1947年6月初，浙江地下黨組織將於子三等學運骨幹秘密轉移到上虞暫避，以防不測。不過後來，於子三再次回到浙大，冒著生命危險繼續參加學生運動。
1947年10月期間，葉秀峰得到一封密函，密函中寫道：於子三的兩個同學黃世民、陳建新坐火車來杭參加另一同學汪敬羞的婚禮，期間還將討論“新潮社”奉化農場的事宜。葉秀峰覺得機會來了，於是電令俞嘉庸，密切監視於子三等人的一舉一動，並伺機逮捕。接到命令後，俞嘉庸布置專人進行盯梢，並且在火車站附近設下埋伏，準備對於子三等人進行抓捕。
1947年10月25日，於子三與汪敬羞來到杭州火車站迎接從上海來的同學黃世民和陳建新，當四人剛剛踏出站門，便被埋伏好的特務們逮捕。後來特務們將於子三等四人秘密押送至省黨通組的拘留所。
得知於子三等人被捕，葉秀峰非常高興，他致電俞嘉庸：“不管采取什麼辦法，也要挖出於子三身後的共黨分子！”於是俞嘉庸來到拘留所，開始對於子三等采取非人道的折磨與審訊。
於子三等人失蹤一事很快就傳到浙大。浙大師生對此感到十分震驚，震驚之餘則是憤慨。於是浙大學子立刻召開大會，通過了“罷課、抗議、鬥爭”的決議，向國民黨當局進行施壓，要求浙江省主席沈鴻烈給予說法！後來浙大校長竺可楨也前往省政府進行交涉，還委托校秘書長和訓導長去拘留所看望於子三。
急於立功的葉秀峰可不在乎，他要求特務們加大對於子三的審問力度，要求其交代“新潮社”的有關情況及浙大的地下黨組織力量。皮鞭、老虎凳、辣椒水等等均沒有讓於子三屈服，在特務麵前，於子三大義凜然，他大喊：“為自己爭取權利有何過錯？”特務們見於子三死不開口，於是把情況彙報給葉秀峰。葉秀峰氣急敗壞，於是致電：“既然不招供，留著何用？”受葉秀峰的旨意，特務們對於子三進行輪番的毆打、施刑。10月29日，受盡嚴刑拷打的於子三不幸犧牲！
噩耗傳出，立刻引起一片嘩然！特務們為了掩蓋事實真相，迅速將其餘三人移送法院，並給於子三偽造了用玻璃片戳斷喉管的“自殺”現場，以混淆視聽。得知此消息，浙大校長竺可楨、訓導長顧穀宜、校醫李天助、學生代表葉玉琪、雷學時等五人來到現場進行認領屍體，一眼便看穿了特務的詭計。竺可楨嚴詞駁斥，拒不在屍體認領單上簽字，後來他對上海《申報》記者說：“於子三作為一個學生是一個好學生，此事將成千古奇冤。”
後來浙大的師生們紛紛以“罷課、罷教”等方式緬懷學子於子三，國民黨當局非常震驚，浙江省主席沈鴻烈也出來講話，勸浙大師生以學業為重，盡快複課！不過此事遭到浙大校長竺可楨的拒絕，竺可楨說：“教授會決議無法更改！”11月4日，竺可楨決定辭去浙大校長一職。
10月31日，浙大全體同學為抗議“國民黨當局非法逮捕四同學，並殘殺於子三君”發出聯合請求：
一、立即無條件釋放被捕同學；
二、嚴懲殺人凶手竺鳴濤；
三、賠償死者一切損失；
四、保證以後無類似事件發生；
五、由政府確實保障人權。
11月12日，浙大學生自治會致函給蔣介石，向其控訴於子三被殺害一事，並請求蔣介石嚴懲殺人凶手，為天下不法者鑒！
於子三犧牲的消息傳到北方後，清華、北大、燕京、天津南開、北洋等等院校也紛紛發表“反對迫害、保障人權”宣言。而南京的三所大學也通過“罷課”等方式抗議國民黨當局慘無人道的做法……全國各地的大學紛紛響應，再次掀起學生運動高潮。
1948年3月14日，也就是於子三遇害四個半月之後，浙大才為他舉行隆重的葬禮！
浙大學生代表三百餘人組成出殯車隊，在“學生魂”的挽幛和“於子三烈士千古”花圈的前引下，將於子三烈士的靈柩安葬在鳳凰山北麓的萬鬆嶺南坡，於子三的墓碑也成了“學運”的紀念碑！
葉秀峰原本想殺掉一個於子三，便可以讓“學運”停止，沒想到葉秀峰還是下了一盤臭棋。
後來，蔣介石發怒了，他致電葉秀峰嚴密監視全國各大學的學生運動情況，如不行再進行鎮壓。可是這一次葉秀峰學乖了，他一直沒有出手，僅僅是替總裁做“情報”搜集工作！直到1949年國民黨兵退台灣，葉秀峰也再沒有製造出其他重大慘案，而他的中統局局長的職位，也最終被副局長季源溥接任。