四衛拉特和碩特太祖弟哈布圖薩爾之後，為其部長。烏魯木齊準葛爾額森之後。伊利杜爾伯特額森之後。厄爾齊斯河土爾扈特元臣翁罕之後。塔爾巴哈台從明中葉以後，黃教雖行於西藏，但紅教的法王，紅教法王，稱薩迦胡土克圖，薩迦，即釋迦之轉音，胡土克圖，譯言後身。仍居劄什倫布，保有其勢力。而拉克達城的藏巴汗，為之護法。一六四三年，崇禎十六年。西藏弟巴桑結，始招和碩特的固始汗亦作顧實汗。入藏，襲殺藏巴汗。於是和碩特部徙牧青海，兼據喀木，幹涉藏事，就開了西藏和衛拉特部的關係。固始汗奉班禪居劄什倫布，是為達賴、班禪分居前後藏之始。
當和碩特部之強，準噶爾部長渾台吉，也同時蠶食近部。把土爾扈特逐去。土爾扈特移居窩瓦河流域，準噶爾遂與喀爾喀接壤。又脅服杜爾伯特。渾台吉死後，子僧格立，為異母兄所殺。僧格的同母弟噶爾丹，從西藏回來，定亂自立。一六七三年，清聖祖康熙十二年。噶爾丹在西藏，和桑結要好的。而固始汗的兒子達顏汗，和桑結不協。於是一六七七年，桑結又暗召噶爾丹，襲殺達顏汗，於是準噶爾統一衛拉特四部，勢大張。這時候，喀什噶爾的白山黑山兩宗，方互相爭鬥。白山宗亞巴克，敗走拉薩。一六七八年，噶爾丹又以達賴喇嘛之命，破黑山黨，而立亞巴克為喀什噶爾汗。於是從伊犁徙牧阿爾泰山，以窺蒙古。一六八四年，故意差人去侮辱土謝圖汗。土謝圖汗果然大怒，把他殺掉。一六八八年，噶爾丹率眾三萬，往襲喀爾喀。喀爾喀三汗車臣、土謝圖、劄薩克圖。部眾數十萬，同時奔潰；都走漠南降清。
清朝同蒙古的關係，起於太祖時的九國之師。見第三章第四節。這時候，察哈爾的林丹汗強盛，頗憑陵諸部。於是東方的科爾沁等部，就歸附於清。林丹汗之妻，是葉赫貝勒錦台什明朝人稱為金台吉。的孫女。所以林丹汗和清朝不協。明朝人就厚給歲賜，叫他聯合諸部，共禦滿洲。後來林丹汗陵轢諸部不已，土默特也乞援於清。一六三八年，崇禎十一年。清太祖會合蒙古諸部，出其不意，襲擊林丹汗。林丹汗走死青海的六草灘。明年，其子額哲，奉傳國璽降清。漠南蒙古遂平。然對於漠北，還沒有什麼主從的關係。
到這時候，清聖祖忙受了喀爾喀的降。發粟振濟。而且把科爾沁的地方，借給他放牧。一六九○年，噶爾丹入寇。清聖祖分兵兩路，出古北、喜峰二口迎敵。自己也親幸邊外。噶爾丹破清兵於烏珠穆沁。進至烏蘭布通。在遼河南，離赤峰七百裏。為清兵所敗。退據科布多。一六九五年，又以兵三萬，據克魯倫河上流。於是聖祖派將軍薩布素，以滿洲科爾沁兵出其東。費揚古調陝甘兵出寧夏，攻其西。車駕親出獨石口。明年四月，渡瀚海，指克魯倫。噶爾丹夜遁。至昭莫多，在庫倫東。為費揚古所敗。退居塔米爾河。鄂爾坤河的支流。又明年，聖祖幸寧夏。命薩布素、費揚古分兵深入。這時候，噶爾丹的伊犁舊地，已為僧格的兒子策妄阿布坦所據。阿爾泰山以西盡失。回部青海亦叛。連年用兵，牲畜和精銳的兵，死亡略盡。聞大兵出，遂自殺。阿爾泰山以東平。喀爾喀三汗，依舊回到漠北。
第四節 清朝平定西藏
噶爾丹才平，而策妄阿布坦又起。從準部強盛以後，土爾扈特，已為所逐；杜爾伯特，亦為所脅服；隻有和碩特部，雖然達延汗為噶爾丹所襲殺，究竟還據有青海，勢力足以相敵。策妄阿布坦就注意於此。
