中國科協一項對科技工作者的調查顯示，有50.7%的人認為在科研工作中遇到的最大困難就是“申請課題困難”，有14%的人認為在項目申請上花的時間和精力最多。
“能爭取到國家級課題項目，就標誌著有能力，評職稱、評獎乃至當博導，等等，都有了資本。”北京大學政府管理學院博士生導師李成言教授接受記者采訪時表示，“由於考核壓力大，有的科研帶頭人申請下來項目後，投入到科研的經費很少，而是拿著這筆錢去拉關係，跑下一個課題。”
“現在能靜下心紮實做研究的人越來越少，而急功近利的人越來越多。這樣的氛圍，將會毀掉一些有前途的科研人員。”放眼當下的高校和科研機構，中國社科院尹韻公研究員接受記者采訪時，如此表達了他的憂慮。
嚴重危及學術生態
不少受訪者認為，科研經費管理存在“黑洞”，在一定程度上影響了科研人員的工作熱情，助長了拉關係等“潛規則”的盛行。尤其是在一些科研領域中出現了權威分享重點課題的“小圈子”現象，背離了科學精神和公平競爭原則。
“由政府部門直接進行科研經費的投入和管理，其工作程序、經費配置、課題評價以及成果鑒定等方麵存在很多問題。”李成言認為，在高校或科研機構內部，這種不公平形成了收入上的不均等，也汙染了知識分子群體內部公平競爭、積極創新的精神。
記者調查發現，現在不少學術刊物為創收，誰出錢就先給誰發。有的科研人員拿到科研經費後，為盡快交差，幹脆從網上查找文獻，撰寫所謂的“科研論文”，花高價“版麵費”發表，嚴重危害了我國的學術生態。
在這樣的環境下，學術腐敗自然屢見不鮮。2006年，上海交通大學的“漢芯造假事件”震動中國科技界。“漢芯”曾被譽為“中國芯”，但誰也沒有想到，花費了國家上億元科研經費研發出來的“漢芯”係列芯片竟是假的！2007年8月，國家自然科學基金委發布了當年第一期監委會簡報，稱有13個學術科研機構和個人涉嫌“抄襲剽竊論文”或“在申請書中弄虛作假”以獲得科研經費。
但是，對騙取國家科研經費的學術腐敗行為，幾乎沒人受到任何法律上的追究。一般情況下，即使發現科研經費使用不當，處罰措施也僅為限製該項目負責人日後的新項目申請。
據了解，我國科研經費管理亂象已引起國家有關部門的重視。2005年6月26日，教育部和財政部頒布的《關於進一步加強高校科研經費管理的若幹意見》提出12項措施；2007年8月，科技部發布首個專門規範科技經費監督管理工作的製度規定——《國家科技計劃和專項經費監督管理暫行辦法》。但記者調查發現，由於我國在科研經費的審批、劃撥、使用、結算等各個環節都缺乏強有力的監管和懲戒機製，這些規定並沒有發揮出應有的作用。
公共監督不可或缺
當前，我國正倡導建立創新型社會，國家期望通過提高科技投入和科研水平，來提升國家的整體實力。因此，如何科學、合理、高效地使用科研經費，就顯得尤其迫切和重要。
在美國，政府不設立研究機構，而是通過簽訂研究合同的方式，把科研任務交付給大學或私營公司。除了少數國防機密項目，絕大多數科研經費都依靠美國國家科學基金會、國家衛生基金會、國防部高科技組織等提供項目，通過競爭方式讓研究型大學和其他實驗室來操作。
針對我國目前的實際情況，尹韻公建議：“應建立財政科技經費的績效評價體係，明確設立政府科技計劃和應用型科技項目的績效目標。可在簡化程序的基礎上，對課題進行公開招標，隻要科研單位完成任務，‘產品’合格，供需雙向就可一手交錢，一手交‘貨’，這樣將會減少很多可能產生腐敗的環節。”
“凡是國家各級財政支出的經費，都需納入財政監管體係，科研經費也不應例外。”齊善鴻認為，“要從立項著手，深化行政審批製度和科技管理體製改革，確保立項的全程公開、公正和透明，對項目的各責任主體進行跟蹤考核，以專項審計方式加強科技經費監管。同時，發揮網絡監督作用，允許同行進行監督和舉報。”
“應進一步改革和完善現有的科研項目評審機製。”國家行政學院龔維斌教授接受記者采訪時表示，“國家一些重大項目的評審，評審專家的遴選、評審程序的設定、評審意見的采取和公開等都應有科學的規定。科研項目的立項和其他重要環節都要評估，入選的科研項目應向全社會招標並公示，項目的開展和完成要有評估，並且要讓社會各界有渠道了解科研經費的使用及產生的效益。”