清代是我國曆史上最後一個封建王朝，中國古代書院發展到清代也經曆了一個曆史性的變革。
乾隆年間(公元1736—1795年)，屢有詔諭，乾隆關心書院發展，命督撫、學政慎選山長，獎勵成績卓著者，要求加強對書院的管理，如：乾隆元年(公元1736年)諭：
從雍正十一年起，在禁止私人創辦書院的同時，卻開始提倡官辦書院，首先在各省會所在地興建或恢複書院一二所，並撥給帑金以資膏火。雍正十一年世宗諭令：
再次，商人出資創辦書院增多。隨著商品經濟的發展，商人的社會地位有所提高，但中國長期存在“重儒輕商”的傳統觀念。不少商人在取得經濟地位後，也想在文化上，進而在政治上謀取一定的地位，因此希望子弟染被儒風，獲得科第功名，積極捐資讚助書院或支持官府專為商籍子弟開辦書院。如：杭州就有徽商與鹽運官員共同創辦的崇文、紫陽兩大書院。又如：安徽旌德縣洋川鎮譚子文早年曾棄學從商，乾隆五十八年(公元1793年)起籌建書院，傾其全囊，用銀20000餘兩，花費三四年時間建成規模宏大的毓文書院。又如：鹽商馬回琯〔guan管〕獨立出資，在甘泉書院舊址重建書院，稱梅花書院。廣州鹽商王貴購舊宅一所，占地八畝餘，建越華書院，“以備眾商子弟藏修息遊之地。”此外，典當業、茶業、棉業、絲綢業的商人也有捐資建書院或為書院提供經費資助者。清代末年更有外國士商捐資建書院者，如：同治十三年(公元1874年)在上海創辦的格致書院，就是由外國在滬輪船公司捐資建成的。光緒年間(公元1875—1908年)，上海電報局總經理經元善出資創辦過經正書院。這預示著新的教育形態在逐步萌芽和成長。
書院之製，所以導進人才，於學校所不及……該部即行文各省督撫學政，凡書院之長，必選經明行修，足為鄉士模範者，以禮聘請；負笈生徒，必擇鄉裏秀異，沉潛學問者，肄業其中，其恃才放誕，佻達不羈之士，不得濫入書院中。酌仿朱子《白鹿洞規條》，立之儀節，以檢束其身心；仿《分年讀書法》予之桯課，使貫通於經史。有不率教者，則擯斥勿留。學臣三年任滿，谘訪考核，如果教術可觀，人才興起，各加獎勵。六年之後，著有成效，奏請酌量議敘。諸生中材器尤異者，準令薦舉一二，以示鼓勵。
明中葉書院的興盛和講會製度的發展，曾經帶動了學術的活躍，激發了知識分子關心國家民族前途命運的熱情，也招致統治集團的恐懼，從而采取了連續禁毀的極端措施。
清代統治者在鼓勵書院發展的同時，也加大了控製的力度。書院逐步變成僅是“廣學校之不足”的官學附庸，書院主持者和主講人多不再講學修德，隻是應付科舉考試，讀書士子也多迷戀於八股試帖，領取膏火。衡量書院成敗得失也多以登科人數多少為準。書院講學的主動性大為降低，學風日漸腐敗。統治者自己也不得不承認，書院山長，“遂致徇情延請，有名無實”，教學“其日所咿唔者，無過時文帖括”，生徒一味追求“微末之膏火，甚至有頭垂垂白而不肯去者”，“各省書院，日就廢弛，均係有名無實。”
首先，清代書院數量空前，分布地域甚廣。曹鬆葉在《宋元明清書院概況》中統計，清代書院共有1800餘所，近人統計，清代書院3000餘所。不僅內地沿海各省區廣建書院，許多邊遠省份和少數民族聚居之地也建有不少書院，如：吉林、黑龍江、青海、新疆、寧夏都有書院。特別是台灣地區，清代創立的書院60餘所，據連橫所著《台灣通史》載列海東書院、崇文書院、南湖書院、正音書院、引心書院、蓬壺書院、李樓書院、鳳儀書院、屏東書院、玉峰書院、宏文書院、白沙書院、文開書院、龍門書院、蘭田書院、英才書院、登瀛書院、明道書院、學海書院、明誌書院、仰山書院、崇基書院、文石書院等共23所。