其次，臨時機構收支金額較大，財務管理機製不健全。臨時機構承擔的任務一般都比較重要，很多帶有較強的政策指向，它們往往屬於短期性質，且握有實權，一般都掌控了巨額的資金，多的超千萬，少的一年也有幾十萬。
據知情人透露，目前臨時機構內控製度普遍不健全，缺乏製度約束，會計資料不健全，甚至缺失，各項資金也未能實現財政專戶儲存。由於臨時機構失去了監督與製約，加上個別負責人權重一時，不按財務管理製度進行操作，形成非正規渠道收入增加，開支隨意性較大，掌管巨額資金的工作人員腐敗起來，也就更加輕而易舉。
另外，臨時機構撤銷後，人員各自回原單位，有關檔案材料、財務賬目也隨之存檔或銷毀，給發現和查處違紀違法問題帶來很大難度。
第三，一些臨時機構決策隨意性大，為“權錢交易”提供可能。設置臨時機構的目的是為了集中行使相關權力、謀求高效。然而，記者調查發現，很多臨時機構決策隨意性大，運作不規範。為完成某項工作，土地審批、稅務、工商管理、公檢法等等部門得紛紛為其“讓路”。
“很多臨時機構的職能是‘超級’的，直接取代了工商、物價、技術監督等市場執法部門。”李成言分析認為，這些臨時機構主要集中在城鎮開發、交通、水利建設等“利潤”豐厚的領域，往往就成為不法分子重點“攻關”的對象。
根治還須轉變政府職能
有關專家認為，無論是從依法行政、打造責任政府的角度，還是站在清除腐敗的立場，都必須從嚴治理臨時機構。對於確需設立的臨時機構，應按照法定程序，明確其工作任務、職責、撤銷條件及期限等。同時，要明確管理部門，加強臨時機構的製度建設，以健全對臨時機構的監督機製。
“在時下依法治國、構建責任政府的大背景下，要從嚴治理臨時機構，政府必須轉變觀念和轉換職能，從管理型政府向服務型政府發展。”北京石油化工學院李明偉教授認為，“各地政府對於各種臨時機構要規範，同時地方政府要在法定程序內和法定範圍內行使法定職權，管理社會公共事務。重要的是科學劃定職權、完善程序，而不是事事都設置臨時機構處理。”
“目前議事協調機構的改革沒有規範可言，這是一個全國性的難題。”中國人民大學公共管理學院博士生導師毛壽龍教授說，目前從中央到地方，對議事協調機構都在不斷進行清理改革，但總體效果不是很好。
據了解，一些發達國家設置臨時機構，都有著特別嚴格的程序。先是由有關部門、專家委員會提出專題報告，接著行政會議討論，最後才能拍板，而且，除了一些緊迫性較強的臨時機構外，大多數都需要議院批準才可以任命。換句話說，要控製臨時機構的自我膨脹，要杜絕“臨時腐敗”的發生，除了法治、程序，還需要民主。
同樣，一些臨時機構在完成使命後仍然長期“非法”存在的現象，也並非“中國特色”。據有關專家介紹，為解決這類問題，有些發達國家就采用了一種被稱為“日落立法”的辦法來杜絕臨時機構泛濫，如果立法機關無所作為，臨時機構到規定期限將自動撤銷，隻有主動采取行動即重新審查其必要性及重新授權，該機構才可能繼續生存。
“無論是臨時機構的設立、終結或撤銷，還是升格為常設機構，都必須經合法程序並依照相關法律進行。管理臨時機構，必須邁出的第一步，應該是法治。”李成言認為，政府應該根據實際需要合理設置服務機構，合理界定職能部門職責和權限，並以法律形式固定下來。依法行政成常態，問責製切實推進，才能做到各司其職、各負其責，而不是等問題成堆時，再搞個臨時機構去“治理整頓”。
“我們既要抓緊清理臨時機構，更要對現有臨時機構加強監管。尤其是應盡快理順臨時機構管理體製，明確管理部門，同時加強臨時機構的製度建設，建立健全內控機製。”為此，北京中盛律師事務所杜立元律師建議，對臨時機構的財務實施有效的監管，要發揮紀檢、監察、審計、財政等部門的職能作用。同時，盡快出台《政府機構編製法》，對臨時機構的設置必須履行相關法律程序，依法規範臨時機構的工作任務、職責、撤銷條件及期限等，健全監督機製，防止臨時機構蛻變成滋生腐敗的溫床。