80餘年的臨床探索，形成的學術思想體現在“推理論病”與“推理論治”上。《董氏兒科》封麵上赫然寫道：所謂“推理論病”，就是根據天、地、人、外界、自然和身體內在的因素，來分辨致病的真正原因；所謂“推理論治”，就是在辨別致病原因的基礎上，明確疾病發生的機理，然後得出治療的原則。董廷瑤辨證識病得出的小兒發病與治療規律，獨樹一幟；對小兒常見病、多發病和疑難雜症、重危疾病的診治，是繼承基礎上的發展，集成前提下的創新，其臨證重點、用藥特點、治療辦法與操作手法，顯然是絕活。
嬰兒吐乳症，這是兒科常見病。患兒自出生後即頻頻吐乳，一日數次，喂乳後煩躁不寧，時時轉頸開腿。既有喂後即刻就吐，也有在喂後半至1小時左右自吐，量多的呈噴射狀，吐後患兒安靜下來，仍然可以再次喂乳。有的嬰兒，吐乳長達數月不愈，生長所需營養無法正常吸收。臨床多見之於寒熱失調、食積、喂養不當等，運用中西藥治療，療效均不理想。董廷瑤卻有其獨特的家傳見解與治法。
董廷瑤認為，吐乳頑症，頻作不已，噴吐量多，與“火丁”有關。火丁又稱“蒂丁”，係指“齶垂”（亦稱懸雍垂），對麵的會厭軟骨，其受濁邪火熱熏蒸，或因穢濁之氣循經而上，滋生突起如丁，咽喉不適而致反射性嘔吐，此為吐乳反複不愈之緣由。飲服湯藥也隨飲隨吐，故而治療的關鍵在於火丁。火丁平複，嬰兒吐乳症也愈。董廷瑤所采用的，是獨特的家傳“董氏火丁按壓法”，治療效果顯著。其方法是，醫者先以食指清洗消毒後，在指頭上蘸以少量冰硼散，快速按壓在患嬰舌根部的火丁上，旋即退出，按壓後1個半小時內不可進乳。每隔一日按壓1次，按壓3次為1療程，如果依然未愈可再加1個療程。根據臨床統計顯示，“火丁按壓法”的療效高達95%左右。有患兒，僅僅按壓1次，吐乳症就治愈了，經隨訪，長期療效鞏固；就是長期頑吐的，僅僅按壓1次，若治愈了也不再複發。
董廷瑤的“火丁按壓法”，無需服藥或手術，因而既無創傷也無副作用，並能及時止吐以保證營養供給，有利於嬰兒健康成長。這一治療辦法，經動物實驗，證實其手法機理之後，獲1994年度國家中醫藥管理局中醫藥科技進步三等獎、上海市科委科技成果三等獎。
小兒厭食症，如今臨床上也多見。多數是出自家長對子女的溺愛，喂養不當，甚至隨意進補，久而久之，阻礙了攝納，反而引發食欲不振、不食。因為食欲不振、不食，則強喂、多喂，越喂胃越呆，有的還施加壓力如打罵，致使小兒精神緊張，功能紊亂，形體更弱，腠虛多汗，麵色不華。這一類患兒，大多數舌淨苔少，腹軟無積，大便多秘，且容易感冒，時常發熱。董廷瑤說，凡此種種都因食養不當、營養過剩、脾胃失調之故，此症既無積可消，又胃不受補。
對此，董廷瑤以“脾胃主一身之營衛，營衛主一身之氣血”的理論進行分析，認為此病是由於脾胃不和而導致營衛失調，需要采用鼓舞營衛的方法來振奮胃氣，給予桂枝湯加味治療，服藥數劑，就能營衛和、胃納開，收獲意想不到的治療效果。在長期的臨床實踐觀察中，董廷瑤還發現，桂枝湯實際上為體質改善劑、強壯劑、神經安定劑，或者是裏虛裏寒、中焦化源不足、潛在虛質的調節劑。用桂枝湯調和營衛，促醒胃氣，使之思食。
此即董廷瑤的“倒治法”。
小兒疳積，董廷瑤有具傳奇色彩的董氏治疳經驗三方。甲方的組成是煨三棱、煨莪術、炙蟾皮、炒青皮、陳皮、廣木香、醋炒五穀蟲、胡連、佛手柑、焦山楂、炒萊菔子，適應證是疳積已成，毛發枯萎，口氣臭濁，飲食異常，針挑四縫穴有黏液可見，腹部膨硬而形體尚實者，以消為主；乙方的組成是米炒黨參、土炒白術、茯芩、清甘草、陳皮、炒青皮、醋炒五穀蟲、煨三棱、煨莪術、炒神曲，適應證是疳證而體質較弱，或服甲方後疳積漸化而現脾虛患兒，為半補半消之劑；丙方的組成是米炒黨參、土炒白術、茯芩、清甘草，適應證是疳病漸趨恢複，苔化薄潤，胃氣已動，以調補為主，參以少量消導之品。
上述經驗三方，辨證分型治療。每方用水煎兩劑，分次飲服。在靈活運用經驗三方基礎上，董廷瑤還因人因病製宜，配合以針刺四縫穴，使之液出，以調整三焦氣機。
針刺四縫穴，既是一項重要的輔助療法，也能作為疳證與一般厭食症的鑒別診斷手段，經應用，能取得良好效果。此法，不但特色獨具，而且屢獲顯效，在同行中享有盛譽。
