1950年7月，美國發動了朝鮮戰爭，國際形勢正如張東蓀所預料的那樣嚴重起來。中國也在醞釀出兵參戰問題。張東蓀堅決反對中國參戰，並表示要力勸毛澤東放棄這種打算。對此，葉篤義回憶說：“1950年8月裏，美帝發動侵朝戰爭之後，我偶爾一次看到梁漱溟，梁對我說，‘東蓀先生準備麵見毛主席，在外交上有所進言。’我馬上跑到張東蓀那裏問他是怎麼回事，他說：‘我現在還不準備去見他，等到大戰打起來以後，打一個時期打不下去的時候，我才去說。’他的這個所謂‘進言’，就是建議放棄‘一麵倒’的外交方針。我當時極力阻止他，我說那是絕對不能談的。”這說明，在新中國的外交方針問題上，張東蓀與中共之間產生了巨大分歧。當中國政府決定出兵援助朝鮮，直接與美國對抗時，張東蓀感到此時沒有調解中美關係的希望，便勸王誌奇：“時局緊了，我勸你離開此地，從此不再幹這種事，還是隻在政治方麵努力，設法使美國不毀滅中國，則我們大家都有前途。”這樣，王誌奇便離開北京到香港去了。張東蓀感覺到王可能是個騙子，此後，便斷絕了與他的聯係。
然而，張東蓀恐怕做夢也沒有想到，他與王誌奇這幾次談話，不僅沒有達到利用王打開與美國關係的目的，反而被王利用：王將張東蓀的話作為難得的“情報”，提供給美國。這些此後給張東蓀帶來了毀滅性的災難。
1952年1月，全國開展反貪汙、反浪費、反對官僚主義運動，北京各高校也展開了思想改造運動。作為燕京大學哲學係教授、民主同盟中央政治局委員，張東蓀參加了在燕京大學的思想改造活動。當時，燕京大學重點批判的對象，是校長陸誌韋、宗教學院院長趙紫宸和哲學係主任張東蓀。
對於這場運動，張東蓀開始便存在著一個錯誤認識：他從舊民主的觀點，對於檢討很有反感，以為這是中共控製思想、破壞人權的運動。所以，他對運動采取了消極抵抗的態度，也有蒙混過關的想法。2月8日，在燕京大學文學院師生大會上，張東蓀開始作第一次公開檢討，一方麵檢討了建國前自己反對馬克思主義的認識，同時也講了自己與中共的合作關係。檢討後，便有人指責他檢討不老實，企圖欺騙群眾，向他提出了許多意見。這樣，張東蓀被迫在燕京全校師生大會上，又作第二次、第三次公開檢討，檢討的內容主要是曆史上反蘇、反共、反馬克思主義的事實與思想動機；親美思想及抗戰時期在北平與日偽、解放戰爭時期與司徒雷登的關係；同時也講述了自己支持革命、與中共聯係的事實，但每次檢討後，他的態度都被指責為不老實、不誠懇，批評他隱瞞了自己反革命活動。
民盟燕京大學分部將張東蓀的曆史問題定為“一親四反”，即親美，反蘇、反共、反人民、反馬列主義，結論是封建買辦、投機的政客。他們收集許多張東蓀在解放前及建國後思想上、經濟上、行動上的曆史材料，如他給人題書麵引用西方一位作家的話“如果在共產主義與絞刑之間，叫我有所選擇，我寧願選擇絞刑”之類，並在《燕京校刊》出版專號，公布於眾，供人們批判時參考。
在這種情況下，民盟燕京大學區分部委員會決定：通告全盟揭發張的罪行，並與其進行鬥爭。隨後，北京市支部、燕京大學區分部全體盟員，致函北京市支部，轉報總部，要求撤銷張東蓀一切職務，並責令其認真反省，向人民低頭認罪。1952年4月，張東蓀致函張瀾和沈均儒，表示自己已經在檢討思想問題，如果群眾不滿意，願意再作一次更深刻的交代。隨後，張東蓀在張瀾家與沈均儒、章伯均及中共中央統戰部部長李維漢及徐冰等人進行了一次談話。張東蓀表示深自悔悟，認為燕大發表材料也有不是事實，如單獨見魏德邁等。沈均儒同意張東蓀請假反省。這樣，民盟中央召開第25次中央常委會議，決定停止張東蓀盟內一切職務，認真反省，徹底檢討問題。