1949年5月27日，上海解放。是年，董廷瑤母親在董家跳去世，享年92歲。
1951年，董廷瑤出麵，組織發動了20餘名中西醫從業人員，共同投資創辦了上海市新成區第二聯合診所，自任副所長。
因為有董廷瑤這樣的名醫通力協辦，該聯合診所業務能力超強，病人信任度高，社會盛譽也高，自給自足有餘。
1958年12月，因氣候反常，連連大雪，上海市城區麻疹大流行，疹多不透，毒向內陷，且迅速並發肺炎或腦炎，死亡率之高為曆年罕見。為了做好防治工作，上海市衛生局作出決定：調董廷瑤去江寧路的新成區大公醫院，負責麻疹危重病人中醫中藥方麵的搶救工作。
這一去，董廷瑤就一頭紮進病房，不分晝夜地搶救病人，並以“推理論病”的辦法深入鑽研，得出了“此乃血分瘀阻，毒不外泄，危症由此造成”的結論。隨之，采用解毒活血方藥，力促麻疹明透，毒泄熱和，使麻疹病人的死亡率由大流行初的10%以上降低到零。1959年3月，搶救工作結束，經總結統計與對比，董廷瑤負責的這一部分麻疹病人死亡率低至3%，為整個上海市最低，獲得了市衛生局的表彰。由於兒科醫技超群，臨床成效卓著，同年5月董廷瑤出席了在北京召開的全國傳染病大會。
也就是在1959年，上海市晉升首批主任醫師，董廷瑤名列其中。是年開始，已經擔任上海市靜安區中心醫院中醫科主任的董廷瑤，兒科診療業務之忙名聞全上海。
“文化大革命”期間，董廷瑤因為家庭成分是地主，自身是反動學術權威“臭老九”。加上新中國成立前，其母90誕辰時，曾在董氏宗祠高懸過蔣介石親筆所寫匾額；新中國成立後，以治病為名，與“走資本主義道路的當權派”勾勾搭搭等等“罪惡”，少不了受折騰與折磨，整整10年。
有那麼幾次，董廷瑤連死的念頭都有過。不過，一想到死，董廷瑤免不了想起11歲就夭折的長兄、53歲病死的長子維和、1920年63歲病逝的父親和解放那年去世的92歲母親。隨之，腦海中也會出現21歲那年被匪徒綁架的舊事，以及每天都有所見的在死亡線上掙紮的病兒……他也想，若如長兄那樣夭折就不知人生為何物，若如維和那樣早逝自然沒有了這些折騰與折磨，也就不會出現1959年麻疹病人死亡率由10%以上降低到零這樣的事……10%該是多少個鮮活的小生命呢？如不給予及時、有效的救治，其中的大部分很有可能如同長兄那樣夭折……那一年還出席了在北京召開的全國傳染病大會呢……那一年，要是死於劫匪之手，更沒有了之後的五六十年時間……如此驚險、隨時都可能終結生命的日子，非人的生活，卻沒有死的念頭，全然是生的欲望……生，也就是這麼一次，生命隻有一次，且去而不返，即使像母親那樣活到92歲，也不過再短短的30年，60餘年時間也彈指一揮間……每每想到這裏，一切隨之豁然。
因而在這整整10年中，董廷瑤雖然每天感受到活著之沉重，但時刻領悟著生命之寶貴。董廷瑤熱愛生命、熱愛生活、熱愛自己的職業與病人，盡管內心激蕩如潮，表麵卻似死水一潭，任憑折騰與折磨，坦然麵對，不但沒有被擊倒，反而更為精神。其後，隨著生命的回歸、生活的回歸，整整10年時間的壓抑、積聚起來的生命之火如紅日噴薄而出——年逾古稀的董廷瑤青春再現！不但堅持著一步步地向上登攀，登上了一生事業的頂峰，而且如願以償，達百歲高齡。
1977年，董廷瑤當選為上海市政協委員、農工民主黨上海市委委員。從那時候開始，董廷瑤彙集以前在各地各雜誌上陸續發表的50餘篇論文，如《名老中醫醫話》《名中醫談保健》《名醫特色經驗精華》《董氏兒科經驗簡介》等等，編撰兒科專著《幼科芻言》。
1981年董廷瑤擔任上海市中醫文獻館館長、上海市中醫醫院顧問、《上海中醫藥雜誌》編委會顧問。
1983年8月，《幼科芻言》由上海科技出版社出版，共30萬言。這一年，董廷瑤81歲。
《幼科芻言》，分為概論、治療經驗、醫案、醫論、醫話，並附內科醫案醫論等，均是董廷瑤日常診治中有所感悟的精華內容。書中所記述的兒科醫案百餘例、內科醫案60餘例，均是董氏學術思想和學術經驗在臨床實踐中的直接體現。該書結構簡潔，論述精辟，法理具備，方藥齊全，時人評價“是中醫臨床醫生學習借鑒老一輩中醫大家的重要參考讀物”，並獲上海中醫藥研究院科研成果二等獎。
