統計處主要負責中央黨部各部處和中統局的各項統計，此處成立已久，處長是鄭堯泮，後來此人開辦統計人員訓練班，主要任務是擴大檔案工作，與特種經濟調查處相呼應，調查研究共產黨和國民黨左派的主要人物，並將其重要人物的資料製成類似今天“三國殺”之類的名片，供國民黨高參參考。國民黨內部的重要反共資料，比如《中共組織係統圖》、《中共黨員發展統計》和《中共活動大事年表》，都出自該處之手。
特種經濟調查處成立於1940年，前身是中統局第三組的經濟科，該處成立後，首任處長為國民政府軍事委員會前工作幹部訓練團團長陳介生。該處的全部經費由國民政府財政部、交通部和經濟部負擔，不依靠中統局，因此該處人事安排完全由陳介生提出名單，再由中統局加以委任。該處的表麵任務是獲取淪陷區的經濟情報，實際是獲取敵後解放區和八路軍、新四軍在各戰區的活動情報，這些情報經中統局加蓋信印後分別送交財政部、交通部和經濟部。由於經濟獨立，加之有CC係代表人物朱家驊撐腰，所以處長陳介生不受徐恩曾管製，故陳介生與徐恩曾素有恩怨。1941年，徐借口陳不服從命令，將其扣押，隨後，徐恩曾與朱家驊協商後，委任李超英繼任處長。
中統局的五室，分別是秘書室、人事室、機要室、會計室、專員室。
秘書室主要負責整理中統局內的各種檔案文件，起到上傳下達的作用。
人事室歸局長室所管轄，主要責任是中統局內的人事任免權。人事室後改名人事處，孫翼謀、章祖模、楊為等人先後擔任該處處長。
專員室由徐恩曾一手掌管。這個專員室裏的專員“虛虛實實”，不僅人員流動、變化大，而且專員室內的“專員”職位彈性大，人數也沒有特定限製，不過通常都在30人左右。另設次專員室，次專員室就是“超級特務”的集中營。
機要室主要負責中統內各機要文件的整理和歸納，李宏基、袁木芬先後擔任該辦公室主任。
會計室，主任李光灼，下設出納、審核職位等。會計室後升級為會計處，負責經營聯益儲蓄銀行、湖南沅陵金礦和聯益農場等。
此外，中統還有四個委員會，即訓練委員會，主要負責加強中統人員的政治訓練和技術訓練；紀律審查委員會；海外工作委員會和黨網建立與運用委員會。
後來，中統局還成立了一個所謂的“重慶實驗區”，該“區”設在重慶市神仙洞的“德園”裏。這個實驗區，其實是徐恩曾在重慶搞的一塊“試驗田”，主要目的是“示範”。在這個試驗區內，徐恩曾采取了大量新穎的特務方式，用來對抗日戰線上的共產黨，不斷進行情報搜集和破壞等活動，並將這些新穎的特務方式作為“新式武器”加以推廣。“重慶試驗區”的區長先後由青幫頭子陳慶齋、陳建中、周光亞等人擔任，本部還下設總務、組訓、情報和行動四個科，領導城區、沙磁、新市區、江北、南岸、巴縣、北碚、南泉等八個分區以及青木關工作站。實驗區根據徐恩曾的指示，一直對中共辦事處、八路軍辦事處和《新華日報》辦事處進行秘密監視，每天向徐恩曾彙報。
除上述組織機構外，徐恩曾還親自主持一個名叫“生廬”的機構。“生廬”由少數曾任國民黨省黨部委員的中統高級特務組成，專門負責秘密陰謀破壞和特務技術研究。
中統局本部內，還有“積極檢查隊”、“糧食調查隊”等小組織，這些小組織的人數均在100人以上。
中統局成立之後，比原來的“調查科”和“特工總部”有了實質性的擴展，起初那個唯唯諾諾的徐科長也堂堂正正地當上了“局長”。
中統局的人員眾多，細胞不斷分裂繁殖，最終形成了一個緊密的、有秩序的特務情報組織。中統局人事科科長孫翼謀曾這樣說：“1941年的時候，中統局大概有13000名正式的調查人員。”擁有這麼多成員，恐怕是陳立夫和徐恩曾最初都未曾想到的。後期的中統局，與起初隻有幾十人的黨務調查科不能同日而語。據統計：當時中統局的本部有488人，實驗區有137人，各省市有9655人，各部單位有2000人，民眾團體有300人，外圍骨幹有690人，共計13270人。直到1945年葉秀峰取代徐恩曾，中統局的在編特務也有13270餘名。