小兒腸套疊，為臨床常見急腹症，多見於兩周歲以內的小兒。現代醫學認為，該病的基本病理變化是腸蠕動失去正常節律性，腸環肌發生持續性局部痙攣，腸近端劇烈蠕動，從而將痙攣的腸段推入遠端腸腔內，其發生的常見原因是小兒特殊的解剖特點和各種原因引起的腸蠕動紊亂、病毒感染、蛔蟲感染等等，套入部分腸段久則壞死，危及生命。急性發作時，常在X光下以空氣或鋇劑加壓灌腸，使之複位，但不少患兒仍會經常發作，甚至上午複位，下午又發，也有複發10餘次之多者，若用手術治療，病家常不願接受。對此，董廷瑤根據病兒腹痛陣發、痛而拒按、麵色晦暗、舌質帶青的症狀，進行推理分析後，歸納在“絡瘀腹痛”範疇。
立足中醫角度，董廷瑤認為，小兒腸套疊的形成，多因水寒氣血瘀滯於腸之絡脈，阻其傳導之機，氣滯血瘀局部痹阻不通而引起。由於局部腸壁血絡日久未通，血氣不至，故複位後常又複套入，如果不從根本上解決，充氣複位常是徒勞的，不得已而手術更會影響患兒身體健康，因而提出了“活血利氣治療大法”，以王清任少腹逐瘀湯為主，根據具體情況加減化裁、靈活運用。
對於“活血利氣治療大法”，董廷瑤在《我的一生》中這麼說：“小兒腸套疊，反複發作，病家憚於手術，求治於我，我們據理論病，此乃局部腸腔血分瘀阻所致，創用活血利氣之法，使血活瘀散，腸腔複位，並能徹底根除而不再發。”
小兒腸麻痹，多因腸炎泄瀉嚴重而出現。症見全腹膨脹，叩之中空，食入即吐，飲水也吐，呼吸急促，便秘或欲便不暢、次多量少，腹痛陣作。現代醫學認為，腸麻痹是由於腸管植物神經係統調節紊亂，腸平滑肌動力低下，造成腸腔內氣液積滯，腸管擴張，進而導致水電解質紊亂的一種小兒常見急症，多見於嚴重肺炎、消化不良、敗血症、中毒性痢疾以及腹部手術之後，若不及時救治，迅即導致中毒性休克危及生命。
董廷瑤從中醫角度指出，小兒腸麻痹的病機為久泄脾憊，中焦窒滯，氣機升降失職，故氣阻於下而大便不暢、次多量少，胃氣上逆而嘔吐吸促。治療當溫脾調氣，複其升降。湯劑可用附桂理中湯加木香、砂仁。如果患兒胃不受藥，藥入即吐，應另覓途徑，給予外敷之法為主以挽危急。
董廷瑤所用的外敷之法，主要是他自創的外敷藥“溫臍散”。
“溫臍散”，敷臍即能轉矢氣，轉危為安，療效奇特。其藥物的組成是公丁香1.5克、肉桂1.5克、麝香0.15克，用法是將上述藥共研細末，用熟雞蛋去殼，對剖去黃，納藥末於半個蛋白凹處，覆敷臍上，外紮紗布。敷藥兩小時後即可聞腸鳴蠕動，矢氣頻轉，然後大便通下，腹部柔軟，吐止氣平，精神安定，此後或再以湯藥調治。倘若敷藥後未得轉氣，可再敷一次。
凡臨證，董廷瑤常備溫臍散，以便隨時取用。
“幼吾幼以及人之幼”，這是董廷瑤的行醫座右銘。他的辦公桌玻璃板下也壓著一幅字：要名要利，自尋煩惱，養心養性，永葆安康。
因為在撫養、教育甚至於想起自己的下一代與下下一代的時候，董廷瑤也時常想起其他的、與自己沒有血緣關係的他人家的下一代，尤其是患病的下一代，所以他醫術精、醫心慈、醫風正。
因為一生淡泊名利，知足常樂，心平氣和，加上知醫，所以年輕時曾患癆病、形體瘦弱咯血、自慮不得永年的董廷瑤得以長命百歲！
《上海年鑒2003》第四十七章《人物》第二節，有一個條目如此記述：出生於中醫世家的董廷瑤，20多歲時就以精湛的醫術、高尚的醫德蜚聲甬城，1937年來滬開業又名揚滬上。是當時寧波和上海兩地的名醫。他把畢生的精力和智慧都交給中醫事業，為中醫藥振興和中醫兒科學術發展做出傑出貢獻。1990年，董廷瑤被國家人事部、衛生部、中醫藥管理局遴選為全國首批500名名中醫之一。經他治療的患兒達百萬人次之多。他還開辦上海市中醫研究班，前後5屆，培養了眾多高層次的中醫人才。曾6次獲得部、局級中醫藥科技進步獎，並撰寫《幼科芻言》《幼科擷要》等專著和大量學術論文，被譽為中國中醫兒科泰鬥。他是全國知名老中醫、中華中醫藥學會兒科專業委員會顧問、上海中醫藥大學專家委員會委員、上海市中醫文獻館名譽館長。晚年，還將積蓄的10萬元捐給農工民主黨市委，設立董廷瑤中醫藥獎勵基金。
2002年2月28日，董廷瑤與世長辭，享年100歲。
董廷瑤有兒女5人，長子維和，次子中和，女兒詠和，四子純康，五子純敏。其中，3人從醫，或西醫兒科，或放射專業，而真正承其業者唯長子維和。