2003年5月，經國務院批準，將農信社改革的試點從原來的一個省(江蘇省)擴大到八個省市(吉林、山東、江西、浙江、陝西、重慶、貴州和江蘇)。要求按照“明晰產權關係、強化約束機製、增強服務功能、國家適當支持、地方政府負責”的總體要求，加快信用社管理體製和產權製度改革，把信用社逐步辦成由農民、農村工商戶和各類經濟組織入股，為農民、農業和農村經濟發展服務的社區性地方金融機構，充分發揮信用社農村金融主力軍和聯係農民的金融紐帶作用，更好地支持農村經濟結構調整，幫助農民增加收入，促進城鄉經濟協調發展。改革試點的主要內容:一是以法人為單位，改革信用社產權製度，明晰產權關係，完善法人治理結構，區別各類情況，確定不同的產權關係;二是改革信用社管理體製，將信用社的管理交由地方政府負責。
為配合此次農信社改革，國家提出了四項配套措施予以支持:
一是對虧損農信社因執行國家宏觀政策開辦保值儲蓄而多支付保值貼補利息給予補貼。具體辦法是由財政部核定1994-1997年期間農信社實際支付的保值貼補利息數額，由國家財政分期予以撥補。
二是從2003年1月1日起至2005年底，對西部地區試點的農信社一律暫免征收企業所得稅;對其他地區試點的農信社，一律按其應納稅額減半征收企業所得稅;從2003年1月1日起，對試點地區所有農信社的營業稅按3%的稅率征收。
三是對試點地區的農信社，可采取兩種方式給予適當的資金支持，即人民銀行提供一部分專項再貸款給農信社或由人民銀行發行專項中央銀行票據。專項再貸款利率按金融機構準備金存款利率減半確定，期限根據試點地區的情況，可分為3年、5年和8年。專項再貸款由省級政府統借統還。而人民銀行發行的專項中央銀行票據，不是由信用社用現金購買，而是用於置換農信社的不良貸款，票據期限兩年，按適當利率分年付息，但該票據不能流通、轉讓和抵押，可有條件提前兌付。這兩種方式由試點地區和農信社選擇。
四是在民間借貸比較活躍的地方，實行靈活的利率政策。允許農信社貸款利率靈活浮動。貸款利率可在基準貸款利率的1.0~2.0倍範圍內浮動。對農戶小額信用貸款利率不上浮，個別風險較大的可小幅(不超過1.2倍)上浮，對受災地區的農戶貸款，還可適當下浮。
2004年8月國務院在北京召開了深化農村信用社改革試點工作會議，在總結前一階段試點工作的基礎上，決定把北京等21個省區市作為進一步深化農村信用社改革試點單位。要求先期開展試點的8個省(市)要在總結經驗的基礎上，進一步把農村信用社改革推向深入。參加擴大農村信用社改革試點工作的省區市，要按照國務院文件精神，把握好改革的重點，落實好有關政策。要注意做好宣傳動員和輿論引導工作，鼓勵引導廣大農戶及各個方麵積極支持和參與改革。
盡管近年來各方麵都加大了農村金融的改革力度，也取得了較大的進展，但是農民貸款難的問題並未從根本上得到解決，有關金融機構提供的金融服務與農民對金融的需求相比還有很大差距，存在著許多困難和問題，我國農村金融的發展麵臨著以下幾個方麵的嚴峻挑戰。