西藏的第巴桑結，是個狡黠不過的人。暗中招噶爾丹襲殺達顏汗之後，藏事已大權在握。一六八二年，達賴五世卒，桑結秘不發喪。而矯達賴命請封。一六九四年，封為圖伯特國王。當噶爾丹侵喀爾喀的時候，聖祖叫桑結勸噶爾丹罷兵，桑結反嗾使他入寇。烏蘭布通之役，桑結的使者，又代噶爾丹乞和，讓噶爾丹乘間遁去。一六九六年，聖祖得到厄魯特的俘虜，才盡知其事。於是賜書切責。桑結無法，才奏稱：“達賴五世，死已十六年，轉生已十五歲；今年十月裏，就要去迎立他。仍請暫守秘密，免得諸部聽得達賴死了要騷動。”聖祖也答應了他。這時候，聖祖正傳檄西北，叫諸部協擒噶爾丹。策妄阿布坦，業已出兵；桑結的使者，在路上遇著他，又叫他不要動。桑結又叫青海諸部，到察罕陀羅海去會盟，意甚叵測。剛剛這時候，達延汗之孫拉藏汗，又圖幹涉藏事。因議立新達賴，和桑結意見不合。一七○五年，把桑結殺掉。奏廢桑結所立達賴六世，而別立伊西堅錯。詔封拉藏為翊法恭順汗。而青海諸蒙古，又說伊西堅錯是假的，自奉裏塘的噶爾藏堅錯為六世達賴，把他迎接到青海，請賜冊印。詔暫居西寧的塔爾寺，以圖調停。而策妄阿布坦的事起。
策妄阿布坦蓄意吞並和碩特，先假意和他交歡。娶拉藏汗的姊姊為妻，又把自己的女兒，嫁給拉藏汗的兒子丹衷，把丹衷招贅在伊犁。一七一六年，以送丹衷夫婦歸國為名，遣將策零敦多布，率兵六千，從和闐逾昆侖山，突入拉薩。襲殺拉藏汗。把伊西堅錯，幽囚起來。於是聖祖派年羹堯備兵成都，皇十四子允，駐兵西寧。恰好西藏也承認青海所立的達賴為真。於是一七二○年，西寧、成都，兩路出兵。策零敦多布，由舊路逃去。新達賴入藏。於是以拉藏汗舊臣康濟鼐、頗羅鼐，分掌藏務。
藏亂乎後兩年，而聖祖崩，世宗即位。固始汗嫡孫羅卜藏丹津，暗約策妄阿布坦為援，誘青海諸部，盟於察罕陀羅海。遊牧喇嘛二十萬，同時騷動。一七二三年，十月，世宗派年羹堯、嶽鍾琪去打他。明年，二月。鍾琪乘青草未生，出兵掩其帳。獲其母及弟妹。羅卜藏丹津逃奔準噶爾。於是置辦事大臣於西寧，以統領青海的厄魯特蒙古。
第五節 清朝平定衛拉特
青海西藏平後，準部的聲勢已衰。然而要犁庭掃穴，卻還早著哩。一七二七年，策妄阿布坦死，子噶爾丹策零立。朝議欲一舉而覆其根本。一七二九年，詔傅爾丹屯阿爾泰山，嶽鍾琪屯巴裏坤，豫備出兵，策零自言願執獻羅卜藏丹津，於是緩師一年。而策零卻出兵犯巴裏坤。一七三一年，傅爾丹信間諜之言，出兵襲準部於和通泊，大敗。準部就從烏魯木齊、厄爾齊斯河兩路攻喀爾喀。土謝圖汗所屬的額駙策淩，為元太祖十八世孫圖蒙肯之裔。憤喀爾喀衰微，自練精兵一支，頗為強悍。及是，與準噶爾兵接戰，大破之。於是進策淩爵為親王，使之獨立為一部。是為三音諾顏部。圖蒙肯是個熱心護持黃教的人。三音諾顏的名號，是達賴喇嘛賞給他的。譯言“好官人”。喀爾喀就有了四部了。明年，準噶爾再發兵襲擊策淩，又為策淩所敗。又明年，準部遣使乞和。世宗也下詔罷兵。一七三七年，高宗乾隆二年。定以阿爾泰山，為準部和喀爾喀遊牧的界限。
一七四五年，噶爾丹策零卒，次子策妄多濟那木劄爾立。因為“母貴”。一七五○年，其姊夫賽音伯勒克弑之，而立策淩長子剌麻達爾濟。外婦所生。部眾有想立策淩少子策妄達什的。剌麻達爾濟把他殺掉。並殺小策零的兒子達什達瓦。所謂大小策淩者，世為準部家將。從土爾扈特北徙之後，杜爾伯特的屬部輝特，徙居其地。丹衷之妻改嫁輝特部長，生子，名阿睦撒納，就做了輝特的部長。於是大策淩的孫兒子達瓦齊，和阿睦撒納合兵，攻殺刺麻達爾濟。達瓦齊自立，又和阿睦撒納相攻。一七八四年，阿睦撒納來降。明年，高宗派班弟和阿睦撒納出北路，永常和降人薩拉爾達什達瓦部下。出西路。五月，到伊犁。達瓦齊逃到烏什城，為城主所執獻。並獲羅卜藏丹津。