非正規金融悄然興起。20世紀80年代初期，隨著我國農村家庭聯產承包責任製的發展，在清理農村基層財物的過程中，農村合作基金會於1984年開始興起。它是由鄉村集體經濟組織和農戶按照自願互利、有償使用的原則建立起來的社區互助組織。資金來源以集體資金為主，並吸收農戶以資金入股，其存款時間長，利率比信用社低，貸款對象主要是村內或鄉內的農戶，額度較小。到1992年末，全國建立的農村合作基金會在鄉鎮一級已達1.74萬個，村一級達11.25萬個，分別占鄉鎮總數的36.7%和村總數的15.4%，共籌集資金164.9億元。1992年以後，合作基金會中的個人股金迅速增長，且個人股金分紅比集體股金高。1994年開始以代管金的名義吸收短期存款，且主要向鄉鎮企業提供大額貸款，其存款及貸款的利率均比農信社高。這不僅改變了合作基金會的性質，也增加了潛在的風險。
第五個時期是由1996年至今，是農村金融的改革時期。主要是大力推進農信社的改革。
1996年8月國務院頒布了《國務院關於農村金融體製改革的決定》，提出了對農村金融體製進行重大改革的意見。要求農信社首先要與中國農業銀行脫離行政隸屬關係，在此基礎上把農信社辦成農民入股、社員民主管理、為入股社員服務的、真正的合作金融組織。1996年底，全國共有農信社基層社49
532個，聯社2
409個;各項存款8
794億元，其中，儲蓄存款7
671億元;資產達到14
450億元，各項貸款6
290億元，其中農業貸款1
487億元，新增農業貸款占全部貸款的比例達到40%。當年年底就基本上完成了“脫鉤”工作，從而使農信社曆史上積聚起來的信貸資產質量差、虧損嚴重、資不抵債等潛在風險逐步暴露出來。
為了加強對農信社的監管和行業管理，有效防範與化解風險，1997年6月，國務院決定在中國人民銀行內設立農村合作金融監督管理局，負責國家關於農信社的改革工作，並承擔
對農信社的行業管理工作以及監管工作。當年人民銀行頒布了《農信社管理規定》，按合作社體製改造農信社，即由社員入股組成、實行社員民主管理、主要為社員提供金融服務。1998
年國務院轉發了中國人民銀行《關於進一步改革整頓規範農信社管理工作的意見》，繼續要求按照自願入股、民主管理和主要為入股社員服務的合作製來改革農信社的體製。
1998年朱鎔基總理針對農信社改革中出現的問題，提出了深化農村金融改革的要求:把農信社辦成聯係廣大農民的金融紐帶、新形勢下農村金融的主力軍，解決農民“貸款難”的問題;內容主要是改革農信社產權製度、落實農信社的風險責任。
1999年1月，國務院發布文件，正式宣布在全國範圍內統一取締農村合作基金會。中國人民銀行同年開始在江蘇省進行農信社改革試點。試點的主要內容包括:一是在清產核資的
基礎上，將各個具有法人資格的農信社、縣(市)聯社機構合並為單一法人機構;二是轉換經營機製，提高農信社的金融服務水平和經營管理水平;三是明確產權關係，完善法人治理結構，實現農信社的自我約束、自我發展;四是主要通過信用社內部轉換機製、增收節支、逐步消化等手段，同時配合政策扶持來消化信用社的曆史包袱;五是組建江蘇省農信社聯合社。為推動此次改革試點工作，國家專門出台了財政金融配套政策:一是對農信社不良貸款中難以收回的呆滯貸款和全額的呆賬貸款進行剝離，由人民銀行按剝離數額的50%安排無息專項再貸款，總量50億元，期限5年;二是從2000年開始，根據每年郵政儲蓄機構在江蘇省縣及縣以下吸收的儲蓄數量，人民銀行為江蘇的農信社提供等額的中央銀行貸款;三是對信用社季節性閑置的資金，人民銀行按保本原則開辦特種存款;四是允許信用社實行靈活的利率浮動政策;五是呆賬準備金提取的比例原則上由1%提高到2%，有的可以更高;六是對信用社接收抵貸資產的過戶稅費，按清理農村基金會的政策執行;七是江蘇省從對農信社征稅留成中，按一定的比例提取信用社的風險補償專項資金，並納入預算，用於資助嚴重資不抵債的農信社。