1984年，中央衛生部拍攝《杏林春暖》的電影，在上海，列入拍攝對象的老中醫共14名：張伯臾、張讚臣、董廷瑤、顧伯華、朱春霆、徐仲才、薑春華、陸南山、聞茂康、陳蘇生、施維智、劉樹農、沈六吉、唐吉父。董廷瑤名列前三。
1990年，上海科技出版社又出版了董廷瑤的另一專著《幼科擷要》，該書獲1993年上海市衛生局中醫藥科技進步三等獎。
1991年，董廷瑤獲國務院特殊津貼。
1996年，上海市衛生局為董廷瑤製作《兒科泰鬥——記中醫專家董廷瑤教授傳記》紀錄片，於1997年6月18日董廷瑤95歲壽辰之際，在上海市中醫文獻館舉行首播式，以誌其業。
董廷瑤從事中醫兒科80餘年，經手病人上百萬名，形成了明理、識病、辨證、求因、立法、選方、配伍、適量、知度“九要”理論體係。其主要意思是，醫者務必掌握生理病理、脈舌之理、方藥之理，明理方能識病，認識疾病的發生、發展和診治規律，為診治各類疾病提供思路；辨證求因是關鍵，通過四診，從外到內，見證推理，以常衡度，從而作出正確的診斷；立法選方配伍，絲絲入扣，對症下藥，才能每獲良效。與此同時，總結小兒用藥經驗，形成了小兒臨床用藥“六字訣”，一是“輕”，處方應輕，藥量應輕，以應小兒特點；二是“巧”，治病尋索巧思，明其病因，用藥巧妙；三是“簡”，用藥切忌蕪雜，分散藥力，影響療效；四是“活”，見微知著，病變藥變，穩操勝券；五是“廉”，不濫施昂貴之品，雖病家初多疑之，但終則奇之；六是“效”，非唾手可得，須諳於醫理，嫻於實踐，更須有仁者之心，靈變之術。
董廷瑤提出，病雖然發生於內，但必然顯形於外，醫者可以從外而察知其內之著落，所以對於臨床應診，應以望診為重。一是望形神動態，以獲整體印象；二是望麵色舌苔，兼視涕痰二便，以辨陰陽寒熱虛實；三是分部麵診、山根色診和望舌質苔色——此“二診一望”，董廷瑤不但看重，而且有精深造詣。
80餘年的從醫經曆原本就具有說服力，積累起來的臨床經驗、心得體會，點點滴滴，集腋成裘，毫無疑問是經典。既融入了董氏兒科世代相傳的精髓，豐富了董氏兒科的診療特色，也向後世中醫兒科醫生提供了臨床實踐的經驗，具有廣泛的指導作用。
如立法遣藥顧護脾胃。這是董氏兒科特色，也是董廷瑤臨證中的一大特點。董廷瑤認為，小兒幼芽嫩質，稚陰稚陽；百病以胃氣為本，先天強者不可恃，先天弱者毋庸過憂，適當調攝脾胃，使後天化源充分，亦能轉弱為強，診治之間尚須刻刻顧護胃氣，一見不足，及時救護，選方用藥時存養胃護津之意；習用山藥、扁豆、石斛、花粉等氣味甘淡之品，深合脾胃之性，參入陳皮、佛手，潤燥互濟，和中悅胃，扶虛培本，祛病強身，效果顯著。
如善於化裁活用經方。擅長於仲景方的運用，是董廷瑤臨證中的又一大特點。急性熱病投白虎湯、承氣湯，立挽危重；暴瀉、重症肺炎導致陽虛欲脫，急以四逆湯、參附湯搶救，每每能得心應手；急性腎炎習慣用越婢湯、防己黃芪湯；泄瀉善用葛根芩連湯、白頭翁湯、五芩散之類……其中，尤其是對桂枝湯之變化運用，獨具見解，不局限於太陽表虛之證，內傷雜病亦常用桂枝湯這一類方劑。如常見的小兒厭食，董廷瑤以桂枝湯加味作為基本調燮方，因為桂枝湯能調和營衛氣血，促進脾胃運納之力，使氣血和，脾胃蘇，而思食，獲效顯著。
如對小兒熱病診治，董延瑤既從傷寒六經分辨，又自溫病三焦論治，融會貫通。他識病有定法，療疾有主方，認為外感高熱，邪自外入，初起邪在淺表，強調祛邪安正，擇途逐盜，宗經旨“其在皮者，汗而發之”“其下者引而竭之”給病邪以出路。救治麻疹、乙腦、肺炎、高熱驚厥等熱病急症，以發汗、攻下、利尿、湧吐，甚而用發疹布痧和痘疹引漿等辦法給邪毒以出路。如麻疹逆證兩顴青白，辨為氣血鬱滯，創用解毒活血法，血活疹透，使之迅速化險為夷，轉危為安。董廷瑤就是運用這一救治辦法，挽救患兒，促使麻疹的死亡率降低至零，為中醫搶救麻疹重症做出了重大貢獻。
又如小兒腺病毒肺炎，好發於6個月至2歲的嬰幼兒，冬、春兩季發病率高，起病急驟，高熱持續不退，抗生素不起作用。董廷瑤在家方基礎上，結合自身臨床所得，創製了“熊麝散”，用來救治小兒腺病毒肺炎，獲得成功，使中醫救治熱病重症的作用發揮得淋漓盡致。
“西醫認為治屬棘手，我們自製“熊麝散”，一劑熱和，三劑熱淨而愈。”對於自製的“熊麝散”，董廷瑤曾經這麼自豪地介紹。