了目不暇給的地步。趙昺以為現下的朝廷機構並沒有能與時俱進，不但自己對紛雜的事務難以及時處理，朝廷也已經不堪重負。
因此調整朝廷機構，理清運作程序及完善議事和決策職能已經是迫在眉睫的事情，因而趙昺想著要逐步健全相關機構。但是他對增設那些部門，如何確定職能還隻存在於設想當中，並沒有詳細的方案。所以今日便與王應麟提及此事，想在回京前能有個眉目。
眼下從三省六部製的優點來看，它確實是一項很好的製度。是不是優點多就一定會得到長期推廣呢？趙昺的答案是否定。中書門下體製建立以後，三省機構依然存在，且三省出入命令的分工在形式上更趨嚴密和完善。但三省與宰相分離，中書門下成為宰相府署，獨立於三省機構之上。
在這種體製下，中書門下直接指揮諸使、諸郡、諸軍執行政令，宰相對於行政事務的幹預越來越強，甚至直接下行過去由尚書六部處理的事務。宰相與君主的聯係更多的作為“參總庶務”的政務官，而不再是“坐而論道”的谘詢者。
而今選擇恢複三省製，是完全照搬前朝的版本，還是吸取前人的經驗，有選擇的保留，趙昺還在猶豫。因為這不僅關係到增加公職人員和開支的問題，還涉及到如何維護自己權益的問題。一旦放權過多，自己多年的努力豈不前功盡棄，重新被架空，弄不好又變成了吉祥物被人供著了……