忽必烈接手的漠南地區並不是遍地珠寶、庶富繁榮的寶地，而是一片在戰亂中遺留下來的焦土。蒙古軍剛剛進入中原的時候，對中原地區進行了野蠻的搶掠。蒙古貴族宣稱：“漢人軟弱無能，應該將漢人的農田變成牧地。”經過耶律楚材的力諫，蒙古貴族們的主張才沒有實現。但是，蒙古軍仍對漠南地區進行了掠奪性的戰爭。
窩闊台繼位後，耶律楚材得到了重用。耶律楚材在漠南地區進行了一係列改革。紹定三年（1230年），耶律楚材以中原的賦稅法代替了蒙古貴族殺掠式的掠奪，初見成效。但耶律楚材的改革卻因蒙古貴族的反對而失敗。
忽必烈接掌漠南漢地軍國政事以後，“漢地不治”的情況更加嚴重，中原百姓在元朝虐政的壓迫下，苦不堪言，百姓們為了逃債，紛紛逃亡，大片土地被荒棄。
麵對這種情況，忽必烈一麵拉攏漢族儒士，一麵積聚財力。他在封地內以邢州為試點進行了招撫流民、屯田積糧、整頓財政等一係列改革措施，並對熟習漢法的宋金官僚和儒士加以重用，邢州的經濟得到了一定的恢複。
當時，漠南漢地典章不全，法製沒有建立，蒙古貴族的統治十分野蠻，他們經常隨意殺人。
有一次，蒙哥任命的斷事官牙老瓦赤在燕京（今北京）僅一天就殺死了二十八人。有一個偷馬的馬賊被捉住了，打了一頓以後剛剛被放走，這時有部下獻給牙老瓦赤一把好刀。牙老瓦赤為了試試刀的鋒利程度，把那個偷馬賊捉回來一刀殺了。
忽必烈對此非常不滿，如果都像牙老瓦赤那樣隨意殺人，百姓肯定不會歸順。他斥責了牙老瓦赤，牙老瓦赤聽後大吃一驚。
為了安定民心，忽必烈多次下令禁止濫殺無辜。他下令，凡是違令的軍士一律斬首示眾，蒙古諸軍聽到這個命令以後，再沒有人敢隨意殺人了。
忽必烈為了籌備軍糧、軍費，非常注意屯田。他先後在唐州、鄧州、鳳翔等地屯田。
忽必烈在漠南漢地進行的改革措施，使中原地區人戶逐漸增加，經濟開始複蘇，這奠定了忽必烈奪取政權的經濟基礎。
漢族地主階級紛紛表示願意接受忽必烈的統治，在他們的心目中，忽必烈是蒙古諸王中惟一一個能維護他們利益的人。
忽必烈以漢治漢，損害了蒙古貴族在中原的利益。同時，忽必烈在中原的威望日增，積聚了大量財力和物力，對蒙哥的汗權形成了威脅。蒙哥對這一現象深感不安。寶佑五年（1257年），蒙哥以忽必烈患有腳病為借口，解除了忽必烈的兵權。