2007年開始的五年間，國務院發出開展第三次全國文物普查，他又主持了該次工作並獲得了前所未有的成績，不可移動文物的數量大幅度提升。獲得浙江省第三次全國文物普查實地調查階段先進集體、省第三次全國文物普查先進集體、省文物安全工作先進集體，其本人由此成為全市唯一一位獲得國務院第三次全國文物普查突出貢獻個人獎的個人。在他的帶領下，眾文保員冒酷暑、頂寒風，尋山川、探荒野，進行了艱苦的實地勘查、記錄。通過普查而掌握了全區曆史文化遺產的鮮活個性且數量豐厚，類型多元，形成了區域曆史厚度、鄉土情感、人文秉性的認識與再認識的最為重要的實物資源和資料，共查得不可移動文物3890處，其中被錄入國家數據庫的1959處。從2010年全市各縣（市區）不可移動文物的第三位躍升到第一位。鄞州區從1985年前的50處，1999年前的107處，到2010年達到1959處，增幅達36.4倍。同時，“三普”叢書被《寧波日報》稱為“鴻篇巨製”，於2013年8月1日報道：“由鄞州區文物管理委員會辦公室主任謝國旗編著、洋洋灑灑258萬字和3735幅圖的鴻篇巨製——《鄞州區第三次全國文物普查叢書——曆史的回聲》，近日由寧波出版社出版。該書一套為4冊６本，分別為《穿越曆史的足跡》《揭開塵封的記憶》《最後的遺產》和《堇風甬水》，全麵係統地記錄了鄞州區“三普”工作情況和不可移動文物的現狀，是一部圖文並茂地弘揚鄞州優秀曆史文化、知識性與藝術性相結合的係列叢書，也是一部宣傳鄞州區保護文物和文化遺產的教科書。”
三、從業餘文保員到帶頭做文保
在經濟發達的鄞州地區，舊村改造進程越來越快，他為了多保留文物，多多反映鄞州悠久的曆史寫照，自知一人的、一個單位的力量之渺小，由此帶領全區業餘文保員發揮他們的先鋒隊作用，踏遍了鄞州山山水水，溝溝渠渠，與“拆遷”賽跑，與“推土機”趕時間，幾乎沒有節假日，夜以繼日地為81.21萬人口的鄞州人奪得了人均2.4處不可移動文物的驚人數據，為1346平方公裏的鄞州土地上也奪取了每平方公裏1.45處的文物密度。
其實，他是20世紀80年代業餘文保員的代表，走上這條路完全是受地域文化的影響。當年從部隊回來擔任白嶽鄉文化站站長期間，結識了甬上著名人物王重光、楊古城、曹厚德等老先生，以及周生望、陳萬豐等鄞州文物界老前輩後，加入了鄞州區業餘文保員的隊伍，參加了寧波書友會，開始寧波和鄞州的文物保護事業。這些經曆解答了他小時候曾經在故土上發現的“疑惑”，串起了守望故土的曆史進程。除了這些，他還關注著農田水利基本建設、農村承包到戶、社隊企業改製、政社分設、撤區擴鎮並鄉、新農村建設、舊村改造、文化禮堂等等。在跨世紀的階梯式文明進程中，他為地下地上文物的保護做出了不可磨滅的貢獻。一大批古建築如禦史中丞第、楊尚書第、周微宅、翁文灝故居等，地下文物如新石器時期“康家園遺址”、“橫港岸遺址”等等這些曆史價值使得鄞州人民重新認識故土的時候；每當從區政府會議室論證通過之時，他覺得一身輕鬆，心裏特別踏實。一切苦水都化為了精神動力，特別是一次區委召開的文化工作會議上，壽永年書記的那句“中心城區不能沒有曆史”的感人話語，使他一夜未眠，更使他堅定了保護文物的信念。
潘火橋的蔡氏宗祠花了6年時間，鍾公廟的嚴氏建築群、李惠利故居花了4年時間的說服才得以被區人民政府公布為文物保護單位。記得他於2005年，有10名村民來到他的辦公室，幹脆坐到地上要求回答“蔡氏宗祠是否屬於文物？”他想到了“如果否定”將是作為一名文物工作者的失職，“如果肯定”又將會使已作出整村土地出讓合同的街道政府麵臨難堪局麵。他在思緒中自問：難道聽之任之嗎？難道政府決定的就一定是對嗎？從中開展了一係列“經濟建設與文物保護”的調研來緩和矛盾。通過對蔡氏宗祠文化的深入研究，在全國宗祠文化研討會上發表了一篇《蔡氏宗祠建築及其文化理念》的文章，闡明它是一座全國罕見的男女合祠古建築，也是獨一無二的男女平等思想所體現在宗族祠堂建築中的實物例證。由此在工作中，走過了“政府決定拆、村委會同意拆、拆遷部門早已規劃拆”的艱難險阻道路中，“倒逼”了拆除可以有征用費補償：百姓共享的實惠政策而大多數百姓倒向了拆除的想法。於是，他在以《文物法》精神的緊追之下，又使當地政府產生了新的“倒逼”現象，即“不管不問”。要曉得，危機四伏的舊建築在寧波地區一年接著一年的台風如果被自然倒塌，如果給幾位力挺保護的村民造成人身安全，怎麼辦？且這些隱患顯然是存在的。那麼，謝國旗就會成為“千古罪人”，承擔不可推卸的人命關天的罪責。他雖想到了這一切的一切，但也還是力挺保護並加強保護措施。不管工作多忙，他都堅持與業餘文保員一起商討安全工作，提出了“一不倒，二不漏”的暫時性過渡要求。多少個日日夜夜後，蔡氏宗祠終於在2010年被區人民政府公布為文物保護單位，但是當地政府並沒有出資維修的打算，隻好依靠業餘文保員的努力和漸漸地得到了村委會的精神上的支持下，由村民采取了募捐形式，在2012年底開始進行了維修，如今油漆接近竣工。“寧波幫嚴氏建築群”同樣走過了風風雨雨的考驗，最後被區人民政府公布為文物保護單位。