“涼血解毒湯”為董氏兒科的家方，治血熱痘疹非常有效。主要是涼血行血，被同道推崇為痘科之神方。
疹，指麻疹，鄞地民間稱“瘄子”，是舊時小兒中常見的急性呼吸道傳染病之一。舊時甬上民間，視麻疹發病為成長中不可或缺的環節，一生未得麻疹反被引為奇事。
對於麻疹的診斷，董水樵認為“早”是關鍵。早，能為及時治療與護理贏得時間，若“麵紅腮赤，咳嗽噴嚏，鼻流清涕，目溟汪汪，嗬欠喜睡，或有惡心嘔吐、腹瀉等，視其牙齦之色，較平常為紅，其上間見白色細小乳頭狀點”，則可以作為依據，診斷為麻疹。
對於麻疹的處理，董水樵首重透發。常用藥為桃仁、紅花、赤芍、川芎、當歸、紫草等，“一方麵為毒邪打開出路，另一方麵幫助解毒發揮更大的作用，且涼血活血、通瘀行滯而不礙於氣分”，對於疹淡不明或色暗形紫，或素體不足，以及先天性心髒病患者，血運有阻而疹發不透的，董水樵在透劑中常參用上述的藥物二三味，屢獲顯效。
麻疹治療上的注意點是“透發時機，必須掌握”，董水樵認為，“從見點起三天內應當及時作出合理的透發……如果該透不透，或透不得法，或不該透而繼續用透，反會發生相反的後果……疹宜通泄，故大便通暢者為順，即泄瀉幾次亦屬無妨。惟二便不利者，斯誠凶候。故大忌濫用止瀉藥物……初期鼻血，亦屬佳兆，猶如傷寒之紅汗，乃邪氣散越之征也……須分三焦處治，在上焦者宜輕，辛涼淡滲以泄氣分；中焦宜平，苦寒以潤燥，甘寒以生津；下焦宜重，鹹苦為主；若熱毒下注而成痢者，取苦寒堅陰燥濕可也。以痧為經腑之病，切忌溫燥補澀”。
驚，指小兒驚風，有急、慢驚之分。
對於急驚，董水樵覺得，自古以來名目最為繁多、眾說紛紜，唯有明喻嘉言（1585～1664，《寓意草》《尚論篇》和《醫門法律》作者）的敘述較為詳細，清陳飛霞（1736～1795，《幼幼集成》作者）闡述最為明晰，其病機之初即小兒傷寒化溫、化熱之三陽症。“以小兒體脆神怯，不耐外感，一有高熱，多致驚搐；雖有四征八候之殊，要皆外淫所侵而起；設或不先祛邪，遂投金石重鎮，腦麝開竅，是舍本逐末，引寇入室，貽患非淺。治驚之法，不必拘於驚之名目，當求其致病之由，而權其製勝之策”。治療上，針對不同病因，以錢氏瀉青丸、葛根芩連湯、承氣湯、白虎湯和紫雪丹等為常用之劑。如有一楊姓女，13歲，因高熱不退，神誌昏亂，狂妄燥熱，手足抽搐，診得兩脈數實，舌苔黃膩，便結5天，而矢氣頻傳，有汗而泄長……就診於董水樵，3次見效，經調理病愈。
對於慢驚，董水樵說：“治此症宜注意於未成之先，使驚不自成；至其既成，定須溫法，惟治之較難矣。昔錢氏謂‘慢驚為無陽之證，因脾土虛甚，而陽不能以勝陰，是為陰盛陽虛之候也’。是以既無風可逐，又無痰可驅，但以溫補脾胃，斯為得耳。”是為董水樵治慢驚的寶貴經驗，為後世醫家所推崇。
疳，指疳積，是舊時5歲以下小兒的常見病證。
“疳積之症，起於脾胃之失調。蓋穀入於胃，賴脾運化，使水穀之精微，變為氣血，灌溉諸藏，營養一身，因而有‘水穀素強者無病，水穀減少者則病，水去穀亡者則死’等提法……”這是董水樵的說法。董水樵認為，在小兒斷乳之後，小兒見食即愛，不擇粗細，不知滿足，導致脾氣鬱而不舒，而作為父母的還以為胃口好，給予鼓勵或增加，因而脾氣更鬱，不能“為胃行其津液，致濕停而脾胃俱病，因之中焦不能取汁化赤而為血，血虛濕聚，致腹滿肢瘦疳症成焉”；“疳必由積而成，但積必由脾胃虛弱所致，故虛為積之本，積反為虛之標也”。
依據上述理論，自從董水樵這一代起，董氏兒科的治疳之法，不離於脾胃，消補兼施。
對於小兒雜病的診治，董水樵也有高深造詣。
嬰兒口舌病，多見於初生嬰兒，絕大多數父母不了解此病，即使是醫生大多數也不在意。其主要症狀為多啼多哭，日夜不安，不能吮乳。作為母親，往往越哭越給以哺乳，結果又導致消化不良造成積聚泄瀉等病症。
如果有這一類病兒就醫，董水樵必察口舌。如果確實屬於本症，必然手到病除。對於本病的診斷與治療，董水樵自撰有幾則口訣，用以教誨弟子門人。譬如“口有馬牙板牙症，更兼鵝口與七星，重舌木舌同板舌，刺渣出血即安寧”，每一句口訣都有簡明扼要的解釋。
口有馬牙板牙症：牙床堅硬，色白如脆骨者，是板牙。其上有白點如粟米者，名曰馬牙。板牙刺出血，馬牙挑出白點，用清液丹（元明粉三錢、冰片五分、青黛一錢，為末，少許，搽患處）塗之即安。
更兼鵝口與七星：滿口白屑，如鵝之口，名曰鵝口，用軟棉裹指蘸薄荷湯拭去。口顎上有七星如米粞一帶者，用針挑出白點，塗清液丹即安。
重舌木舌同板舌：舌下有小舌，名曰重舌；滿口漸大，名曰木舌；板舌老，如板不能旋動，名曰同板舌。以上三症，俱在舌下刺出惡血，塗以清液丹即愈。
刺渣出血即安寧：牙症刺出白點，舌症刺出惡血，服降火湯（木通八分、黃連五分、生甘草五分、荊芥八分、枳殼八分、陳皮八分）。
……
董水樵有子女八人，兩個兒子，六個女兒。長子，因患急性痢疾，11歲夭折，唯幼子承業，即董廷瑤。其弟子為張芝光、陳宗炎、董德標，均有醫名。