早在甲午戰爭之前，有識之士，如鄭觀應、湯震就曾提出“仿照泰西程式”改革書院的主張。甲午戰爭之後，改革書院的呼聲和行動更加強烈和普遍。
也有人認為書院確已無裨實用，但“不探其本，眩於新法，標以西學之名，督以西士之教，勢必舉中國聖人數千年遞傳之道術而盡棄之，變本加厲，流弊何所底止”(《皇朝經世文編》卷五，《胡聘之請變通書院章程折》)。因此，既反對“深詆西學者”，也不讚成“過尊西學者”。不必盡改書院為學堂，最好就現有書院加以改革。如：山西巡撫胡聘之和山西學政錢駿祥就主張：大量裁汰書院，重新審核書院經費，重新更定書院章程，延聘碩學通儒擔任書院教授，更改書院教學內容和課程。翰林院庶吉生熊希齡認為：“書院積弊太深，由於山長無人”，“學術之衰，由於無師”。他在《為整頓通省書院與黃膺等上陳寶箴書》中提出七條建議，即定教法、端師範、裁乾脩、定期限、勤功課、嚴監院、速變通。翰林院侍講學士秦綬章也提出整頓書院的三項措施，即：定課程、重師道、核經費。定課程受到特別重視，他提出書院應設六門課程：經學(經說、講義、訓詁)、史學(時務)、掌故之學(洋務、條約、稅則)、輿地之學(測量、圖繪)、算學(格致、製造)、譯學(各國語言文字)。在保留中國傳統課程之外，增加西學課程。
對於改革書院的三種辦法，朝廷起初並未明確表態，而是將書院改學堂、整頓改革、創設新型書院的意見，“一並通行各省督撫學政，參酌采取，以擴舊規而收實效”。各地根據自己的認識和本地實情，采取了不同辦法，如：張之洞在湖廣改書院為學堂；也有的另設新型書院，更多的是對原有書院進行整頓變通。有的增設時務齋，如：陝西味經書院規定除經史訓詁外，必須學習外國教門風土人情、各國曆史、萬國公法、外國語言文字，對輿地、製造、兵事、電氣、光鏡、化學、醫學、礦學、氣球、氣鍾、算學、重學等“均須各占一門，積漸學去”。江西友教書院全裁童卷，改設算科，聘算學教師，招收算學生。湖南校經書院增設天文、輿地、測量、光化、礦電等設備和課程。湖南嶽麓書院也增設掌故、算學和譯學。此外，如湖南常德德山書院、江蘇江寧惜陰書院和文正書院、蘇州正誼書院和平江書院、雲南經正書院、廣西經古書院都在不同程度上進行了改革，多數是增設新課程，尤以算學為多。
鴉片戰爭後，這種主張再次被提出。光緒二十一年(公元1895年)順天府府尹胡燏棻〔yufen玉紛〕(公元？—1906年)在《變法自強疏》中提出十條建議，其中第十條即為“設立學堂以儲人才”。他認為泰西各國，人才輩出，其大本大源，在於廣設各類學堂，學習各種實用知識。反觀中國，各省雖也設立書院義塾，但於八股試帖詞賦經義之外，一無講求，明知其無用，又沿襲不改，“人才消耗，實由於此”。他建議：“特旨通飭各直省督撫，務必破除成見，設法變更，棄章句小儒之習，習經濟匡世之才，應先舉省會書院，歸並裁改，創立各項學堂……數年之後，民智漸開，然後由省而府而縣，遞為推廣，將大小各書院，一律裁改，開設各項學堂。”
光緒二十四年四月二十三日(公元1898年6月11日)光緒皇帝在百日維新運動中通令全國，書院一律改為學堂。各省均遵旨奉行。貴州巡撫王毓藻在皇帝上諭發布前七天，改省城學古書院為經世學堂。山西巡撫胡聘之將省會令德書院改為省會學堂。兩江總督劉坤一在創設新式學堂的同時，將鍾山、尊經、惜陰、文正、鳳池、奎光等六所書院分別改為府縣學堂。江蘇學政瞿鴻機〔ji機〕將江陰南菁書院改為高等學堂。直隸總督榮祿將保定蓮池書院改為省會高等學堂，另將天津集賢書院改為北洋高等學堂，將會文、三取、稽古合並改為天津府中學堂、天津縣小學堂，問津、輔仁二書院也改為學堂。
書院改學堂雖被迫中止，但書院改革已是大勢所趨，書院雖稱“照舊辦理”，但事實上已經不可能了。
但是，由於維新變法運動的失敗，慈禧廢除新政，一是恢複八股考試，一是停止書院改學堂，令“各省書院請照舊辦理，停罷學堂”。
光緒二十六年(公元1900年)八國聯軍入侵京城，朝廷被迫西逃，萬般無奈，慈禧太後也不得不讚成變法，承認“取外國之長，乃可補中國之短”。書院改學堂作為教育方麵的一項新政，再次引起人們的重視。光緒二十七年(公元1901年)湖廣總督張之洞和兩江總督劉坤一聯名上書，重新提出書院改學堂，八月初二(公元1901年9月14日)上諭稱：“著各省所有書院，於省城均改設大學，各府及直隸州均改設中學堂，各州縣均改設小學堂。”各省紛紛依據本地情況，采取不同的具體步驟，掀起了一個書院改學堂的熱潮。至光緒二十八年(公元1902年)大部分省區基本上實現了書院改學堂的要求。存在千餘年的古代書院，終於為新式學堂所代替。書院不僅為中國古代文化教育的發展做出了積極的貢獻，也為近代教育的發展奠定了基礎，書院改學堂確實是發展新式學堂的“至速之法”。書院長期積累的辦學經驗及教學的優良傳統更是我國教育寶庫中的珍貴遺產，為新教育的發展提供了有益的借鑒。這也正是研究書院的價值所在。