毛澤東通過與張東蓀的會晤，也同樣看到了中國民族資產階級知識分子與中共的思想分歧，看到了他們對即將成立的新的國家政權的幻想，也看到了他們中間普遍存在著的對於美帝國主義的幻想和恐懼心理。1949年6月30日，毛澤東發表《論人民民主專政》，公開闡明了中共對新民主主義國家政權的觀點，對資產階級知識分子中存在的這些錯誤思想進行了嚴肅的批評和教育。他指出：“我們的經驗，集中到一點，就是工人階級（經過共產黨）領導的以工農聯盟為基礎的人民民主專政。這個專政必須和國際革命力量團結一致。這就是我們的公式，這就是我們的經驗，這就是我們的主要綱領”。公開強調了無產階級的領導和與蘇聯結盟的重要性，新的國家政權決不是資產階級民主共和國。
1948年8月5日，美國政府發表了《美國與中國的關係》的白皮書，公布了若幹反對中國人民革命的真實材料。中共中央認為，白皮書的發表是教育那些對美國抱有幻想的資產階級知識分子（即所謂“民主個人主義者”）的反麵教材，於是新華社接連發表了6篇對白皮書的評論，除了《無可奈何的供狀》外，其餘5篇都是毛澤東親筆所寫。毛澤東對白皮書的評論，與其說是針對美國的，還不如說是針對那些要走“中間路線”、對美國抱有幻想的“個人民主主義者”，因為他們是美國所依靠的力量，所以毛對他們保持了較高的警惕性。而美國所謂的中國“民主個人主義者”，實際上就是張東蓀、羅隆基等為代表的資產階級知識分子。對此，羅隆基似乎做了肯定的回答。羅隆基在新華社發表《六評白皮書》後，托人轉達以下意見給司徒雷登。他說：“美國如不先放棄蔣而續予支持，則中美關係很難改善。美國必須決定放棄一邊。但即使美國放棄蔣，與中共恢複外交關係，欲立刻或一、兩年內，使中共與美國關係超過與蘇聯關係，仍不可能。最好美國先以一部分救濟物資，無條件送給中國，同時放棄麥克阿瑟派的援蔣活動，則在相當時期後，自有轉圈的機會”。“民主人士不會有力量，隻是陪襯而已。白皮書指出民主個人主義者是最不聰明的舉動。所謂民主個人主義者，自不是指的胡適與李宗仁，而是羅隆基、張東蓀。但一經美國指出，中共對所有民主人士都懷疑了，特別於我和張東蓀。所以，有的地方我都沒出來。”此後，張東蓀對中共的態度明顯地消極起來。
1949年6月15日，新政協籌備會在北平正式成立。毛澤東在中南海勤政殿開第一次全體會議。張東蓀以民盟中央常委的身份與張瀾、沈均儒等代表民盟參加了籌備會。6月18日，負責起草政府組織大綱的第四小組舉行成立會，張東蓀與張誌讓、滕代遠、閻寶航、雷潔瓊、陳其尤、林厲儒等7人被推舉為委員，負責討論提綱，張誌讓為召集人。6月25日、8月19日，張東蓀參加了兩次政府組織大綱的起草和修改討論會議，修正通過《政府組織法草案》。9月20日，新政協籌備會常委會第8次會議，決定新政協一次會議於21日下午7時在懷仁堂舉行。確定參加的單位15個，正式代表510人，候補代表77人，特邀代表75人，共662人。張東蓀與張瀾、沈鈞儒、章伯鈞、羅隆基、史良、周新民、楚圖南、丘哲、周鯨文、費孝通、李相符、李文宜、胡愈之、辛誌超和劉王立明等16名民盟正式代表及葉篤義、羅子為兩名民盟候補代表參加。
9月21日，新政協第一屆全體會議開幕，張東蓀被選為大會主席團成員。次日，大會決定設立6個分組委員會，張東蓀分在“國旗、國徽、國都、紀年方案審查委員會”。9月29日，張東蓀與彭真、陳銘樞、章乃器、周恩來任執行主席，討論並通過了《共同綱領》；次日，大會選舉產生了中央人民政府委員會。毛澤東當選為中央人民政府主席，朱德、劉少奇、宋慶齡、李濟深、張瀾、高崗為副主席。張東蓀與周恩來、陳毅等56人當選為中央人民政府委員會委員，同時還選舉產生了由180人組成的第一屆政協委員會。民盟分配到5個名額，張東蓀表示自己不擔任政協委員。張瀾、羅隆基、周新民、楚圖南和曾紹掄等5人當選為全國政協委員。10月19日，張東蓀被毛澤東任命為政務院文化教育委員會委員。從此，張東蓀開始了與中共合作建設新中國的曆程。