甬上證人書院不設固定的院址和講堂。多借僧寺、祠堂，或在學生家中講習，頗像一個流動的講學團體、學術團體。
黃宗羲在甬上證人書院教學中，提倡學生獨立思考、自由發揮，不唯司講者從，不專主一家之說，而要“參伍而觀”，“積思自悟”。這正是黃宗羲明顯的實學思想和初步民主意識在書院講學中的表現。
講經會一反明中後期“高談性命，直入禪障，束書不觀”的學風，認真研讀儒家經典，反而招致“闔郡驚疑”，甚至有人“間出違言”。黃宗羲為了支持講經會，欣然應邀至甬上講學，正式創立甬上證人書院，並親主教席。
昔周公、孔子，專以藝學教人。近世士子惟業八股，殊失學教本旨。凡為吾徒者，當立誌學禮、樂、射、禦、書、數，及兵、農、錢、穀、水、火、工、虞。予雖未能，願共學焉。一六日課數，三八日習禮，四九日歌詩習樂，五十日習射。”隻在二七日習八股舉業。(《顏習齋先生年譜》卷上，商務印書館《叢書集成》初編本)
清代絕大多數書院已演變成同官學無區別的考課式書院，並同官學一樣淪為科舉的附庸。但也有幾所獨具特色、影響極大，在學術史和教育史上占有重要地位的書院。
甬上證人書院原為甬上證人講社，又稱甬上講經會、甬上五經會。
顏元以複古的形式，構想了一個近代分科大學的藍圖。雖未能得以實施，但卻提供了一幅發人深省的近代教育的早期理想模式。
顏元在漳南書院任教的第一天，即在歡迎他講學的開講儀式上，講讀了他精心準備的《習齋教條》，表示要在漳南書院推行周公、孔子的六藝之學。他說：
顏元在漳南書院最有價值的工作，就是為漳南書院製訂了一個宏偉的遠景發展規劃。
詁經精舍、學海堂在教學方法上也有不少創新，首先，阮元雖親自任教，更強調教師共同研究，“各用所長，協力啟導”，以免門戶派別之偏見。其次，教學以學生自學和獨立研究為主，鼓勵學生“識精而思銳，不惑於常解”，提倡集體講議，辨難同異。再次，注重培養學生虛心、務實的學風。阮元反複強調：“講學是非須實事，讀書愚智在虛心”，“不能實學者，先入之見填滿於胸，不虛心求是非，終於愚而已”。
清代自雍正十一年(公元1733年)以後，積極興辦省城和州府縣官辦書院，書院數量大增，然而書院固有的講學傳統幾乎喪失殆盡，師徒醉心於應考的時文帖括，隻求功名，不務實學。引起眾多有識之士的憂慮和不滿，尋求改革的呼聲日起，人們積極探索改革的途徑。如：程廷祚(公元1691—1767年)在《上李穆堂先生論書院書》中，要求天下書院慎選山長，並“仿蘇湖、白鹿之遺意以為教，入其中者先行誼而治經治史、務使各盡其材，以核其實，而勿責以科舉之文”。乾隆二十四年(公元1759年)陳宏謀(公元1696—1771年)為紫陽書院新訂條規，要求“每月課文兩次，講書六次，或四書，或經，或史，不拘長短”。錢大昕、楊繩武、盧文弨〔chao超〕、章學誠等都曾進行過改革，中心思想是“窮經學”，“通史學”，“博文道古”，“通經致用”，以摒棄舉業時文，但均未能從根本上扭轉書院淪為科舉附庸的局麵。正是在這種背景下，阮元走上了弘揚漢學，恢複書院優良傳統的道路。
阮元從青少年起就不滿意“徒鑽時藝”的學風，決心窮究經學，廣泛涉獵自然科學，接觸西方數學和天文學。嘉慶五年(公元1800年)在出任浙江巡撫時，大膽進行書院改革，在杭州西湖孤山之麓，就昔日編纂《經籍纂詁》時的舊屋50間，創立新型書院，名為“詁經精舍”，“選高材生讀書其中”，“專肄經史辭賦，一洗舊習”。道光元年(公元1821年)阮元在任兩廣總督時，又親自選址，在廣州城北粵秀山上，開“學海堂”課士。
在清代，絕大多數官學、書院學風腐敗，不務實學，專事舉業的惡劣環境中，阮元能夠堅持“以轉移末流之失，於以崇實學，育英才，厘而工之，將以驅而一之”，實在難能可貴！
詁經精舍、學海堂的指導思想是“以勵品學，非以弋功名”，不務浮華，專勉實學。教學內容以經史為主，小學、天部、地理、算法等兼顧。阮元強調“士子讀書當從經學始”，“欲論經濟，舍經史未由也”。而要通經，隻能由訓詁通義理，“舍詁求經，其經不實”，隻有掌握訓詁考據之功，才能“庶免鑿空逃虛之病”。但是，阮元極力反對為訓詁而訓詁，為考據而考據。他認為：“聖賢之道，無非實踐”，“凡所論述，期實有濟於用”，“通天地人之道”者才配稱為“儒”。所以，詁經精舍、學海堂不僅傳授經史、蒼雅、星緯、金石、考訂、文藝之學，而且傳授兵刑漕河等經濟之學。