８７３年底，僖宗昭令將佛骨送還法門寺。翌年正月關閉了地宮石門，此後佛指舍利就淡出了人們的視線，成為千古之謎。
明朝時，法門寺寶塔毀壞嚴重，萬曆皇帝下詔重建了高達３７米的寶塔。清朝順治年間，受地震影響磚塔開始傾斜。１９８１年，磚塔再次崩塌。１９８７年政府在重建法門寺時，意外發現了塔下的地宮，“從地湧出多寶龕，照古騰今無與並”，沉寂了一千多年的佛祖真身指骨舍利重回人間，同時在地宮內還出土了大量的稀世珍寶，具有極其重要的文化價值。這次發現的佛指舍利，共有四枚佛指舍利，其中一枚色澤微黃，有裂紋和斑點，是佛的真身“靈骨”，其餘三枚為玉質，為佛的“影骨”。這些舍利與唐朝道宣法師在《集神州三寶感通錄》中的描述吻合：“佛指長寸二分，內孔方正，外楞亦爾，下平上圓。內外光淨，以指納孔，恰得受指。”消息傳出後，引起了世界學者及宗教人士的廣泛關注。
法門寺地宮的建製模擬帝王陵寢，坐北向南，呈長“甲”字形，由台階、平台、甬道、前室、中室、後室、秘龕共７部分所組成。地宮全長２１。１２米，麵積為３１。８４平方米。
這四枚佛指舍利均是唐代帝王迎奉的原物，也是世界上僅存的佛指舍利，是佛教界至高無上的聖物。趙樸初先生指出“影骨非一亦非異，了如一月映三江”，巧妙地點出了靈骨和影骨的關係。舍利是梵文的音譯，意為“身骨”，一般指釋迦佛遺體焚化後結晶而成的固體物，是戒、定、慧所熏修的成果。“影骨”也稱之“佛指舍利”，受到與真身舍利相同的供養。法門寺的佛指真身舍利，是由印度來華的梵僧帶來的。
法門寺地宮的發掘，不僅是我國唐代考古的重大發現，也是佛教界的一大盛事。在唐代供奉佛指舍利的四大名寺中，法門寺是唯一的幸存者，成為世界各地佛教徒心目中的聖地。
［相關鏈接］唐憲宗
唐憲宗李純（７７８～８２０），原名李淳，是唐順宗的長子。貞元二十一年（８０５）四月六日，李純被立為太子，後代理監國之職。同年八月，憲宗在宣政殿正式即位。此時，他年僅２８歲。他以太宗、玄宗為榜樣，認真總結曆史經驗，勵精圖治，成就了唐朝的中興氣象。他一改德宗朝對藩鎮的姑息政策，以“法度”治理藩鎮，取得了元和削藩的巨大成果，重振了朝廷的聲威。元和元年正月，劍南西川節度使劉辟公然發動叛亂，憲宗堅持己見，重用主張用兵的宰相杜黃裳和翰林學士李吉甫，下詔討伐叛軍。同年九月，走投無路的劉辟被俘至京城，憲宗將其問斬。這一果斷的舉措，震撼了其它節度使。為了應付削藩的需要，憲宗廣開財源，多方積聚財富，使朝廷的財力得以明顯的增強，為將來的用兵打下堅實的經濟基礎。元和九年，憲宗聽從李吉甫的意見，毅然準備對淮西吳元濟開戰。同年十月，憲宗頒布了《招諭淮西詔》，希望吳元濟“投誠歸國”。吳元濟不為所動，縱兵擾鄰，並對東都洛陽造成了嚴重的威脅。元和十年（８１５）正月，憲宗頒布了《討吳元濟敕》，派大軍討伐淮西。元和十二年（８１７），時任唐鄧節度使的李愬用奇兵攻打蔡州，大獲全勝，俘獲了吳元濟，平定了淮西叛亂。這一重大勝利，大大提升了中央朝廷的權威，各地節度使紛紛入朝，表示對朝廷的忠心。憲宗崇信佛教，在元和十四年（８１９）下召從法門寺迎奉佛骨。之後，憲宗的身體每況愈下，元和十五年（８２０）正月，憲宗死於大明宮，終年４３歲。