其次，官辦書院占絕大多數，除各級官府以公銀建立外，也有各級官員出私產創建者。據曹鬆葉統計：清代書院1800所，地方官府創辦1088所，占60.44%；督撫創辦186所，占10.33%；中央京師創辦6所，占0.33%；敕奏創辦(朝廷特批)101所，占5.61%，合計官辦1381所，占76.71%。民辦隻有182所，占10.11%。
清代統治者在統一全國之後，吸取明代的經驗教訓，對書院采取了嚴格的限製措施。順治九年(公元1652年)就通令“不許別創書院群聚徒黨，及號召地方遊食無行之徒，空談廢業”。但是，書院在文化教育事業的發展中已占有極重要的地位，特別是在漢族知識分子中有重要影響，簡單的禁令又會加劇社會矛盾，所以又在嚴密控製下有限度地允許書院講學，並且開始表彰某些書院，如：順治十四年(公元1657年)應湖南巡撫袁廓宇之請，修複衡陽石鼓書院，以“表彰前賢，興起後學”。康熙二十六年(公元1687年)手書“學達性天”匾額賜給朱熹當年所建武夷五曲書院、婺源華陽書院、廬山白鹿洞書院和長沙嶽麓書院。二十九年(公元1690年)，又手書“大儒世澤”匾及“誠意正心闡鄒魯之實學，主敬窮理紹濂洛之心傳”的對聯，賜給福建考亭等書院。六十一年(公元1722年)，再書“學宗洙泗”匾額賜蘇州紫陽書院。透露出支持尊崇程朱理學書院發展的意向。但直到雍正十一年(公元1733年)仍宣稱：“至於設立書院，擇一人為師，如肄業者少，則教澤不廣；如肄業者多，其中賢否混淆，智愚雜處，而流弊將至於藏垢納汙。”因此，對請求聘師建書院者，仍是“部議不準”。對私人創辦書院仍嚴加限製。
盡管如此，清代書院的發展並非全無成就。清代書院發展也有許多新的特點。
根據這則諭令，各省陸續興辦書院，並使之成為省內的最高學府。先後修複或創建的書院有：保定蓮池書院、濟南濼源書院、太原晉陽書院、開封大梁書院、南京鍾山書院、蘇州紫陽書院、南昌豫章書院、杭州敷文書院、福州鼇峰書院、武昌江漢書院、長沙嶽麓書院、長沙城南書院、西安關中書院、蘭州蘭山書院、成都錦江書院、肇慶端溪書院、廣州粵秀書院、桂林秀峰書院、昆明五華書院、貴陽貴山書院、北京金台書院、桂林宣成書院、沈陽沈陽書院，共23所。
近見各省漸知崇尚實政，不事沽名邀譽之為，而讀書應舉者亦頗能屏去浮囂奔兢之習，則創建書院，擇一省文行兼優之士，讀書其中，使之朝夕講誦，整躬礪行，有所成就，遠近士子觀感奮發，亦興賢育才之一道也。督撫駐紮之所，為省會之地，著該督撫商酌奉行，各賜帑金一千兩。將來士子群居讀書，須預為籌劃，資其膏火，以垂永久。其不足者，在於有公銀內支用。封疆大臣等並有化導士子之職，各宜殫心奉行，黜浮崇實，以廣國家菁莪棫樸之化，則書院之設，於士習文風，有裨益而無實弊，乃朕之所厚望也。
在這之後，各府、州、縣也紛紛設立書院，“或紳士出資建立，或地方官撥公帑經理，俱申報該管官查複。”各級書院多被納入了官學的軌道。
(本章完)